26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3573 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3573  putative ABC-2 type transporter  100 
 
 		 273 aa  556  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.337642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0012  ABC transporter, permease protein  50.55 
 
 		 292 aa  285  5.999999999999999e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.591575 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2301  ABC-2 type transporter  47.99 
 
 		 273 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153846  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0214  ABC transporter, permease protein  46.15 
 
 		 273 aa  258  8e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.848634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  22.95 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  24 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  25.55 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  26.92 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  25.96 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  25.96 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  24.8 
 
 		 259 aa  57  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  25.94 
 
 		 269 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  32.56 
 
 		 255 aa  53.5  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  24.04 
 
 		 202 aa  53.1  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  22.31 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  27.36 
 
 		 280 aa  52.4  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  24.69 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  19.64 
 
 		 198 aa  51.2  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  28.93 
 
 		 277 aa  46.2  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  23.14 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  23.14 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  24.29 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  24.29 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  23.2 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  22.68 
 
 		 260 aa  42.4  0.009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  22.68 
 
 		 260 aa  42.4  0.009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>