84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_07310 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_07310  hypothetical protein  100 
 
 		 247 aa  459  9.999999999999999e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608576  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0532  transcriptional regulator, TetR family  42.4 
 
 		 207 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0875801  normal  0.0277044 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6891  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0147  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1763  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10790  hypothetical protein  33.78 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5148  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0836  regulatory protein TetR  52.46 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1610  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 193 aa  62  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3241  putative regulator  42.22 
 
 		 186 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0950975 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4952  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.150878 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4569  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.591722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4657  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.287751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1439  putative transcriptional regulator  41.57 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  37.89 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1720  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000768968 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0140  transcriptional regulator, TetR family  62.07 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7555  TetR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.838529  normal  0.947596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16550  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1944  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 429 aa  57  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2858  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 225 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.211856  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39380  TetR family regulatory protein  40.51 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3369  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.15346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2383  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360847 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  40 
 
 		 186 aa  55.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1021  transcriptional regulator, TetR family  37.21 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0941  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1681  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296499  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31710  hypothetical protein  49.21 
 
 		 189 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.547253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0973  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 206 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0905  transcriptional regulator, TetR family  37.21 
 
 		 206 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1002  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 186 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4264  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 189 aa  53.1  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1672  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 184 aa  52.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2006  regulatory protein TetR  58.14 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3625  putative transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 203 aa  51.6  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.679664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2264  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0218044  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3582  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 187 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1507  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 220 aa  50.4  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13083  DeoR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 202 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1312  regulatory protein, TetR  43.55 
 
 		 241 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  41.1 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 203 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 203 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 203 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0096  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 186 aa  49.3  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 415 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1502  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 241 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2779  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 185 aa  48.9  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.441306  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1061  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 234 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.464557  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 428 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18410  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 181 aa  48.1  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.238417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1138  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1337  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 182 aa  47.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4477  TetR family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 208 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47529  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4038  TetR family transcriptional regulator  60 
 
 		 166 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.796052  normal  0.0190621 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 178 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 178 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  32.26 
 
 		 178 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 178 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.26 
 
 		 178 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 208 aa  45.4  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0484434 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6386  regulatory protein, TetR  27.65 
 
 		 510 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3555  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4304  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 187 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.498529  normal  0.0930958 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38050  hypothetical protein  60 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4120  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1102  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4225  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  43.48 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1497  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 238 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  0.986291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7097  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 206 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  44.68 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5101  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375326  normal  0.313411 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2560  transcriptional regulator, TetR family  24.86 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000391327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 208 aa  43.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 208 aa  43.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5300  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 208 aa  42.7  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104655  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>