150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2778 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2778  hypothetical protein  100 
 
 		 285 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1878  ABC transporter permease protein  41.8 
 
 		 271 aa  223  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.725139 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2684  ABC-2 type transporter  40.82 
 
 		 267 aa  222  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.3362  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0490  ABC-2 type transporter  38.15 
 
 		 286 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01510  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  38.6 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0176682 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0741  ABC-2 type transporter  38.65 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4323  ABC-2 type transporter  39.63 
 
 		 289 aa  199  6e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2139  ABC transporter permease protein  37.84 
 
 		 267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.479828  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0134  ABC-2 type transporter  38.24 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2740  ABC-2 type transporter  38.64 
 
 		 283 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0744  ABC-2 type transporter  36.58 
 
 		 260 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2055  ABC-2 type transporter  37.45 
 
 		 267 aa  195  7e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4993  ABC-2 type transporter  39.39 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5081  ABC-2 type transporter  39.39 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.55158 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5374  ABC-2 type transporter  39.39 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.187664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0278  ABC-2 type transporter  37.88 
 
 		 288 aa  193  3e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.160233  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0394  ABC-2 type transporter  35.66 
 
 		 260 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0876  ABC-2 type transporter  35.66 
 
 		 260 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0847  ABC-2 type transporter  37.74 
 
 		 260 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.107638 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6709  ABC-2 type transporter  36.72 
 
 		 259 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13817  O-antigen/lipopolysaccharide transport integral membrane protein ABC transporter rfbD  40.54 
 
 		 280 aa  186  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0765  ABC-2 type transporter  37.55 
 
 		 267 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1184  ABC-2 type transporter  39.77 
 
 		 276 aa  185  7e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5620  ABC-2 type transporter  40.15 
 
 		 276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.841372 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4100  ABC-2 type transporter  36.01 
 
 		 285 aa  182  8.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0821  putative lipopolysaccharide/O-antigen ABC transporter, permease protein  35.66 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0717  O-antigen export system permease protein  36.15 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3139  ABC-2 type transporter  37.84 
 
 		 266 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.318534  normal  0.283866 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0846  O-antigen export system, permease  33.2 
 
 		 256 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000568855 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0782  O-antigen export system permease protein  33.2 
 
 		 256 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.325104  normal  0.0451845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0879  O-antigen export system, permease  33.59 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.17819 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0486  ABC-2 type transporter  34.71 
 
 		 263 aa  143  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4064  hypothetical protein  35.27 
 
 		 265 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0496606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5659  putative O-antigene/LPS export system permease protein  32.78 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.85695 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4931  ABC-2 type transporter protein  35.12 
 
 		 216 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7048  putative O-antigen export system permease protein  34.26 
 
 		 638 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0520  O-antigen export system permease protein RfbD  30.49 
 
 		 260 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0524  hypothetical protein  30.49 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2483  ABC-2 type transporter  26.54 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2626  lipopolysaccharide/O-antigen transport protein  27.2 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3132  ABC-2 type transporter  29.13 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01381  hypothetical protein  28.63 
 
 		 276 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1674  ABC-2 type transporter  25.79 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  26.47 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0841  polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.25 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1227  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  26.8 
 
 		 275 aa  72  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  26.89 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2581  ABC-2 type transporter  27.35 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1397  ABC-2 type transporter  27.83 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00114129  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1405  ABC-2 type transporter  28.03 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.842674  normal  0.590881 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1558  ABC-2 type transporter  25.78 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  28.7 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  29.76 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2462  ABC transporter, inner membrane subunit  26.72 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.255904  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4466  ABC-2 type transporter  25.82 
 
 		 478 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1065  ABC-2 type transporter  23.32 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.277527  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1588  ABC-2 type transporter  24.76 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1218  putative ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  24.7 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.990833  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  26.5 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  27.12 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  26.77 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1493  ABC-2 type transporter  28.26 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.121302  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0349  ABC-2 type transporter  26.81 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.936276  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4244  ABC-2 type transporter  24.9 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2570  ABC-2 type transporter  26.42 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0125622  normal  0.492528 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3089  hypothetical protein  23.79 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.231673  normal  0.368889 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  24.66 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3245  ABC-2 type transporter  21.49 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.790565 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1406  hypothetical protein  25.5 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.23309 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  24.41 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0190  ABC-2 type transporter  24.8 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1386  ABC-2 type transporter  27.19 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.823591  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5119  techoic acid ABC transporter efflux permease  25.81 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5511  techoic acid ABC transporter efflux permease  25.81 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71960  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  26.21 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5361  putative techoic acid ABC transporter, efflux permease  25.81 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  23.28 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3031  ABC-2 type transporter  26.61 
 
 		 294 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0506  ABC-2 type transporter  23.86 
 
 		 258 aa  53.5  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2771  ABC-2 type transporter  25.46 
 
 		 277 aa  53.5  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.588379  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3980  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, inner membrane subunit  25.44 
 
 		 298 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.693027 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5890  ABC-2 type transporter  24.26 
 
 		 310 aa  52.8  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.706739  normal  0.557903 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2433  ABC-2 type transporter  24.04 
 
 		 287 aa  52.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0840786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0420  ABC-2 type transporter  25.28 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3355  ABC-2 type transporter  23.61 
 
 		 276 aa  51.6  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20931  hypothetical protein  24.77 
 
 		 265 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129614  normal  0.872468 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5477  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3367  ABC-2 type transporter  26.27 
 
 		 604 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0747872 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4139  ABC-2 type transporter  24.21 
 
 		 606 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.795712  hitchhiker  0.00294376 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  23.58 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4945  ABC-2 type transporter  21.16 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  26.83 
 
 		 273 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  26.7 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3693  ABC-2 type transporter  23.39 
 
 		 271 aa  50.4  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  26.64 
 
 		 283 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0704  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  20.69 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4049  hypothetical protein  27.75 
 
 		 272 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.448399  normal  0.5614 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  25.24 
 
 		 276 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0565  ABC-2 type transporter  26.83 
 
 		 263 aa  50.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2771  ABC-2 type transporter  26.67 
 
 		 277 aa  50.1  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538359 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>