More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0426 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0426  methylation site containing protein  100 
 
 		 136 aa  266  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000282584  hitchhiker  0.000848946 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  43.26 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  43.88 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  45.9 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  53.09 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  51.14 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  42.61 
 
 		 169 aa  74.3  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  57.38 
 
 		 174 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  55.41 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  40.16 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  55.84 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  56.06 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  49.3 
 
 		 141 aa  72  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  48.1 
 
 		 169 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  39.1 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  45.78 
 
 		 182 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  53.03 
 
 		 138 aa  72  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  58.46 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  44.44 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  36.36 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  66.67 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  39.53 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  35.14 
 
 		 153 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  54.67 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  50.77 
 
 		 167 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  55.93 
 
 		 179 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  41.94 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  61.11 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  46.91 
 
 		 160 aa  67  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  59.26 
 
 		 168 aa  67  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  37.23 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  50.7 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  62.26 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  52.24 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  51.47 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  41.98 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.88 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  36.92 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  61.9 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  60.71 
 
 		 169 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  60 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  56.45 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  36.59 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  48.75 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  40.86 
 
 		 199 aa  63.9  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  49.32 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  49.28 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  61.02 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  42.42 
 
 		 141 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0680  fimbrial protein pilin  38.97 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  41.1 
 
 		 168 aa  62  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  53.7 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3175  Fimbrial protein pilin  52.94 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  49.28 
 
 		 165 aa  62  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  78.38 
 
 		 146 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  61.7 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  40 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  47.06 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  50.85 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  50.85 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  39.58 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  35.05 
 
 		 207 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  56.14 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  46.88 
 
 		 173 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  54 
 
 		 207 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  47.76 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  26.88 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0666  putative major pilin subunit  30.53 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  40.54 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  36.17 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  34.74 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  44.44 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  78.38 
 
 		 111 aa  58.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  40.77 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  34.74 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  40.54 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0649  pilin family protein  53.33 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  30.38 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  30.38 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  35 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  38 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  65.12 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  30.38 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  36.28 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  58.82 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  40.54 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  61.9 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2096  pilin domain protein  51.61 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000511675  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  66.67 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  40 
 
 		 164 aa  58.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  34.74 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  65.91 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  60.47 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.21 
 
 		 130 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>