114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4994 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 256 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  55.86 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  40.73 
 
 		 266 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  40.73 
 
 		 266 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  39.81 
 
 		 265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  37.71 
 
 		 281 aa  176  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  38.5 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  38.5 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  37.2 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  30.8 
 
 		 260 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  33.06 
 
 		 258 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  33.06 
 
 		 258 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  32.61 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  32.24 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  34.21 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  32.42 
 
 		 265 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  29.67 
 
 		 269 aa  102  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  30.99 
 
 		 265 aa  101  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  28.24 
 
 		 260 aa  95.5  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  31.58 
 
 		 278 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  29.79 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  28.07 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  28.07 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  28.07 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  28.07 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  28.07 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  28.07 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  29.61 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  29.8 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  28.35 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 268 aa  86.3  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  28.3 
 
 		 264 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  25.69 
 
 		 263 aa  85.5  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  24.19 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  29.41 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  27.92 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  30.23 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  26.39 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  30 
 
 		 264 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  30.37 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  26.61 
 
 		 275 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  25.5 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  24.78 
 
 		 267 aa  76.3  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  27.1 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  27.16 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.34 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.34 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  26.59 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  24.49 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  24.71 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  25.19 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  23.96 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  24.19 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  26.6 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  29.53 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  25.98 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  24.89 
 
 		 377 aa  62  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  24.8 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2109  ABC-2 type transporter  24.02 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  23.38 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4945  ABC-2 type transporter  26.6 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3355  ABC-2 type transporter  24.75 
 
 		 276 aa  53.1  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  24.44 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  24.53 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1889  ABC-2 type transporter  27.68 
 
 		 278 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.2496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1863  ABC-2 type transporter  27.68 
 
 		 278 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5770  ABC-2 type transporter  23.98 
 
 		 277 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3817  ABC-2 type transporter  23.08 
 
 		 270 aa  49.7  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0117338  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2645  ABC-2 type transporter  25.26 
 
 		 268 aa  49.7  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3036  ABC-2 type transporter  25.26 
 
 		 268 aa  49.7  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  25.57 
 
 		 283 aa  48.9  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3132  ABC-2 type transporter  27.27 
 
 		 570 aa  48.9  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  24.3 
 
 		 276 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0650  ABC polysaccharide efflux pump, inner membrane subunit  25.46 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.414968  normal  0.240242 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1504  ABC transporter permease  23.26 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.705016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2538  lipopolysaccharide exporter  23.79 
 
 		 276 aa  47.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.094408  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 283 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1724  ABC-2 type transporter  23.53 
 
 		 274 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal  0.0420045 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  23.77 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4903  ABC-2 type transporter  23.15 
 
 		 278 aa  46.6  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1681  ABC-2 type transporter  25.33 
 
 		 298 aa  46.2  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.103356 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1239  ABC-2 type transporter  22.37 
 
 		 272 aa  46.2  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4466  ABC-2 type transporter  20 
 
 		 478 aa  45.8  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  24.79 
 
 		 273 aa  45.4  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2570  ABC-2 type transporter  25.24 
 
 		 279 aa  45.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0125622  normal  0.492528 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1497  hypothetical protein  30.66 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0189  ABC-2 type transporter  22.31 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.244622 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05410  ABC transporter  22.99 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0194  ABC-2 type transporter  22.31 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5679  ABC-2 type transporter  21.74 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  24.88 
 
 		 277 aa  44.7  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2464  ABC-2 type transporter  23.31 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.114145  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  22.73 
 
 		 264 aa  43.9  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  21.23 
 
 		 282 aa  43.9  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2268  O-antigen export system permease protein RfbA  23.11 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.259861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1551  ABC-2 type transporter  19.62 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1103  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 275 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1332  ABC-2 type transporter  26.42 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.993972  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0565  ABC-2 type transporter  23.11 
 
 		 263 aa  43.9  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>