52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3848 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3848  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 267 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2689  ABC-2 type transporter  81.03 
 
 		 264 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.908796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2467  ABC-2 type transporter  81.42 
 
 		 264 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.750135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2382  ABC-2 type transporter  82.21 
 
 		 264 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1205  ABC-2 type transporter  53.46 
 
 		 264 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.964926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6193  ABC-2 type transporter  50.99 
 
 		 264 aa  268  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.133784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1654  ABC-2 type transporter  40.75 
 
 		 265 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3810  ABC-2 type transporter  40.08 
 
 		 265 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1950  polysialic acid transport protein  34.02 
 
 		 253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440702  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2736  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 		 268 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3810  ABC-2 type transporter  30.09 
 
 		 248 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.129511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001784  capsular polysaccharide ABC transporter permease protein KpsM  29.17 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  25.32 
 
 		 266 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  25.32 
 
 		 266 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4148  ABC-2 type transporter  27.5 
 
 		 281 aa  94  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.424002 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5003  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501886  decreased coverage  0.000172705 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5039  ABC-2 type transporter  28.05 
 
 		 250 aa  92  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2125  ABC-2 type transporter  27.6 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2581  ABC-2 type transporter  27.44 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.817053  unclonable  0.0000138463 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  26.19 
 
 		 260 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  26.21 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4994  ABC-2 type transporter  26.87 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0111539 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3996  hypothetical protein  23.68 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.106596  normal  0.688861 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02828  Polysialic acid transport protein kpsM  25.5 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000486823  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02777  hypothetical protein  25.5 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000408892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3235  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsM  26 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.586026  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1506  ABC-2 type transporter  24.51 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  24.43 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2083  ABC-2 type transporter  26.69 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1782  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.03 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0721  hypothetical protein  29.79 
 
 		 265 aa  68.2  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5732  polysialic acid transport protein KpsM  25.29 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1441  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1621  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  27.2 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1306  ABC 2 transport system integral membrane protein  24.62 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2608  ABC-2 type transporter  26.67 
 
 		 202 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0661  ABC-2 type transporter  23.72 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.0551935 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0290  capsular polysaccharide ABC transporter, permease protein  24.37 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1523  ABC-2 type transporter  23.42 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  25.49 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1151  ABC-2 type transporter  22.58 
 
 		 263 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0503322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1336  ctrC protein  22.88 
 
 		 264 aa  49.3  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0777  ABC-2 type transporter  22.5 
 
 		 275 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0631  polysaccharide ABC transporter  25.56 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.238006  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2962  capsule polysaccharide exporter, inner-membrane protein CtrC  23.26 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.619605  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2575  ABC-2 type transporter  23.26 
 
 		 377 aa  47.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1239  ABC-2 type transporter  21.91 
 
 		 272 aa  46.2  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4015  ABC-2 type transporter  24.41 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3240  ABC-2 type transporter  25.36 
 
 		 198 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1889  ABC-2 type transporter  25.34 
 
 		 278 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.2496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1863  ABC-2 type transporter  25.34 
 
 		 278 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2038  polysaccharide ABC transporter  23.76 
 
 		 280 aa  43.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.567975  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>