146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0777 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0777  fimbrial protein pilin  100 
 
 		 131 aa  259  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  37.58 
 
 		 179 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  37.75 
 
 		 169 aa  73.6  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  41.67 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  33.59 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  34.53 
 
 		 162 aa  70.1  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  34.42 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  36.05 
 
 		 178 aa  68.2  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  41.18 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  32.89 
 
 		 169 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  40.15 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  40.15 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4781  Tfp pilus assembly protein  31.82 
 
 		 159 aa  63.9  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  35.97 
 
 		 182 aa  63.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  35.57 
 
 		 168 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  35.48 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  33.83 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  34.18 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  35.29 
 
 		 160 aa  60.1  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  33.8 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  48.42 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  32.33 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  48.42 
 
 		 166 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  30.89 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  42.19 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  39.45 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1878  hypothetical protein  32.09 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  33.54 
 
 		 169 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  32.52 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  29.8 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  30.52 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  36.21 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  42.7 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  42.27 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  81.25 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  35.03 
 
 		 174 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  32.35 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  33.59 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  60.98 
 
 		 174 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2475  N-terminal methylation site  37.18 
 
 		 172 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  50.98 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  46.94 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  53.66 
 
 		 152 aa  50.1  0.000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2064  hypothetical protein  32.56 
 
 		 364 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00393707  normal  0.614114 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  63.16 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  43.1 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  71.88 
 
 		 173 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  71.88 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  75.76 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4536  fimbrial protein pilin  31.3 
 
 		 136 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  71.88 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  42.86 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  40.98 
 
 		 155 aa  48.5  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  32.71 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  32.71 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  32.71 
 
 		 198 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  71.88 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  30.53 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  32.8 
 
 		 167 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  30.53 
 
 		 199 aa  47.8  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  27.01 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  38.64 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  32.5 
 
 		 146 aa  47.8  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  36.51 
 
 		 170 aa  47.4  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  71.88 
 
 		 148 aa  47.4  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20891  pilin  40.38 
 
 		 170 aa  47  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  33.03 
 
 		 168 aa  47  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  39.56 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  76.92 
 
 		 171 aa  47  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  69.44 
 
 		 160 aa  46.2  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04051  fimbrial protein  43.75 
 
 		 224 aa  46.6  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  33.64 
 
 		 198 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  56.76 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.3 
 
 		 159 aa  46.2  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  33.64 
 
 		 198 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  29.77 
 
 		 136 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.31 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1879  hypothetical protein  40 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  32.73 
 
 		 198 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  32.2 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  35.06 
 
 		 148 aa  45.8  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  55.26 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  47.17 
 
 		 167 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  72.41 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  47.83 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  35.51 
 
 		 199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0446  putative type IV fimbrial pilin protein  47.62 
 
 		 205 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.590776 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  66.67 
 
 		 188 aa  44.3  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0269  fimbrial protein pilin  34.65 
 
 		 151 aa  44.3  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.372108  normal  0.389594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  48.84 
 
 		 141 aa  44.3  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  40.82 
 
 		 171 aa  44.3  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1036  hypothetical protein  39.22 
 
 		 131 aa  43.9  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1866  hypothetical protein  64.52 
 
 		 446 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.287595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  64.52 
 
 		 438 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  44.44 
 
 		 153 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.7 
 
 		 169 aa  43.9  0.0007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  42.59 
 
 		 149 aa  43.5  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  52.63 
 
 		 165 aa  42.7  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0093  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.07 
 
 		 169 aa  43.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0563183 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0449  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.33 
 
 		 167 aa  43.5  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000146857  hitchhiker  0.0000000193676 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>