More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1607 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1607  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 253 aa  500  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0979931  normal  0.144248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2326  ABC-2 type transporter  78.26 
 
 		 253 aa  420  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2088  ABC-2 type transporter  78.66 
 
 		 253 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0318264  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1912  ABC-2 type transporter  72.33 
 
 		 253 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.846791  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3083  ABC transporter permease  67.98 
 
 		 253 aa  364  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.646009  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2924  putative ABC transporter inner membrane subunit  67.06 
 
 		 253 aa  359  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2722  ABC transporter membrane spanning protein  65.61 
 
 		 253 aa  358  5e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3284  hypothetical protein  69.17 
 
 		 255 aa  357  7e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0995545  normal  0.811608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0861  ABC-2 type transporter  67.46 
 
 		 255 aa  357  8e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0630993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0808  hypothetical protein  69.44 
 
 		 253 aa  356  1.9999999999999998e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2741  hypothetical protein  68.38 
 
 		 253 aa  355  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6044  ABC-2 type transporter  65.61 
 
 		 253 aa  353  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0380391  normal  0.233876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6150  putative ABC-2 type transporter (permease protein)  68.25 
 
 		 253 aa  353  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00809538  normal  0.0938496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0379  ABC-2 type transporter  67.98 
 
 		 259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0411  ABC-2 type transporter  67.98 
 
 		 259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.164581 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0447  ABC-2 type transporter  67.98 
 
 		 259 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2276  ABC efflux pump, inner membrane subunit  64.82 
 
 		 253 aa  351  7e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0123592  normal  0.410533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3371  hypothetical protein  66.4 
 
 		 253 aa  351  8e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00425417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3270  ABC-2 type transporter  68.38 
 
 		 253 aa  350  8.999999999999999e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1926  ABC-2 type transporter  67.06 
 
 		 255 aa  350  1e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.14437 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2362  ABC transporter, inner membrane subunit  67.59 
 
 		 253 aa  350  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0916375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1453  ABC-2 type transporter  65.61 
 
 		 253 aa  349  3e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0977  ABC transporter permease protein  67.19 
 
 		 255 aa  348  4e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.024266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4411  ABC-2 type transporter  64.43 
 
 		 253 aa  348  4e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0478  ABC-2 type transporter  66.4 
 
 		 253 aa  348  5e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.704988  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2018  hypothetical protein  66.4 
 
 		 253 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.803499  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1714  ABC-2 type transporter  66.4 
 
 		 253 aa  345  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3260  ABC-2 type transporter  64.03 
 
 		 253 aa  344  6e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0633139  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5173  ABC-2 type transporter  64.03 
 
 		 253 aa  344  6e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108513 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5108  ABC-2 type transporter  64.03 
 
 		 253 aa  344  6e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4025  ABC-2 type transporter  64.03 
 
 		 253 aa  344  8e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4686  ABC-2 type transporter  64.03 
 
 		 253 aa  343  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731572  normal  0.106911 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03360  ABC-2 type transport system permease component  64.43 
 
 		 253 aa  343  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163605  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2524  ABC-2 type transporter  65.61 
 
 		 253 aa  343  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.438838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3534  ABC-2 type transporter  63.24 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0540  ABC transporter, inner membrane subunit  62.85 
 
 		 253 aa  341  5e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5044  ABC-2 type transporter  63.49 
 
 		 256 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.917306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4521  ABC-2 type transporter  63.49 
 
 		 256 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0749  ABC-2 type transporter  61.26 
 
 		 253 aa  335  5.999999999999999e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.41583 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3138  ABC-2 type transporter  62.45 
 
 		 253 aa  334  7.999999999999999e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00549881  normal  0.763555 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0747  hypothetical protein  65.22 
 
 		 253 aa  333  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1221  ABC-2 type transporter  62.06 
 
 		 253 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.389129  decreased coverage  0.00710452 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1332  ABC-2 type transporter  63.89 
 
 		 253 aa  332  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.993972  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1658  ABC-2 type transporter  62.85 
 
 		 255 aa  329  3e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2408  ABC-2 type transporter  64.82 
 
 		 253 aa  328  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0639  ABC-2 type transporter  64.29 
 
 		 253 aa  328  6e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0704  ABC-2 type transporter  63.24 
 
 		 259 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0516518 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2649  ABC-2 type transporter  68.38 
 
 		 253 aa  326  3e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03055  ABC-2 type transporter  62.55 
 
 		 251 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1497  hypothetical protein  58.73 
 
 		 255 aa  317  2e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4006  ABC-2 type transporter  61.51 
 
 		 253 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3273  ABC multidrug/carbohydrate efflux transporter, inner membrane subunit  61.51 
 
 		 253 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.86814  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2013  ABC-2 type transporter  59.29 
 
 		 253 aa  305  7e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1860  ABC-2 type transporter  41.67 
 
 		 257 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0607  ABC-2 type transporter  41.53 
 
 		 271 aa  192  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.837549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3121  ABC-2 type transporter  40.16 
 
 		 256 aa  192  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0121  ABC transporter, permease protein  41.2 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1016  ABC transporter permease  38.55 
 
 		 256 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.875005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2121  ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 		 254 aa  189  5e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00127  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3474  ABC-2 type transporter  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0130  ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00126  hypothetical protein  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3348  ABC transporter, permease protein  38.55 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0192428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3531  ABC-2 type transporter  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0138  ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3476  ABC-2 type transporter  38.55 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0132  ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0136  ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0574  ABC-2 type transporter permease protein  39.84 
 
 		 257 aa  187  9e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03555  ABC-type multidrug transport system, permease component  37.94 
 
 		 271 aa  187  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0836  ABC transporter, inner membrane subunit  38.15 
 
 		 253 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0881  ABC-2 type transporter  40.66 
 
 		 276 aa  185  6e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0192  ABC transporter permease  39.53 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.201983  normal  0.333926 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0189  ABC transporter permease protein  39.53 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0205  ABC transporter, permease protein  39.53 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0188  ABC transporter permease  39.53 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.137921  normal  0.864827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0197  ABC transporter permease  39.53 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.737997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3995  ABC-2 type transporter  39.6 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3588  ABC-2 type transporter  38.15 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0782802  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3711  ABC-2 type transporter  38.15 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1171  16S rRNA processing protein RimM  37.75 
 
 		 257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.730617  hitchhiker  0.000000152208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3519  ABC-2 type transporter  38.15 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238751  normal  0.0167423 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0723  ABC-2 type transporter  38.15 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03454  hypothetical protein  37.34 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0121  putative permease  36.93 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1005  ABC transporter, permease protein  37.7 
 
 		 254 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002558  ABC-type multidrug transport system permease component  36.95 
 
 		 256 aa  182  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3801  ABC transporter, permease protein  37.75 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1025  ABC-2 type transporter  38.55 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0880893  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3233  ABC-2 type transporter  38.06 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0849  ABC-type multidrug transport system, permease component  37.35 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.227676  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3881  ABC-2 type transporter  37.3 
 
 		 263 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.574088  normal  0.697417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3816  ABC-2 type transporter  37.21 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.791577 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0652  hypothetical protein  37.75 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0461  hypothetical protein  38.31 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0612935  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0690  ABC-2 type transporter  37.21 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809524  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3143  ABC-2 type transporter  37.35 
 
 		 256 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2886  ABC-2 type transporter  38.46 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0831309 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0795  ABC-2 type transporter  37.35 
 
 		 256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>