More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_4560 on replicon NC_009035
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_2274  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
234 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4560  hypothetical protein  100 
 
 
234 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2099  diguanylate phosphodiesterase  97.01 
 
 
234 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.611032  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2052  diguanylate phosphodiesterase  96.58 
 
 
234 aa  470  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198815  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2286  diguanylate phosphodiesterase  96.15 
 
 
234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0551035  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2106  diguanylate phosphodiesterase  77.92 
 
 
234 aa  388  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2237  diguanylate phosphodiesterase  71 
 
 
233 aa  345  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.162891  normal  0.294289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1862  diguanylate phosphodiesterase  70.56 
 
 
233 aa  343  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2039  hypothetical protein  70.56 
 
 
233 aa  343  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2112  diguanylate phosphodiesterase  70.56 
 
 
233 aa  343  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.338505  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1592  EAL domain-containing protein  53.3 
 
 
244 aa  251  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000336916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2622  diguanylate phosphodiesterase  52.16 
 
 
242 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.271665  normal  0.16741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1968  diguanylate phosphodiesterase  52.68 
 
 
231 aa  226  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.264134  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1896  putative diguanylate phosphodiesterase  46.85 
 
 
262 aa  215  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.492232  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34930  EAL domain protein, diguanylate phosphodiesterase  40.71 
 
 
244 aa  168  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430857  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2038  diguanylate phosphodiesterase  38.77 
 
 
240 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0902061  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2051  EAL domain protein  40.57 
 
 
244 aa  146  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.235592  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2600  EAL domain-containing protein  34.68 
 
 
244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.998964  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0817  diguanylate phosphodiesterase  35.68 
 
 
285 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.393228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0769  diguanylate phosphodiesterase  35.21 
 
 
261 aa  121  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.6716  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0821  diguanylate phosphodiesterase  35.21 
 
 
285 aa  121  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4256  diguanylate phosphodiesterase  32.11 
 
 
251 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0496  putative diguanylate phosphodiesterase  30.17 
 
 
767 aa  96.3  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
736 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  29.49 
 
 
481 aa  91.3  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 
523 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2835  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 
613 aa  90.5  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  31.2 
 
 
428 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  31.02 
 
 
475 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
772 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  30 
 
 
818 aa  89.7  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3177  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
523 aa  89.4  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.178264  normal  0.217843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.11 
 
 
592 aa  88.6  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.14 
 
 
657 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.293747  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  32.29 
 
 
428 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  29.02 
 
 
525 aa  87  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.31 
 
 
833 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
819 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  30.28 
 
 
306 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  30.3 
 
 
590 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 
596 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.91 
 
 
667 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.6 
 
 
736 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.111622 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
424 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.52 
 
 
1264 aa  85.9  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 
428 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27 
 
 
1471 aa  85.9  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 
428 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 
428 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 
428 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  30.43 
 
 
601 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 
428 aa  85.5  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  29.26 
 
 
590 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05168  cellobiose-specific phosphotransferase system enzyme IIC  30.18 
 
 
661 aa  85.1  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 
599 aa  84.3  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
1122 aa  84.3  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000520478  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.88 
 
 
896 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.665756  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.02 
 
 
781 aa  84.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  28.81 
 
 
357 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  29.57 
 
 
582 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 
632 aa  84.3  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 
431 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  27.07 
 
 
351 aa  83.6  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1331  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
709 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.983371  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 
534 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.62 
 
 
584 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.71 
 
 
599 aa  83.6  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 
534 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 
534 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  27.88 
 
 
518 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  27.88 
 
 
518 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  27.75 
 
 
588 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  29.36 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.63 
 
 
407 aa  83.2  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  27.88 
 
 
518 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  29.52 
 
 
425 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.24 
 
 
1047 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0327995  normal  0.497822 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  27.88 
 
 
518 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.83 
 
 
643 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  29.65 
 
 
497 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  29.65 
 
 
518 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.94 
 
 
580 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  30.63 
 
 
429 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.71 
 
 
603 aa  82.4  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 
387 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  27.88 
 
 
518 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  26.92 
 
 
429 aa  82.4  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.43 
 
 
697 aa  82.4  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  27.95 
 
 
371 aa  82.4  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 
387 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  30.53 
 
 
1141 aa  82  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.02 
 
 
721 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.554875  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  28.44 
 
 
849 aa  82  0.000000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  27.4 
 
 
817 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>