More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3241 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3241  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 630 aa  1292    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00923  heme transport protein HutA  30.88 
 
 		 648 aa  274  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 698 aa  82  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1301  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 634 aa  80.5  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 649 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.15 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 616 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  21.86 
 
 		 693 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 635 aa  70.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  22.97 
 
 		 1023 aa  70.5  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.14 
 
 		 631 aa  69.7  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  22.1 
 
 		 611 aa  70.1  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  20.94 
 
 		 597 aa  69.3  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  23.57 
 
 		 628 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.51 
 
 		 631 aa  67.8  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.91 
 
 		 631 aa  67.4  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  24.01 
 
 		 724 aa  67.4  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  21.59 
 
 		 602 aa  66.6  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1206  putative TonB-dependent receptor  22.33 
 
 		 688 aa  67  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.57 
 
 		 704 aa  67  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.64 
 
 		 631 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  22.27 
 
 		 691 aa  65.9  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  22.42 
 
 		 653 aa  64.7  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  22.7 
 
 		 616 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  22.75 
 
 		 645 aa  64.3  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.01 
 
 		 623 aa  64.3  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1001  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 628 aa  64.3  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.11298  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 617 aa  64.3  0.000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  21.5 
 
 		 658 aa  64.3  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  22.33 
 
 		 680 aa  63.9  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  23.37 
 
 		 747 aa  63.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  21.94 
 
 		 624 aa  63.2  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  26.09 
 
 		 675 aa  62  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  23.23 
 
 		 667 aa  61.2  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  21.19 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 683 aa  60.5  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  25.86 
 
 		 712 aa  60.1  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.39 
 
 		 661 aa  60.1  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  21.62 
 
 		 651 aa  59.7  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 688 aa  59.3  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  36.94 
 
 		 686 aa  59.7  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  30.66 
 
 		 687 aa  58.5  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  21.81 
 
 		 705 aa  58.5  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.33 
 
 		 630 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.33 
 
 		 630 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  32.3 
 
 		 929 aa  57.8  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  22.03 
 
 		 726 aa  58.2  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  22.77 
 
 		 652 aa  58.2  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.44 
 
 		 688 aa  57.8  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  37.63 
 
 		 775 aa  57.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  22.06 
 
 		 662 aa  57.8  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  27.42 
 
 		 628 aa  57.4  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2889  outer membrane receptor FepA  27.42 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2953  outer membrane receptor FepA  27.42 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246738  hitchhiker  0.000000000736095 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3075  outer membrane receptor FepA  27.42 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2972  outer membrane receptor FepA  27.42 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0370731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2919  outer membrane receptor FepA  27.42 
 
 		 724 aa  57.4  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.91274  normal  0.0854265 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  30.26 
 
 		 859 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.84 
 
 		 616 aa  56.6  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 679 aa  57  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.99 
 
 		 734 aa  56.6  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 		 593 aa  56.6  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  30.65 
 
 		 622 aa  55.8  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0350  TonB-dependent receptor  30.7 
 
 		 651 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.513607  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  36.78 
 
 		 666 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  21.38 
 
 		 639 aa  56.2  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  22.62 
 
 		 742 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  36.78 
 
 		 668 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 764 aa  55.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  20.51 
 
 		 632 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  36.78 
 
 		 664 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.67 
 
 		 617 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 637 aa  55.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.57 
 
 		 867 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.31 
 
 		 689 aa  55.8  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.17 
 
 		 614 aa  55.5  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3430  outer membrane receptor FepA  25.13 
 
 		 759 aa  55.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101807 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 697 aa  55.5  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  29.85 
 
 		 660 aa  55.1  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  29.85 
 
 		 660 aa  55.1  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0363  TonB-dependent receptor plug  30.7 
 
 		 649 aa  55.1  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  24.07 
 
 		 686 aa  55.1  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.77 
 
 		 615 aa  55.1  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  22.58 
 
 		 728 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 798 aa  54.7  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1116  outer membrane receptor FepA  28.71 
 
 		 750 aa  54.7  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.03 
 
 		 619 aa  54.3  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  31 
 
 		 783 aa  54.7  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3043  TonB-dependent siderophore receptor  25.41 
 
 		 746 aa  54.3  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0305175  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0448  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.09 
 
 		 271 aa  54.3  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0483  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.09 
 
 		 271 aa  54.3  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00522803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 751 aa  53.9  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 629 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0603  outer membrane receptor FepA  25.41 
 
 		 746 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 730 aa  53.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.7 
 
 		 778 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.59 
 
 		 779 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  22.29 
 
 		 719 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0667  outer membrane receptor FepA  25.41 
 
 		 746 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>