60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4015 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 264 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  40.7 
 
 		 271 aa  216  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  34.38 
 
 		 271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  34.39 
 
 		 263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  33.46 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  33.08 
 
 		 266 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  32.42 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  32.42 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  32.42 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  32.42 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  32.42 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  32.42 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  35.38 
 
 		 267 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  36.03 
 
 		 265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  30.53 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  32.02 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  31.92 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  31.35 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  31.64 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  33.48 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  30.3 
 
 		 219 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  28.33 
 
 		 281 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  28.33 
 
 		 377 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  30.18 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  26.27 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  27.27 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  24.41 
 
 		 260 aa  72  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  29.2 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  27.99 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  27.99 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  29.2 
 
 		 260 aa  68.9  0.00000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  24.69 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  26.64 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  27.52 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  25.52 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  26.89 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  24.9 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  22.77 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  22.77 
 
 		 250 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  24.17 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  24.17 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  27.84 
 
 		 281 aa  52.8  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  26.61 
 
 		 259 aa  52.4  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  25.44 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  25.68 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  27.31 
 
 		 267 aa  50.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  24.59 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  26.22 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  24.6 
 
 		 260 aa  50.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  24.9 
 
 		 302 aa  49.3  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  22.67 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  22.17 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  26.72 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  26.09 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  22.73 
 
 		 256 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  25.97 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 228 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  22.09 
 
 		 253 aa  42.7  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3712  ABC transporter  34.25 
 
 		 269 aa  42.7  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0482  ABC-2 type transporter, NodJ family  34.25 
 
 		 269 aa  42.7  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.634279  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>