61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1950 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  100 
 
 		 253 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  32.78 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  31.15 
 
 		 264 aa  142  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  32.79 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  34.78 
 
 		 265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  32.53 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  32.79 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  32.38 
 
 		 264 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  31.33 
 
 		 265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  34.02 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  28.98 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  27.35 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  26.88 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  30 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  27.42 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  25.9 
 
 		 267 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  27.69 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  27.69 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  24.19 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  24.39 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  23.77 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  28.51 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  22.98 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  22.98 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  26.53 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  24.36 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  22.18 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  27.69 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  27.05 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  25.33 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  24.14 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  24.8 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  23.79 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  23.79 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.9 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.9 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  24.9 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.9 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.9 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.9 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  22.88 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  25.77 
 
 		 202 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  24.78 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  21.82 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  24.9 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  23.68 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  24.02 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  24.02 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  24.19 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  24.89 
 
 		 259 aa  52.8  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  22.45 
 
 		 275 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  21.11 
 
 		 228 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0214  ABC transporter, permease protein  29.36 
 
 		 273 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.848634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.4 
 
 		 219 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  24.57 
 
 		 198 aa  46.2  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  31.25 
 
 		 280 aa  45.8  0.0006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  24.53 
 
 		 277 aa  45.8  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  21.88 
 
 		 266 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  22.09 
 
 		 264 aa  42.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  20.74 
 
 		 377 aa  42.7  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  20.74 
 
 		 281 aa  42  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>