67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0290 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 258 aa  512  1e-144  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  63.57 
 
 		 260 aa  354  6.999999999999999e-97  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  63.57 
 
 		 260 aa  352  2.9999999999999997e-96  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  63.57 
 
 		 260 aa  352  2.9999999999999997e-96  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  36.8 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  35.18 
 
 		 258 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  35.18 
 
 		 258 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  34.8 
 
 		 258 aa  122  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  29.8 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  27.63 
 
 		 260 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  29.37 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3902  ABC-2 type transporter  31.53 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  28.93 
 
 		 202 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  24.71 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  25 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  26.09 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0747  hypothetical protein  24.2 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  27.91 
 
 		 262 aa  75.5  0.0000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  25.98 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  26.56 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  26.46 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  25.62 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  27.59 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  27.59 
 
 		 377 aa  72.4  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1076  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  27.82 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.424503  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  23.44 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3252  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  27.82 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.353542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3287  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  27.82 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.115381  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2183  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  27.82 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2305  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  27.82 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.917142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3299  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  27.82 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0262982  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  27 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  23.98 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  23.14 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  23.83 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0293  ABC-2 type transporter  24 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  30.04 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  23.74 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  25.11 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  25.11 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  24.9 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  24.02 
 
 		 268 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  27.19 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  23.68 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  23.45 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2345  ABC-2 type transporter  26.48 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  23.58 
 
 		 265 aa  57  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  25.99 
 
 		 250 aa  55.8  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3868  hypothetical protein  25.55 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  25.99 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  22.55 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  23.85 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  23.11 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  25.53 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  27.36 
 
 		 280 aa  52.4  0.000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  22.67 
 
 		 281 aa  52.4  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  22.78 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  22.13 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0746  ABC-2 type transporter  21.86 
 
 		 266 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  23.4 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  22.27 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  24.12 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0523  capsular polysaccharide export inner-membrane protein  24.77 
 
 		 219 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147938  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  22.41 
 
 		 267 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3871  ABC-2 type transporter  21.35 
 
 		 278 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>