67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3240 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 198 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  45.96 
 
 		 259 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  37.95 
 
 		 258 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  37.95 
 
 		 258 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  37.35 
 
 		 258 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  36.47 
 
 		 267 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  32.95 
 
 		 302 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  31.46 
 
 		 259 aa  101  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  29.65 
 
 		 269 aa  89.4  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  28.4 
 
 		 260 aa  84.7  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  28.5 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  29.02 
 
 		 277 aa  79.3  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  26.88 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  25.58 
 
 		 228 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  25.14 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  25.5 
 
 		 260 aa  65.1  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  29.53 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  25.89 
 
 		 265 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  27.36 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  27.36 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  24.73 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.02 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.02 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  26.38 
 
 		 266 aa  54.7  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  26.38 
 
 		 266 aa  54.7  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  23.67 
 
 		 271 aa  53.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2301  ABC-2 type transporter  23.78 
 
 		 273 aa  52.4  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153846  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.33 
 
 		 260 aa  51.6  0.000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3573  putative ABC-2 type transporter  19.64 
 
 		 273 aa  51.2  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.337642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  23.12 
 
 		 262 aa  50.1  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0243  hypothetical protein  29.77 
 
 		 259 aa  50.1  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.113541 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  27.65 
 
 		 278 aa  49.3  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2042  ABC-2 type transporter  24.38 
 
 		 273 aa  49.3  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0166481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  28.12 
 
 		 264 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  26.76 
 
 		 265 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  24.57 
 
 		 253 aa  46.2  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3395  hypothetical protein  21.65 
 
 		 250 aa  45.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  24.32 
 
 		 281 aa  45.8  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1607  ABC-2 type transporter  23.56 
 
 		 253 aa  45.4  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0979931  normal  0.144248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  24.59 
 
 		 248 aa  45.4  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  28.12 
 
 		 264 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  28.76 
 
 		 283 aa  44.7  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5370  ABC-2 type transporter  23.53 
 
 		 273 aa  43.9  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 219 aa  43.9  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0747  hypothetical protein  23.03 
 
 		 253 aa  44.3  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.76 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  22.76 
 
 		 263 aa  43.5  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4965  ABC-2 type transporter, NodJ family  28.81 
 
 		 281 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285071  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0482  ABC-2 type transporter, NodJ family  29.17 
 
 		 269 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.634279  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0749  ABC-2 type transporter  25.7 
 
 		 253 aa  43.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.41583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3712  ABC transporter  29.17 
 
 		 269 aa  43.5  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1143  ABC transporter  31.09 
 
 		 280 aa  43.5  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1497  hypothetical protein  24.23 
 
 		 255 aa  42.7  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0042  ABC-2 type transporter  26.16 
 
 		 266 aa  43.1  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3557  ABC transporter  28.81 
 
 		 273 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0929254  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0967  ABC-2 type transporter  32.3 
 
 		 258 aa  42.7  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2287  ABC-2 type transporter  32.26 
 
 		 263 aa  42.4  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07235  ABC transporter, permease protein  25.88 
 
 		 253 aa  42  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002558  ABC-type multidrug transport system permease component  27.1 
 
 		 256 aa  41.6  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1171  16S rRNA processing protein RimM  29.75 
 
 		 257 aa  41.6  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.730617  hitchhiker  0.000000152208 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  22.04 
 
 		 260 aa  41.6  0.009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>