More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2237 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2237  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
233 aa  479  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.162891  normal  0.294289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1862  diguanylate phosphodiesterase  95.71 
 
 
233 aa  460  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2112  diguanylate phosphodiesterase  94.85 
 
 
233 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.338505  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2039  hypothetical protein  88.41 
 
 
233 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2099  diguanylate phosphodiesterase  72.29 
 
 
234 aa  351  4e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.611032  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2052  diguanylate phosphodiesterase  72.29 
 
 
234 aa  351  5e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198815  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2286  diguanylate phosphodiesterase  71.86 
 
 
234 aa  351  5e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0551035  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2106  diguanylate phosphodiesterase  71.43 
 
 
234 aa  345  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2274  diguanylate phosphodiesterase  71 
 
 
234 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4560  hypothetical protein  71 
 
 
234 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1592  EAL domain-containing protein  53.3 
 
 
244 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000336916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2622  diguanylate phosphodiesterase  49.57 
 
 
242 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.271665  normal  0.16741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1968  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 
231 aa  225  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.264134  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1896  putative diguanylate phosphodiesterase  47.98 
 
 
262 aa  223  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.492232  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34930  EAL domain protein, diguanylate phosphodiesterase  43.11 
 
 
244 aa  181  7e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430857  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2600  EAL domain-containing protein  34.55 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.998964  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2038  diguanylate phosphodiesterase  36.94 
 
 
240 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0902061  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2051  EAL domain protein  38.1 
 
 
244 aa  132  3e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.235592  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0817  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 
285 aa  131  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.393228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0821  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0769  diguanylate phosphodiesterase  37.56 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.6716  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4256  diguanylate phosphodiesterase  36.11 
 
 
251 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.52 
 
 
592 aa  96.3  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 
596 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  31.34 
 
 
475 aa  94  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  29.31 
 
 
582 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  28.33 
 
 
306 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  28.51 
 
 
428 aa  90.1  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  29.36 
 
 
601 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 
641 aa  89  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  30.45 
 
 
454 aa  88.6  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 
584 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
669 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 
715 aa  87  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3985  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.73 
 
 
730 aa  86.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.310873  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  27.5 
 
 
379 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
584 aa  86.3  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  27.5 
 
 
357 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
583 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.09 
 
 
584 aa  85.5  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
585 aa  85.1  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  28.51 
 
 
584 aa  85.1  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
583 aa  85.1  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  30.3 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  28.05 
 
 
351 aa  84.3  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
585 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
585 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.63 
 
 
684 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
585 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  30.14 
 
 
431 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5670  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
529 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.981037  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.87 
 
 
630 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0496  putative diguanylate phosphodiesterase  28.9 
 
 
767 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05168  cellobiose-specific phosphotransferase system enzyme IIC  29.79 
 
 
661 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1659  diguanylate phosphodiesterase  30.45 
 
 
540 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.308639  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.6 
 
 
1090 aa  83.2  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1597  GGDEF family protein  29.22 
 
 
674 aa  82.8  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0570489  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 
371 aa  82.4  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001526  sensory box/GGDEF family protein  29.91 
 
 
477 aa  82.4  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501758  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 
428 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3175  sensory box protein  26.18 
 
 
627 aa  82.4  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  28.99 
 
 
590 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.91 
 
 
833 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2761  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31 
 
 
788 aa  82  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.859208  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  26.61 
 
 
409 aa  82.4  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3076  diguanylate phosphodiesterase  30.04 
 
 
285 aa  82  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 
428 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  26.92 
 
 
429 aa  81.6  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  30.26 
 
 
584 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.02 
 
 
683 aa  81.3  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.43 
 
 
607 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.26 
 
 
599 aa  81.3  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 
590 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  29.72 
 
 
413 aa  81.3  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  27.91 
 
 
481 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
753 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
786 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.57 
 
 
729 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.91 
 
 
407 aa  81.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
428 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.38 
 
 
580 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.5 
 
 
743 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  28.45 
 
 
603 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.69 
 
 
1059 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.88 
 
 
781 aa  80.9  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  30.49 
 
 
416 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 
500 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.36 
 
 
517 aa  80.9  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.720655  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1118  hypothetical protein  26.62 
 
 
780 aa  80.1  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  28.14 
 
 
590 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0846  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
426 aa  79.7  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113483  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.88 
 
 
772 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.39 
 
 
947 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 
743 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.68 
 
 
743 aa  79.7  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  30.18 
 
 
424 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  29.07 
 
 
372 aa  79.7  0.00000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.82 
 
 
725 aa  79.7  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
817 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 
904 aa  79.7  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.145891  normal  0.187979 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>