More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4145 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4145  hypothetical protein  100 
 
 
500 aa  1038    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2398  periplasmic sensor diguanylate phophodiesterase  33.47 
 
 
506 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.625554  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3041  EAL domain-containing protein  46.24 
 
 
518 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0931  EAL domain-containing protein  46.24 
 
 
518 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.363166  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0821  EAL domain-containing protein  32.57 
 
 
541 aa  221  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003646  Rtn protein  31.47 
 
 
498 aa  213  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.191935  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0038  hypothetical protein  33.33 
 
 
518 aa  202  9e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.82 
 
 
504 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 
925 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.4 
 
 
516 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  37.31 
 
 
516 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  36.2 
 
 
528 aa  170  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.68 
 
 
516 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.03 
 
 
516 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  28.44 
 
 
521 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  36.03 
 
 
516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  35.14 
 
 
523 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  36.53 
 
 
374 aa  167  5.9999999999999996e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1847  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.8 
 
 
648 aa  164  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  36.33 
 
 
535 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  32.8 
 
 
1093 aa  163  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  36.33 
 
 
518 aa  163  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.69 
 
 
818 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 
862 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  34.9 
 
 
1274 aa  160  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  34.07 
 
 
497 aa  160  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  34.07 
 
 
518 aa  160  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  31.33 
 
 
944 aa  160  7e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  34.94 
 
 
685 aa  159  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  35.32 
 
 
534 aa  159  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  35.32 
 
 
865 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  35.66 
 
 
532 aa  158  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.84 
 
 
735 aa  158  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.14 
 
 
739 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.51 
 
 
727 aa  157  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  30.09 
 
 
537 aa  157  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  38.43 
 
 
532 aa  157  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.26 
 
 
762 aa  157  6e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.18 
 
 
1072 aa  156  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 
726 aa  156  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 
726 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  39 
 
 
490 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.47 
 
 
911 aa  155  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.286617  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.01 
 
 
858 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.08 
 
 
656 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.25 
 
 
709 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 
707 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.11 
 
 
585 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.2 
 
 
819 aa  154  4e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.6 
 
 
1040 aa  154  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.27 
 
 
965 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.46 
 
 
706 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0114  GGDEF domain/EAL domain protein  33.87 
 
 
554 aa  154  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.65 
 
 
1107 aa  154  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  37.76 
 
 
522 aa  153  5e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  36.14 
 
 
1534 aa  153  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  34.11 
 
 
976 aa  153  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1563  diguanylate phosphodiesterase  36.63 
 
 
505 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0699243 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.21 
 
 
521 aa  153  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 
512 aa  153  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  33.21 
 
 
507 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  33.21 
 
 
521 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 
770 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  26.82 
 
 
525 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.42 
 
 
1070 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 
947 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1108  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.15 
 
 
596 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0147764  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  33.21 
 
 
507 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  25.78 
 
 
501 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  33.21 
 
 
521 aa  152  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  34.78 
 
 
1491 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  35.34 
 
 
526 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1578  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.01 
 
 
631 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5518  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.94 
 
 
556 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  35.34 
 
 
526 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 
891 aa  152  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  37.76 
 
 
530 aa  152  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.21 
 
 
521 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.1 
 
 
1074 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2933  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.46 
 
 
547 aa  151  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.34 
 
 
1075 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.6 
 
 
1490 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  32.84 
 
 
511 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.1 
 
 
733 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.6 
 
 
1497 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.996532 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.47 
 
 
723 aa  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.1 
 
 
1074 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.94 
 
 
1487 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.1 
 
 
1074 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4552  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
624 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2262  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
853 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  32.97 
 
 
529 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  34.14 
 
 
562 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.59 
 
 
486 aa  150  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>