80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3902 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  100 
 
 
228 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  36.44 
 
 
269 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  36.32 
 
 
202 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  34.38 
 
 
258 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  34.38 
 
 
258 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  33.48 
 
 
258 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  35.29 
 
 
267 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  30.93 
 
 
260 aa  110  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  30.08 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  30.08 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  29.55 
 
 
259 aa  108  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 
258 aa  105  5e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  27.64 
 
 
302 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  28.44 
 
 
260 aa  89.7  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  27.03 
 
 
259 aa  89  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  26.44 
 
 
265 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  29.59 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  25.69 
 
 
265 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  24.44 
 
 
256 aa  72  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  25.58 
 
 
198 aa  70.1  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  26.63 
 
 
275 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  26.63 
 
 
260 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  22.37 
 
 
248 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 
260 aa  67  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  27.98 
 
 
255 aa  65.9  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  26.07 
 
 
277 aa  63.5  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  27.98 
 
 
253 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  24.49 
 
 
263 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  22.86 
 
 
266 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  22.86 
 
 
266 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  26.22 
 
 
271 aa  60.1  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 
281 aa  59.7  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  26.56 
 
 
250 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  26.56 
 
 
250 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  27.27 
 
 
278 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  21.39 
 
 
253 aa  58.5  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  23.4 
 
 
264 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 
264 aa  58.5  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  25.11 
 
 
262 aa  57  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  23.68 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  26.13 
 
 
268 aa  56.2  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  25.78 
 
 
262 aa  56.2  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  27.36 
 
 
280 aa  55.5  0.0000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  24.44 
 
 
281 aa  55.1  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  24.44 
 
 
377 aa  55.1  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  25.38 
 
 
267 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  27.35 
 
 
264 aa  54.3  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  25.27 
 
 
260 aa  50.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  23.11 
 
 
264 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  23.57 
 
 
264 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3015  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component-like protein  26.42 
 
 
257 aa  49.7  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0998219  hitchhiker  0.0000148494 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  25 
 
 
265 aa  49.3  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3573  putative ABC-2 type transporter  22.08 
 
 
273 aa  48.5  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.337642  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  25.22 
 
 
264 aa  47.8  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5770  ABC-2 type transporter  23.48 
 
 
277 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2109  ABC-2 type transporter  24.55 
 
 
278 aa  47.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  23.79 
 
 
282 aa  47.4  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0462  nodulation protein J  25.65 
 
 
268 aa  46.2  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.266154  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  26.06 
 
 
370 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  22.63 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  22.63 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  22.63 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  22.63 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  22.63 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  22.63 
 
 
260 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0660  hypothetical protein  23.89 
 
 
237 aa  43.5  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000211424  hitchhiker  0.000000177983 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1397  ABC-2 type transporter  25.44 
 
 
283 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00114129  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  26.4 
 
 
274 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2157  ABC transporter protein  25.64 
 
 
284 aa  43.1  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1558  ABC-2 type transporter  30.51 
 
 
294 aa  42.4  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0985  hypothetical protein  26.42 
 
 
255 aa  42.7  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.53 
 
 
219 aa  42.4  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1352  hypothetical protein  29.03 
 
 
257 aa  42.4  0.007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000725132  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3116  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 
272 aa  42.4  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2613  ABC-2 type transporter  24.51 
 
 
270 aa  42  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.937981  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4966  teichoic acid translocation permease; teichoic acid ABC transporter, permease  24.55 
 
 
268 aa  42  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4650  ABC-2 type transporter  22.22 
 
 
270 aa  42  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0809123  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1750  putative multidrug efflux ABC transporter  30.66 
 
 
277 aa  41.6  0.009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0190039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1861  ABC-2 type transporter  28 
 
 
258 aa  41.6  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1801  ABC-2 type transporter  26.98 
 
 
253 aa  41.6  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>