81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4148 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 281 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  49.41 
 
 		 266 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  49.41 
 
 		 266 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  47.83 
 
 		 265 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  46.56 
 
 		 250 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  46.56 
 
 		 250 aa  229  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  37.71 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  39.68 
 
 		 260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  32.79 
 
 		 260 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  30.24 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  30.24 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  30.83 
 
 		 255 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  29.55 
 
 		 258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  31.33 
 
 		 260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  30.45 
 
 		 265 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  28.41 
 
 		 264 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  24.79 
 
 		 248 aa  90.9  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  27.53 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  27.91 
 
 		 267 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  28.63 
 
 		 264 aa  87  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  27.07 
 
 		 275 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  29.75 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  27.69 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  27.71 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  23.77 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  25.51 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  27.5 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  24.7 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  27.09 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  24.3 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  21.63 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  27.76 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  24.8 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  25.94 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  25.81 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  23.19 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  24.48 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  24.62 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  25.81 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  24 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  24 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.74 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.91 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.74 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  26.42 
 
 		 377 aa  59.3  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  27.01 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  25.2 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  25.71 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  22.91 
 
 		 253 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  23.86 
 
 		 228 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  23.2 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  22.67 
 
 		 258 aa  52  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  27.84 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  21.03 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  22.4 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4466  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 478 aa  48.5  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  23.11 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3817  ABC-2 type transporter  21.83 
 
 		 270 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0117338  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1551  ABC-2 type transporter  20.56 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 202 aa  45.8  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4945  ABC-2 type transporter  22.27 
 
 		 279 aa  45.8  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  24.32 
 
 		 198 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2634  ABC-2 type transporter  25.29 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.79755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  23.08 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  20.52 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5477  ABC-2 type transporter  24.9 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  21.16 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  22.4 
 
 		 263 aa  43.9  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1406  hypothetical protein  22.84 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.23309 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  21.89 
 
 		 219 aa  43.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1405  ABC-2 type transporter  33.72 
 
 		 278 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.842674  normal  0.590881 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0254  teichoic acid translocation permease protein  25 
 
 		 270 aa  42.7  0.007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2538  lipopolysaccharide exporter  22.43 
 
 		 276 aa  42.7  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.094408  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0263  ABC-2 type transporter, permease protein  25 
 
 		 270 aa  42.4  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3116  ABC-2 type transporter  36.36 
 
 		 272 aa  42.4  0.008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4966  teichoic acid translocation permease; teichoic acid ABC transporter, permease  24.01 
 
 		 268 aa  42.4  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>