More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3944 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  100 
 
 		 166 aa  331  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  69.28 
 
 		 166 aa  216  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  70.12 
 
 		 169 aa  214  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  36.53 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  42.17 
 
 		 162 aa  101  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  37.66 
 
 		 139 aa  88.2  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  37.04 
 
 		 139 aa  80.1  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  45.13 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  62.71 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  49.47 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  32.43 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  64.81 
 
 		 178 aa  74.3  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  56.67 
 
 		 169 aa  74.3  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  35.06 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  35.93 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  68.09 
 
 		 163 aa  71.6  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  59.26 
 
 		 174 aa  70.5  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  43.09 
 
 		 179 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  62.26 
 
 		 168 aa  70.5  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  35.2 
 
 		 165 aa  69.3  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  58.18 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  66.67 
 
 		 169 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  75.61 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  77.5 
 
 		 179 aa  67  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  40.18 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  60.38 
 
 		 160 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  42.27 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  47.5 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  59.18 
 
 		 167 aa  65.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  37.65 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.32 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  66.67 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  52.63 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  50 
 
 		 199 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  51.92 
 
 		 438 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  54.24 
 
 		 174 aa  63.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1866  hypothetical protein  51.92 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.287595  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  58.7 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  52.94 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  56.6 
 
 		 167 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  45.59 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  56 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  52.94 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  52.94 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  52.94 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  35.71 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  52.94 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  45.59 
 
 		 199 aa  62  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  62.5 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  46.67 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  50.98 
 
 		 207 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  62.5 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  63.04 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  62.5 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  50.98 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0446  putative type IV fimbrial pilin protein  55.56 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.590776 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  53.85 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  65 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  54.9 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  74.36 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  64.29 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  54.17 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.31 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  52.27 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  62.5 
 
 		 165 aa  58.5  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  31.14 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  49.28 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0340  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  53.19 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  57.14 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0278  type IV pilin, putative  62.16 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0816  putative type IV pilin protein PilA  62.16 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0820  putative type IV pilin protein PilA  62.16 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  50.88 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0668  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.79 
 
 		 155 aa  57  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136734 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3175  Fimbrial protein pilin  42.65 
 
 		 134 aa  57  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0651  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  61.9 
 
 		 165 aa  57  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0649  pilin family protein  62.16 
 
 		 207 aa  57  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  71.43 
 
 		 151 aa  57  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  60.53 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  54.55 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0011  putative type IV pilin  63.89 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0979  PilA  63.89 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  42.68 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2678  putative type IV pilin  63.89 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2398  putative type IV pilin  63.89 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.558979  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0376  hypothetical protein  59.09 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000272235  hitchhiker  0.0000000000782624 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  69.23 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  49.12 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  60 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  50 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0765  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  59.52 
 
 		 170 aa  55.5  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000473938  hitchhiker  1.49827e-16 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  66.67 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  57.14 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0852  methylation site containing protein  52.27 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.992733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  58.54 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0349  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  56.82 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000875622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  55.26 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  57.89 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  80 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  56 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>