157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1878 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1878  ABC transporter permease protein  100 
 
 		 271 aa  543  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.725139 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2055  ABC-2 type transporter  44.19 
 
 		 267 aa  229  5e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2139  ABC transporter permease protein  43.8 
 
 		 267 aa  227  2e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.479828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2684  ABC-2 type transporter  42.91 
 
 		 267 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.3362  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2778  hypothetical protein  41.8 
 
 		 285 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2740  ABC-2 type transporter  40.23 
 
 		 283 aa  218  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4993  ABC-2 type transporter  39.33 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5081  ABC-2 type transporter  39.33 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.55158 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5374  ABC-2 type transporter  39.33 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.187664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01510  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  36.15 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0176682 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4323  ABC-2 type transporter  39.7 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0744  ABC-2 type transporter  38.85 
 
 		 260 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4100  ABC-2 type transporter  42.28 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0134  ABC-2 type transporter  37.41 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1184  ABC-2 type transporter  40.22 
 
 		 276 aa  206  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13817  O-antigen/lipopolysaccharide transport integral membrane protein ABC transporter rfbD  40.45 
 
 		 280 aa  206  4e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0278  ABC-2 type transporter  40.07 
 
 		 288 aa  205  8e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.160233  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0741  ABC-2 type transporter  40.94 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5620  ABC-2 type transporter  39.13 
 
 		 276 aa  202  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.841372 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0847  ABC-2 type transporter  38.08 
 
 		 260 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.107638 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0394  ABC-2 type transporter  36.96 
 
 		 260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0876  ABC-2 type transporter  36.96 
 
 		 260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0486  ABC-2 type transporter  37.4 
 
 		 263 aa  193  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0782  O-antigen export system permease protein  36.33 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.325104  normal  0.0451845 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0846  O-antigen export system, permease  36.33 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000568855 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6709  ABC-2 type transporter  37.89 
 
 		 259 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0879  O-antigen export system, permease  36.33 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.17819 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0765  ABC-2 type transporter  39.38 
 
 		 267 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3139  ABC-2 type transporter  38.85 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.318534  normal  0.283866 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0490  ABC-2 type transporter  37.35 
 
 		 286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0717  O-antigen export system permease protein  31.52 
 
 		 287 aa  163  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0821  putative lipopolysaccharide/O-antigen ABC transporter, permease protein  31.52 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5659  putative O-antigene/LPS export system permease protein  31.8 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.85695 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4931  ABC-2 type transporter protein  35.12 
 
 		 216 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4064  hypothetical protein  33.33 
 
 		 265 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0496606 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2483  ABC-2 type transporter  27.34 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3132  ABC-2 type transporter  31.31 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2626  lipopolysaccharide/O-antigen transport protein  30.18 
 
 		 264 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7048  putative O-antigen export system permease protein  30.99 
 
 		 638 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0520  O-antigen export system permease protein RfbD  28.23 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0524  hypothetical protein  28.23 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01381  hypothetical protein  28.05 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  28.87 
 
 		 264 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  29.08 
 
 		 264 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1218  putative ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  27.56 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.990833  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  28.71 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0420  ABC-2 type transporter  28.64 
 
 		 268 aa  71.6  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  26.34 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20931  hypothetical protein  27.6 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129614  normal  0.872468 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  29.29 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  27.4 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1386  ABC-2 type transporter  28.33 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.823591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1674  ABC-2 type transporter  26.94 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0565  ABC-2 type transporter  28.5 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71960  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  27.4 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2581  ABC-2 type transporter  22.75 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0349  ABC-2 type transporter  25.73 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.936276  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3894  ABC-2 type transporter  25.74 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0395  ABC-2 type transporter  27.97 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  29.64 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  25.88 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  23.38 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4139  ABC-2 type transporter  28.32 
 
 		 606 aa  60.1  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.795712  hitchhiker  0.00294376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  23.53 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2570  ABC-2 type transporter  23.14 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0125622  normal  0.492528 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1065  ABC-2 type transporter  22.12 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.277527  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  22.62 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4466  ABC-2 type transporter  22.65 
 
 		 478 aa  59.3  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0450  ABC-2 type transporter  22.22 
 
 		 276 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1405  ABC-2 type transporter  25.93 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.842674  normal  0.590881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2771  ABC-2 type transporter  25.47 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.588379  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0495  putative ABC-2 type transport system permease protein  23.38 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0237472  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3367  ABC-2 type transporter  27.88 
 
 		 604 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0747872 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0506  ABC-2 type transporter  24.17 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1558  ABC-2 type transporter  21.29 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1406  hypothetical protein  23.5 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.23309 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4966  teichoic acid translocation permease; teichoic acid ABC transporter, permease  23.21 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1986  polysaccharide ABC transporter, permease protein, putative  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3160  ABC-2 type transport system integral membrane protein  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1473  ABC-2 type transport system integral membrane protein  27.27 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.851952  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0491  ABC-2 type transporter  24.77 
 
 		 261 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.605473  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0927  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2757  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.011333  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3100  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3137  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.431883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1848  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.86 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 273 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2268  O-antigen export system permease protein RfbA  23.87 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.259861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1551  ABC-2 type transporter  23.12 
 
 		 265 aa  53.9  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1732  hypothetical protein  26.34 
 
 		 263 aa  54.3  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2464  ABC-2 type transporter  35.4 
 
 		 286 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.114145  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3817  ABC-2 type transporter  23.56 
 
 		 270 aa  53.9  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0117338  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3355  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 		 276 aa  53.5  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3245  ABC-2 type transporter  23.46 
 
 		 290 aa  53.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.790565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0626  carbohydrate ABC-transporter, permease protein, putative  22.65 
 
 		 275 aa  52.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.580926  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1076  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  26.17 
 
 		 275 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.552725  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5679  ABC-2 type transporter  29.02 
 
 		 294 aa  52.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5119  techoic acid ABC transporter efflux permease  24.26 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5511  techoic acid ABC transporter efflux permease  24.26 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0847  polysaccharide ABC transporter, permease  23.61 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0287089  normal  0.113997 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>