More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3782 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  100 
 
 		 148 aa  295  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  50.98 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  54.67 
 
 		 139 aa  116  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  42.6 
 
 		 169 aa  111  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  42 
 
 		 182 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  49.01 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  41.94 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  40.74 
 
 		 179 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  39.43 
 
 		 168 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  43.02 
 
 		 169 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  40.58 
 
 		 137 aa  92  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  41.84 
 
 		 207 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  44.37 
 
 		 207 aa  88.6  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  41.13 
 
 		 147 aa  88.2  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1890  hypothetical protein  48.55 
 
 		 136 aa  87.8  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  41.32 
 
 		 170 aa  86.3  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1879  hypothetical protein  47.1 
 
 		 137 aa  86.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  40.54 
 
 		 174 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1878  hypothetical protein  39.57 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  42.96 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  41.81 
 
 		 173 aa  84  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  39.86 
 
 		 153 aa  84  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  39.77 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  37.86 
 
 		 139 aa  82.8  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  40.61 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  43.88 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  34.5 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0446  putative type IV fimbrial pilin protein  37.41 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.590776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  43.9 
 
 		 163 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  38.41 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  40.37 
 
 		 165 aa  80.9  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  38.26 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  39.16 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  34.64 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  39.13 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  39.13 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  39.13 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  40.82 
 
 		 198 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  40.82 
 
 		 198 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  41.73 
 
 		 198 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  35.77 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  38.04 
 
 		 174 aa  77  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  37.42 
 
 		 168 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  70.59 
 
 		 169 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  79.55 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  45 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  36.31 
 
 		 178 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  36.96 
 
 		 199 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0269  fimbrial protein pilin  42.57 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.372108  normal  0.389594 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  38.06 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  38.64 
 
 		 168 aa  72  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  41.25 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0426  methylation site containing protein  44.44 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000282584  hitchhiker  0.000848946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  73.91 
 
 		 169 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  44.26 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  71.74 
 
 		 166 aa  70.5  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  72.73 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  58.49 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0649  pilin family protein  35.81 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  40.23 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  69.57 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  70.45 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  43.28 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  71.74 
 
 		 137 aa  67  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  34.75 
 
 		 139 aa  67  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  71.43 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0278  type IV pilin, putative  37.16 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0816  putative type IV pilin protein PilA  37.16 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  34.78 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2475  N-terminal methylation site  41.11 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  32.05 
 
 		 167 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0820  putative type IV pilin protein PilA  37.16 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  52.46 
 
 		 167 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  68.18 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0777  fimbrial protein pilin  40.15 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  33.57 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0668  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  47.62 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136734 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  56.14 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04886  pilin  40 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.969324  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2398  putative type IV pilin  37.24 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.558979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2678  putative type IV pilin  37.24 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0979  PilA  37.24 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0011  putative type IV pilin  37.24 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4781  Tfp pilus assembly protein  30.63 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  38.19 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  40 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  40.48 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  44.12 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2096  pilin domain protein  44.78 
 
 		 70 aa  62.8  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000511675  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  46.77 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  50.65 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  47.54 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  65.96 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  54.1 
 
 		 160 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0765  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  50.82 
 
 		 170 aa  62  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000473938  hitchhiker  1.49827e-16 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  44.93 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  80 
 
 		 148 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  37.82 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  27.61 
 
 		 438 aa  60.8  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  41.46 
 
 		 153 aa  61.2  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>