More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0122 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0122  ABC transporter-related protein  100 
 
 		 239 aa  499  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0085  ABC transporter related  75.73 
 
 		 239 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3685  ABC transporter-related protein  69.17 
 
 		 238 aa  338  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4096  ABC transporter related  63.93 
 
 		 248 aa  300  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0080  ABC transporter related  62.18 
 
 		 236 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4319  ABC transporter related  61.76 
 
 		 236 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4459  ABC transporter related  61.34 
 
 		 236 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4264  ABC transporter related  61.34 
 
 		 236 aa  292  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3881  ABC transporter related  60.35 
 
 		 236 aa  281  9e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4079  ABC transporter related  58.58 
 
 		 235 aa  275  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3876  ABC transporter related  58.58 
 
 		 235 aa  275  5e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3969  ABC transporter related  58.58 
 
 		 235 aa  275  6e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4721  ABC transporter, ATP-binding protein  57.56 
 
 		 235 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3919  ABC transporter related  60.19 
 
 		 249 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0617327  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0122  ABC transporter, ATP-binding protein  47.7 
 
 		 230 aa  226  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.712948 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1132  ABC transporter, ATP-binding protein  39.45 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02262  ABC-type cobalt transport system, ATPase component  38.91 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003506  ABC-type tungstate transport system ATP-binding protein  37.86 
 
 		 239 aa  171  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1399  ABC transporter, ATP-binding protein  36.65 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2082  ABC transporter related  36.94 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2782  ABC transporter related  35.5 
 
 		 228 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.547592  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0428  ABC transporter related  32.05 
 
 		 241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02513 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0151  ABC transporter related  29.66 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539843  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1239  ABC-transporter ATP-binding protein  32 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1602  ABC transporter related  30.63 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.752612 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2702  ABC transporter, ATP-binding protein  33.68 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  31.39 
 
 		 372 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0770  ABC transporter, ATP-binding protein  32.7 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.28039  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1330  ABC transporter, ATP-binding protein  32.7 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3396  ABC opine/polyamine transporter, ATPase subunit  31.39 
 
 		 372 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0852  ABC-transporter ATP-binding protein  32 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00556343  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0695  ABC transporter, ATP-binding protein  32.7 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0568  ABC transporter related  30.8 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3404  ABC transporter related  31.13 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.368682  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1754  ABC transporter related  30.63 
 
 		 237 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0465  ABC transporter related  30.33 
 
 		 264 aa  118  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2632  ABC transporter ATP-binding protein  38.78 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0326334  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1039  ABC transporter-related protein  35.6 
 
 		 247 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000118071  hitchhiker  0.000000087208 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1770  ATPase  30.4 
 
 		 240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.464592  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2461  ABC transporter related  36.45 
 
 		 232 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405076  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0225  ABC transporter related  29.91 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0676  ABC transporter related  32.89 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.620401  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03663  hypothetical protein  30.4 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0065  ABC transporter related  29.69 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.127578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3669  ABC transporter, ATP-binding protein  30.13 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0178  ABC transporter related  30.8 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002404  lipopolysaccharide ABC transporter ATP-binding protein LptB  31.08 
 
 		 241 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.052444  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1685  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  33.94 
 
 		 357 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409231 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0595  ABC transporter related protein  29.13 
 
 		 249 aa  113  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.63679  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1023  ABC transporter related protein  30.22 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2867  ABC transporter related  35.98 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5254  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  29.91 
 
 		 370 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2834  ABC transporter related  31.96 
 
 		 358 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.698538  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1937  ABC transporter related  30.18 
 
 		 244 aa  112  7.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1202  ABC transporter related  29.27 
 
 		 256 aa  111  9e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  30.21 
 
 		 362 aa  111  9e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1506  ABC transporter related  29.02 
 
 		 241 aa  111  9e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0341851  hitchhiker  0.00249161 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3585  ATPase  29.73 
 
 		 254 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3077  ABC transporter related  30.73 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.296256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2851  ABC transporter related  28.71 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1540  ABC transporter related  30.14 
 
 		 244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00440464  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3668  ABC transporter related  29.73 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1421  hypothetical protein  29.02 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.872796 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0625  ABC transporter related protein  27.19 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0176  ABC transporter related  29.28 
 
 		 333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102512  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1706  ABC transporter related  34.67 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0694  ABC transporter related protein  32.6 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4965  ABC transporter related  33.33 
 
 		 357 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0950419  normal  0.125498 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0868  ABC transporter related  28.12 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2304  ABC transporter related  29.78 
 
 		 360 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.671211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1673  ABC transporter related  30.7 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3709  ABC transporter related  29.79 
 
 		 265 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.320955  normal  0.158224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0742  ABC transporter, ATP-binding protein  30.83 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0290801  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1388  ABC transporter related  31.28 
 
 		 253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1145  ABC transporter related  29.78 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0734842  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0751  ABC transporter, ATP-binding protein  30.74 
 
 		 241 aa  108  5e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.54301  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  29.73 
 
 		 363 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0158  ABC transporter related  30.18 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.44909 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2605  ABC transporter related  29.33 
 
 		 244 aa  108  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.675994 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0499  ABC transport protein, ATP-binding component  28.51 
 
 		 241 aa  108  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.3926  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0169  cell division ATP-binding protein FtsE  30.05 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1149  ABC transporter-related protein  31.58 
 
 		 240 aa  108  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572088  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1196  ABC transporter related protein  29.73 
 
 		 243 aa  108  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0251  ATPase  27.93 
 
 		 244 aa  108  7.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0955  ABC transporter related  28.45 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2973  ABC transporter related  29.3 
 
 		 246 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000014361  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4208  ABC transporter related  29.52 
 
 		 259 aa  108  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216792  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0024  ABC transporter related  31.19 
 
 		 252 aa  108  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00950535  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0174  ABC transporter, ATPase subunit  29.28 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.645822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0597  ABC transporter related  29.39 
 
 		 261 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0435549 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0385  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  30.04 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  28.63 
 
 		 367 aa  107  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0284  ABC transporter related protein  32.86 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1982  ABC-transporter ATP-binding protein  28.32 
 
 		 243 aa  107  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4486  ABC transporter related  28.81 
 
 		 268 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.152694 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1794  cobalt ABC transporter, ATPase subunit  26.7 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000176304  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0471  ABC transporter related  29.11 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.185653  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2771  ABC transporter related  29.36 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1478  ABC transporter, ATP-binding protein  31.1 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00879269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0122  putative ABC transporter ATP-binding protein  28.44 
 
 		 336 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.069577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>