203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0704 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0704  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 258 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0610  hypothetical protein  82.56 
 
 		 258 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.421452 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0275  ABC-2 type transporter  30.2 
 
 		 257 aa  126  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  32.93 
 
 		 264 aa  123  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  30.89 
 
 		 264 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  31.22 
 
 		 264 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  30.43 
 
 		 264 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0506  ABC-2 type transporter  29.1 
 
 		 258 aa  115  8.999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0318  ABC-2 type transporter  29.5 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.876594  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  27.69 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0565  ABC-2 type transporter  30.5 
 
 		 263 aa  113  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  27.67 
 
 		 261 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0190  ABC-2 type transporter  27.76 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  32.14 
 
 		 265 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  27.71 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71960  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  32.59 
 
 		 265 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1065  ABC-2 type transporter  27.31 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.277527  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2268  O-antigen export system permease protein RfbA  26.67 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.259861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  28.57 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5890  ABC-2 type transporter  34.59 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.706739  normal  0.557903 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1986  polysaccharide ABC transporter, permease protein, putative  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3160  ABC-2 type transport system integral membrane protein  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0927  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2757  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.011333  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3100  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3137  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.431883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1848  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.76 
 
 		 277 aa  99  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1473  ABC-2 type transport system integral membrane protein  25.95 
 
 		 277 aa  98.6  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.851952  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1748  ABC-2 type transporter  29.07 
 
 		 316 aa  97.8  1e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  26.23 
 
 		 282 aa  98.6  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1732  hypothetical protein  29.02 
 
 		 263 aa  97.1  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  27.49 
 
 		 276 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0724  hypothetical protein  29.17 
 
 		 318 aa  95.9  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.432005  normal  0.438264 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3799  ABC O-antigen/lipopolysaccharide exporter, innermembrane subunit  27.48 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3693  ABC-2 type transporter  24.22 
 
 		 271 aa  94.7  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3031  ABC-2 type transporter  27.8 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3132  ABC-2 type transporter  29.65 
 
 		 570 aa  94.4  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0841  polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.65 
 
 		 278 aa  94  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4137  ABC-2 type transporter  26.62 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000402525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1386  ABC-2 type transporter  29.22 
 
 		 266 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.823591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4139  ABC-2 type transporter  26.55 
 
 		 606 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.795712  hitchhiker  0.00294376 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0370  putative ABC-2 type transport system permease protein  25.7 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4049  hypothetical protein  24.63 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.448399  normal  0.5614 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3367  ABC-2 type transporter  26.99 
 
 		 604 aa  90.9  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0747872 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2756  ABC-2 type transporter  27.8 
 
 		 633 aa  90.5  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1405  ABC-2 type transporter  27.43 
 
 		 278 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.842674  normal  0.590881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3245  ABC-2 type transporter  24.81 
 
 		 290 aa  89.4  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.790565 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  28.19 
 
 		 283 aa  89.4  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05410  ABC transporter  25.77 
 
 		 272 aa  89  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1406  hypothetical protein  26.12 
 
 		 276 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.23309 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4244  ABC-2 type transporter  27.57 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3924  ABC-2 type transporter  26.07 
 
 		 275 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.415851 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  29.66 
 
 		 283 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0626  carbohydrate ABC-transporter, permease protein, putative  25.4 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.580926  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2538  lipopolysaccharide exporter  27.55 
 
 		 276 aa  87.8  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.094408  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1363  ABC-2 type transporter  27.38 
 
 		 284 aa  87.4  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.521768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1551  ABC-2 type transporter  22.89 
 
 		 265 aa  87.8  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4466  ABC-2 type transporter  24.1 
 
 		 478 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2397  hypothetical protein  24.91 
 
 		 273 aa  85.9  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0564424  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  26.32 
 
 		 282 aa  85.9  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1397  ABC-2 type transporter  26.32 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00114129  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1183  ABC-2 type transporter  28.19 
 
 		 281 aa  84.7  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3871  ABC-2 type transporter  26.24 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0420  ABC-2 type transporter  26.32 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2045  ABC-2 type transporter  27.16 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3197  ABC-2 type transporter  26.51 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1588  ABC-2 type transporter  27.91 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2314  ABC-2 type transporter  22.52 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2803  ABC-2 type transporter  25.3 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  28.51 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3461  ABC-2 type transporter permease protein  25.23 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273257  normal  0.0897342 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4903  ABC-2 type transporter  24.5 
 
 		 278 aa  82.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2173  ABC-2 type transporter  25.35 
 
 		 281 aa  82  0.000000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0652138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15960  ABC-2 transporter, permease component  23.44 
 
 		 279 aa  82  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5770  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0716  hypothetical protein  25.48 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3980  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, inner membrane subunit  24.43 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.693027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0650  ABC polysaccharide efflux pump, inner membrane subunit  25 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.414968  normal  0.240242 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5477  ABC-2 type transporter  24.33 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3817  ABC-2 type transporter  25.74 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0117338  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2581  ABC-2 type transporter  24.41 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1493  ABC-2 type transporter  26.4 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.121302  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  25.32 
 
 		 273 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1076  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  23.48 
 
 		 275 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.552725  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1227  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  23.83 
 
 		 275 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2462  ABC transporter, inner membrane subunit  25.37 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.255904  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1239  ABC-2 type transporter  26.4 
 
 		 272 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0189  ABC-2 type transporter  25.98 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.244622 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0194  ABC-2 type transporter  25.98 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1504  ABC transporter permease  24.3 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.705016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2109  ABC-2 type transporter  25.4 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1674  ABC-2 type transporter  23.74 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1558  ABC-2 type transporter  25.82 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2027  ABC-2 type transporter  25.79 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.514923  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4205  ABC-2 type transporter  25.88 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.145294 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0837  ABC transporter of LPS O-antigen, Wzm  24.22 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0813  ABC transporter of LPS O-antigen, Wzm  24.22 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4002  hypothetical protein  26.17 
 
 		 276 aa  75.5  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.670421 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0847  polysaccharide ABC transporter, permease  23.44 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0287089  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26770  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  24.88 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.99915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>