71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2962 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  99.64 
 
 		 377 aa  573  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  100 
 
 		 281 aa  573  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  46.59 
 
 		 253 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  42.53 
 
 		 275 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  45.21 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  42.91 
 
 		 264 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  41.77 
 
 		 263 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  40.39 
 
 		 260 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  40.39 
 
 		 260 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  40.39 
 
 		 260 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  40.39 
 
 		 260 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  40.39 
 
 		 260 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  40.39 
 
 		 260 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  38.22 
 
 		 271 aa  202  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  39.08 
 
 		 260 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  38.2 
 
 		 267 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  37.15 
 
 		 260 aa  179  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  38.89 
 
 		 262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  37.04 
 
 		 219 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  33.21 
 
 		 265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  32.68 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  30.58 
 
 		 271 aa  119  7.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  28.33 
 
 		 264 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  29.96 
 
 		 260 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  29.76 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  29.48 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  28.97 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  28.97 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  26.51 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  28.08 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.59 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  26.89 
 
 		 269 aa  72  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  24.48 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  28.12 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  28.12 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  25.95 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  25.78 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  24 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.66 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  24.8 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.66 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  26.85 
 
 		 268 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.67 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  25.9 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  23.83 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  27.01 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  24.24 
 
 		 267 aa  57  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  25.94 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  28.09 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  24.77 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  24.77 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  24.6 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  22.84 
 
 		 264 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  24.87 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  24.69 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2771  ABC-2 type transporter  23.48 
 
 		 277 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.588379  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  23.05 
 
 		 298 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2397  hypothetical protein  24.63 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0564424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2109  ABC-2 type transporter  22.43 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3980  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, inner membrane subunit  23.36 
 
 		 298 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.693027 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  23.24 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  22.4 
 
 		 263 aa  42.7  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3160  ABC-2 type transport system integral membrane protein  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1986  polysaccharide ABC transporter, permease protein, putative  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  21.43 
 
 		 264 aa  42.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0927  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2757  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.011333  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3100  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3137  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.431883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1848  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  25.19 
 
 		 277 aa  42.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  20.74 
 
 		 253 aa  42  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>