111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3917 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  100 
 
 		 266 aa  528  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 266 aa  528  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  66.41 
 
 		 265 aa  342  4e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  49.41 
 
 		 281 aa  265  7e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  52.42 
 
 		 250 aa  246  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  52.42 
 
 		 250 aa  246  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  40.73 
 
 		 256 aa  208  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  39.11 
 
 		 260 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  34.29 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  32.34 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  29.33 
 
 		 248 aa  112  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  32.13 
 
 		 260 aa  109  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  28.92 
 
 		 258 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  28.92 
 
 		 258 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  27.54 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  27.85 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  28.05 
 
 		 258 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  27.43 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  30.54 
 
 		 265 aa  99  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  31.84 
 
 		 269 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  27.12 
 
 		 264 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  24.9 
 
 		 268 aa  91.3  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  27.71 
 
 		 265 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  28.98 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  27 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  27.01 
 
 		 271 aa  83.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  26.59 
 
 		 262 aa  81.6  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  27.01 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  22.98 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.06 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  24.06 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.06 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.06 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.06 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.06 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  26.38 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  25.32 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  24.89 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  25.2 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  27.46 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  24.47 
 
 		 263 aa  72  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  22.98 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  27.11 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  24.38 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  26.67 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 377 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  28.12 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.56 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  24.59 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  24.66 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.11 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  25.22 
 
 		 267 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  25.12 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  25.4 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  22.39 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  21.1 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2538  lipopolysaccharide exporter  25.64 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.094408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  24.17 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  26.38 
 
 		 198 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  21.81 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05410  ABC transporter  26.61 
 
 		 272 aa  52.8  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  26.32 
 
 		 283 aa  52  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  25.1 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3871  ABC-2 type transporter  28.63 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  27.19 
 
 		 283 aa  48.9  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1170  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.57 
 
 		 253 aa  48.9  0.00008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  21.05 
 
 		 261 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  21.03 
 
 		 266 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1165  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  30.97 
 
 		 253 aa  47  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4466  ABC-2 type transporter  23.67 
 
 		 478 aa  47  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2182  ABC polysaccharide/polyol phosphate export systems, inner membrane subunit  27.36 
 
 		 259 aa  46.6  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.718271  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  22.87 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  21.15 
 
 		 264 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0506  ABC-2 type transporter  24.12 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3355  ABC-2 type transporter  26.2 
 
 		 276 aa  46.6  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0280  ABC-2 type transporter  30.26 
 
 		 256 aa  46.2  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  24.68 
 
 		 273 aa  46.2  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  21.34 
 
 		 277 aa  46.2  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0254  teichoic acid translocation permease protein  21.76 
 
 		 270 aa  45.8  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1406  hypothetical protein  20.83 
 
 		 276 aa  45.8  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.23309 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0841  polysaccharide ABC transporter, permease protein  24.89 
 
 		 278 aa  45.8  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2268  O-antigen export system permease protein RfbA  24.66 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.259861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  23.77 
 
 		 265 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  20.27 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  25.45 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0650  ABC polysaccharide efflux pump, inner membrane subunit  25.45 
 
 		 257 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.414968  normal  0.240242 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1551  ABC-2 type transporter  19.14 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71960  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  24.69 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2042  ABC-2 type transporter  33.33 
 
 		 273 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0166481 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1510  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  29.2 
 
 		 253 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.525568  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3573  putative ABC-2 type transporter  23.14 
 
 		 273 aa  44.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.337642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1229  ABC-2 type transporter  40.43 
 
 		 273 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  0.0330448 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  20.32 
 
 		 298 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  22.66 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14690  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  22.27 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.544705  hitchhiker  0.00000217507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1067  putative ABC transporter, permease protein  27.11 
 
 		 341 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0263  ABC-2 type transporter, permease protein  21.37 
 
 		 270 aa  43.5  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3547  ABC-2 type transporter  24.81 
 
 		 258 aa  43.9  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.383437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>