174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0744 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0744  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 260 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0394  ABC-2 type transporter  86.92 
 
 		 260 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0876  ABC-2 type transporter  86.92 
 
 		 260 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0847  ABC-2 type transporter  80 
 
 		 260 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.107638 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6709  ABC-2 type transporter  64.48 
 
 		 259 aa  348  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2684  ABC-2 type transporter  40.89 
 
 		 267 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.3362  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2139  ABC transporter permease protein  41.7 
 
 		 267 aa  228  7e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.479828  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2055  ABC-2 type transporter  41.7 
 
 		 267 aa  228  8e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2740  ABC-2 type transporter  42.15 
 
 		 283 aa  211  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1878  ABC transporter permease protein  38.85 
 
 		 271 aa  208  9e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.725139 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0278  ABC-2 type transporter  36.7 
 
 		 288 aa  196  5.000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.160233  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2778  hypothetical protein  36.58 
 
 		 285 aa  195  6e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0717  O-antigen export system permease protein  36.72 
 
 		 287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0821  putative lipopolysaccharide/O-antigen ABC transporter, permease protein  36.72 
 
 		 287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4323  ABC-2 type transporter  36.26 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4993  ABC-2 type transporter  36.29 
 
 		 276 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5081  ABC-2 type transporter  36.29 
 
 		 276 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.55158 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5374  ABC-2 type transporter  36.29 
 
 		 276 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.187664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13817  O-antigen/lipopolysaccharide transport integral membrane protein ABC transporter rfbD  36.15 
 
 		 280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01510  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  33.69 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0176682 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1184  ABC-2 type transporter  36.92 
 
 		 276 aa  178  5.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0134  ABC-2 type transporter  32.63 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5620  ABC-2 type transporter  36.15 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.841372 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4100  ABC-2 type transporter  36.64 
 
 		 285 aa  176  5e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0741  ABC-2 type transporter  38.31 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3139  ABC-2 type transporter  34.5 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.318534  normal  0.283866 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0486  ABC-2 type transporter  34.58 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0490  ABC-2 type transporter  35.71 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0765  ABC-2 type transporter  32.3 
 
 		 267 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4064  hypothetical protein  35.94 
 
 		 265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0496606 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0846  O-antigen export system, permease  33.07 
 
 		 256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000568855 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0782  O-antigen export system permease protein  33.07 
 
 		 256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.325104  normal  0.0451845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0879  O-antigen export system, permease  33.07 
 
 		 256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.17819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5659  putative O-antigene/LPS export system permease protein  29.92 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.85695 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7048  putative O-antigen export system permease protein  33.96 
 
 		 638 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2483  ABC-2 type transporter  25.28 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2626  lipopolysaccharide/O-antigen transport protein  28.74 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0520  O-antigen export system permease protein RfbD  31.25 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0524  hypothetical protein  31.25 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4931  ABC-2 type transporter protein  30.1 
 
 		 216 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3132  ABC-2 type transporter  28.51 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01381  hypothetical protein  27.62 
 
 		 276 aa  89.7  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1218  putative ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  28.83 
 
 		 259 aa  87  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.990833  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  28.37 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20931  hypothetical protein  26.82 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129614  normal  0.872468 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  27.23 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1674  ABC-2 type transporter  26.82 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  27.36 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1065  ABC-2 type transporter  24.67 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.277527  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1386  ABC-2 type transporter  24.89 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.823591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  27.59 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1435  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export system, permease component  27.97 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0506  ABC-2 type transporter  26.79 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4205  ABC-2 type transporter  24.73 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.145294 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  25.64 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08840  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  25.96 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.704211 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3355  ABC-2 type transporter  26.03 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5477  ABC-2 type transporter  27.8 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0565  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3132  ABC-2 type transporter  26 
 
 		 570 aa  63.2  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1558  ABC-2 type transporter  22.57 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5770  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4244  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 268 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  26.27 
 
 		 263 aa  62  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  25.87 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  23.65 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  23.91 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0841  polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.21 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26770  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  24.1 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.99915 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  28.1 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4966  teichoic acid translocation permease; teichoic acid ABC transporter, permease  26.02 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3245  ABC-2 type transporter  24.27 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.790565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0450  ABC-2 type transporter  22.89 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4903  ABC-2 type transporter  26.05 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  24 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0660  hypothetical protein  24.68 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000211424  hitchhiker  0.000000177983 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71960  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  28.44 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0208  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export system, permease component  27.14 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2771  ABC-2 type transporter  28.96 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538359 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  28.4 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2581  ABC-2 type transporter  22.87 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3693  ABC-2 type transporter  25.79 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1588  ABC-2 type transporter  23.81 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1405  ABC-2 type transporter  26.77 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.842674  normal  0.590881 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  23.63 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1724  ABC-2 type transporter  25.23 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal  0.0420045 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0420  ABC-2 type transporter  24.38 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1504  ABC transporter permease  24.8 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.705016  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1397  ABC-2 type transporter  23.36 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00114129  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2268  O-antigen export system permease protein RfbA  23.2 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.259861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1103  ABC-2 type transporter  24.22 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3894  ABC-2 type transporter  24.27 
 
 		 287 aa  54.7  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  23.87 
 
 		 282 aa  54.7  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5119  techoic acid ABC transporter efflux permease  25.36 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0194  ABC-2 type transporter  25.23 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5511  techoic acid ABC transporter efflux permease  25.36 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5361  putative techoic acid ABC transporter, efflux permease  25.36 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0189  ABC-2 type transporter  25.23 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.244622 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5199  ABC-2 type transporter  22.85 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.148963  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  28.18 
 
 		 283 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>