More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1964 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2626  major facilitator transporter  90.02 
 
 		 491 aa  902    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0112575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1964  nitrate/nitrite transporter  100 
 
 		 491 aa  983    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2277  nitrate transporter  72.19 
 
 		 490 aa  728    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.204683 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03877  Nitrate transporter  62.73 
 
 		 488 aa  634    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1511  nitrite transporter  61.32 
 
 		 488 aa  610  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1022  nitrite transporter  60.12 
 
 		 489 aa  608  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4950  nitrate permease  60 
 
 		 493 aa  600  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3714  nitrate transporter  60.9 
 
 		 491 aa  596  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0247  nitrate transporter  59.84 
 
 		 489 aa  597  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2419  major facilitator transporter  60.69 
 
 		 488 aa  592  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2763  nitrite transporter  58.86 
 
 		 489 aa  587  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.178731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1877  nitrite transporter  59.88 
 
 		 488 aa  587  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.108143  hitchhiker  0.00227018 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1813  nitrite transporter  58.66 
 
 		 488 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920075  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1551  major facilitator transporter  59.43 
 
 		 500 aa  580  1e-164  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504372 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1320  major facilitator transporter  58.22 
 
 		 503 aa  570  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2278  cellulose-binding family II protein  52.83 
 
 		 496 aa  511  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0826751 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1069  nitrite transporter  53.03 
 
 		 502 aa  486  1e-136  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3528  nitrite transporter  51.21 
 
 		 525 aa  472  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.438078 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3642  nitrite transporter  51.2 
 
 		 534 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.289797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2467  nitrite transporter  51.72 
 
 		 533 aa  468  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2271  nitrate transporter  50.1 
 
 		 513 aa  446  1.0000000000000001e-124  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2642  nitrate transporter  49.8 
 
 		 513 aa  447  1.0000000000000001e-124  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.436461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3139  major facilitator superfamily transporter  45.15 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0662  major facilitator transporter  44.63 
 
 		 504 aa  396  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0601  MFS nitrate/nitrite transporter  43.09 
 
 		 493 aa  381  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1007  major facilitator transporter  44.24 
 
 		 502 aa  374  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0945762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2773  major facilitator superfamily MFS_1  35.24 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3052  major facilitator superfamily MFS_1  34.8 
 
 		 458 aa  142  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1319  nitrate/nitrite transporter  32.27 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26062  MFS family transporter: nitrate  27.96 
 
 		 494 aa  137  5e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177883  normal  0.675412 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1131  major facilitator transporter  33.82 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.727558  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01008  Nitrate transporter (Nitrate permease) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P22152]  26.45 
 
 		 507 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.685038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4817  nitrate transporter  36.87 
 
 		 437 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438649  normal  0.974789 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5658  major facilitator transporter  29.5 
 
 		 433 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2061  major facilitator superfamily MFS_1  36.45 
 
 		 436 aa  116  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4859  major facilitator transporter  36.41 
 
 		 439 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03167  high affinity nitrate transporter transmembrane protein  43.33 
 
 		 441 aa  110  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0455784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4163  major facilitator superfamily MFS_1  43.33 
 
 		 440 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4275  major facilitator superfamily MFS_1  43.33 
 
 		 440 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0894681  normal  0.312295 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5402  major facilitator superfamily MFS_1  33.5 
 
 		 431 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_2032  predicted protein  29.95 
 
 		 442 aa  103  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.688536  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2381  major facilitator superfamily MFS_1  32.51 
 
 		 434 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1343  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 441 aa  96.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.664444  normal  0.258737 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4146  major facilitator transporter  32.73 
 
 		 441 aa  95.5  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0582017 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00399  High affinity nitrate transporter NrtBPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8X193]  26.01 
 
 		 497 aa  94.7  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.155004  normal  0.598208 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3861  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 441 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.490753  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5796  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 441 aa  95.1  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529423 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4507  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 441 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00396099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4401  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 441 aa  94.7  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  0.0892068 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3937  major facilitator transporter  33.03 
 
 		 441 aa  94.7  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.526617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3626  major facilitator superfamily MFS_1  35.53 
 
 		 442 aa  89.7  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_54560  predicted protein  28.64 
 
 		 526 aa  87.4  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.548849  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0337  putative nitrate transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.510799  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1087  putative nitrate transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1755  putative nitrite transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.350912  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1250  putative nitrate transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.145167  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0244  nitrate transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0083  putative nitrate transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1169  nitrate transporter, putative  38.1 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0115778  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1666  putative nitrite transporter  32.16 
 
 		 441 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.916312  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2957  major facilitator transporter  29.11 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.902774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2304  nitrate transporter  30.66 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144946  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1543  major facilitator transporter  29.55 
 
 		 206 aa  78.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1404  major facilitator superfamily MFS_1  33.16 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.802678  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0246  major facilitator superfamily MFS_1  29.41 
 
 		 444 aa  77.8  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1204  major facilitator transporter  33.83 
 
 		 394 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2535  major facilitator superfamily MFS_1  28.91 
 
 		 395 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2102  nitrate transporter  28.91 
 
 		 403 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00251699 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0321  nitrate transporter  32.8 
 
 		 403 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4237  nitrite transporter  26.96 
 
 		 905 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.880598  normal  0.425469 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1971  major facilitator transporter  29.26 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2790  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 418 aa  73.9  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.284899  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1401  nitrate/proton symporter  28.8 
 
 		 422 aa  73.6  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1705  major facilitator transporter  31.78 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.460049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1783  nitrate transporter  30.65 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5214  major facilitator superfamily MFS_1  32.35 
 
 		 403 aa  73.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.833951  normal  0.607033 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1264  major facilitator transporter  30.73 
 
 		 411 aa  73.2  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0825  nitrate transporter  30.37 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0211862 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2171  nitrate transporter  34.19 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_26029  predicted protein  31.72 
 
 		 478 aa  71.2  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000382516  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2145  nitrate transporter  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1990  nitrate transporter  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.019185  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1964  nitrite extrusion protein  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1942  nitrite extrusion protein  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3390  major facilitator transporter  34.84 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2138  nitrate transporter  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1540  major facilitator family transporter  33.54 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3170  nitrate transporter  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2285  nitrate transporter  34.19 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1145  nitrite transporter  29.86 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54101  predicted protein  32.29 
 
 		 471 aa  70.1  0.00000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.644826  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0117  nitrate/nitrite transporter  32.92 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1981  major facilitator transporter  34.84 
 
 		 389 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0384257  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2708  major facilitator transporter  27.32 
 
 		 441 aa  70.1  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.144735 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1625  major facilitator family transporter  32.92 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.339331  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2675  major facilitator superfamily MFS_1  28.37 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2835  major facilitator transporter  26.83 
 
 		 428 aa  68.6  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1107  major facilitator transporter  33.55 
 
 		 440 aa  68.6  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0207  major facilitator superfamily MFS_1  27.98 
 
 		 506 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3771  major facilitator superfamily MFS_1  28.12 
 
 		 404 aa  68.2  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>