More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2600 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2600  EAL domain-containing protein  100 
 
 
244 aa  497  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.998964  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2038  diguanylate phosphodiesterase  55.32 
 
 
240 aa  275  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0902061  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34930  EAL domain protein, diguanylate phosphodiesterase  39.22 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430857  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1896  putative diguanylate phosphodiesterase  34.55 
 
 
262 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.492232  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1592  EAL domain-containing protein  35.09 
 
 
244 aa  146  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000336916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2112  diguanylate phosphodiesterase  36.24 
 
 
233 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.338505  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2622  diguanylate phosphodiesterase  36.04 
 
 
242 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.271665  normal  0.16741 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1862  diguanylate phosphodiesterase  35.78 
 
 
233 aa  143  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2237  diguanylate phosphodiesterase  34.55 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.162891  normal  0.294289 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2039  hypothetical protein  35.94 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2286  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0551035  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1968  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.264134  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2052  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
234 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198815  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2099  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
234 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.611032  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2274  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 
234 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4560  hypothetical protein  34.68 
 
 
234 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2106  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0817  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
285 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.393228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0769  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
261 aa  131  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.6716  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0821  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4256  diguanylate phosphodiesterase  30.51 
 
 
251 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0385  diguanylate phosphodiesterase  28.45 
 
 
261 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0191338  normal  0.50714 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2051  EAL domain protein  30.25 
 
 
244 aa  103  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.235592  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.73 
 
 
906 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.80269  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
584 aa  78.6  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.74 
 
 
611 aa  77.4  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  28.18 
 
 
976 aa  77  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.33 
 
 
836 aa  76.3  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  28.18 
 
 
976 aa  76.3  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  27.78 
 
 
403 aa  75.9  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  26.29 
 
 
407 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4226  diguanylate phosphodiesterase  26.84 
 
 
353 aa  73.9  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699062  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3847  sensory box/ggdef family  26.02 
 
 
906 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
862 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  25.86 
 
 
413 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3506  sensory box/GGDEF family protein  24.8 
 
 
911 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.143738  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
433 aa  73.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.8 
 
 
754 aa  73.2  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 
605 aa  73.2  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3781  sensory box/GGDEF family protein  24.8 
 
 
910 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.424975  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
1212 aa  72.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  28.09 
 
 
854 aa  72.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1451  sensory box/ggdef family  25.61 
 
 
914 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000257716 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.38 
 
 
647 aa  72.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.184657  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  24.26 
 
 
352 aa  72.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3594  sensory box/GGDEF family protein  24.8 
 
 
911 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3494  sensory box/GGDEF family protein  24.8 
 
 
911 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0435317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3879  sensory box/GGDEF family protein  24.8 
 
 
911 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3761  sensory box/GGDEF family protein  24.8 
 
 
908 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000038986 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  27.35 
 
 
500 aa  72  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  25.96 
 
 
362 aa  72.4  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.13 
 
 
568 aa  72  0.000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  25.96 
 
 
360 aa  71.6  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
891 aa  71.2  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0875  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
578 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.180808 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 
569 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0320  putative membrane associated signaling protein  26.29 
 
 
531 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.938948  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.23 
 
 
650 aa  70.1  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.77 
 
 
584 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.69 
 
 
921 aa  70.1  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.11 
 
 
1093 aa  69.7  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0688  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.99 
 
 
951 aa  69.7  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00399648  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  24.34 
 
 
685 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
515 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003636  sensory box/GGDEF family protein  26.01 
 
 
719 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1659  diguanylate phosphodiesterase  26.07 
 
 
540 aa  69.7  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.308639  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  24.89 
 
 
762 aa  69.3  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.18 
 
 
919 aa  69.3  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3794  sensory box/GGDEF family protein  24.39 
 
 
908 aa  68.9  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.620688  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
642 aa  69.3  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4411  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  23.64 
 
 
831 aa  68.9  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.523822  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.82 
 
 
996 aa  68.9  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  23.79 
 
 
685 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  25.68 
 
 
361 aa  68.9  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.89 
 
 
1027 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  26.29 
 
 
849 aa  68.6  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.72 
 
 
954 aa  68.6  0.00000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1020  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 
702 aa  68.6  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.221664 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0952  GGDEF/EAL domain-containing protein  24.24 
 
 
821 aa  68.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.461336  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.75 
 
 
706 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2357  sensory box/GGDEF family protein  26.29 
 
 
912 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1508  hypothetical protein  29.24 
 
 
840 aa  67.8  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.55 
 
 
711 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  24.69 
 
 
367 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.21 
 
 
599 aa  68.2  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2533  sensory box/GGDEF family protein  26.29 
 
 
912 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.84 
 
 
655 aa  67.8  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  26.01 
 
 
441 aa  67.8  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2548  sensory box/GGDEF family protein  26.29 
 
 
828 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.19879e-34 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  25.42 
 
 
817 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5218  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
580 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0126538 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3966  RNase II stability modulator  25.55 
 
 
667 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0378593  normal  0.0378362 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2272  sensory box/GGDEF family protein  24.57 
 
 
912 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.82349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.58 
 
 
826 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.153825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0486  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.98 
 
 
696 aa  67  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.885927  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2120  GGDEF domain-containing protein  24.67 
 
 
720 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.85 
 
 
709 aa  67.4  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2499  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.82 
 
 
615 aa  67.4  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0730388  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  22.75 
 
 
865 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2232  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.19 
 
 
402 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.168797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>