More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5276 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  100 
 
 
529 aa  1072    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  52.19 
 
 
523 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  44.44 
 
 
530 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  37.52 
 
 
538 aa  307  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.25 
 
 
516 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  35 
 
 
530 aa  301  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.44 
 
 
516 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.25 
 
 
516 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.25 
 
 
516 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  37.15 
 
 
538 aa  296  9e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  39.01 
 
 
535 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.38 
 
 
516 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  38.81 
 
 
532 aa  293  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  38.81 
 
 
535 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  34.57 
 
 
520 aa  291  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  37.24 
 
 
537 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  33.53 
 
 
516 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  33.53 
 
 
516 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.53 
 
 
518 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.53 
 
 
516 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.53 
 
 
518 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  33.33 
 
 
516 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.33 
 
 
516 aa  282  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.33 
 
 
498 aa  280  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  35.02 
 
 
528 aa  278  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  37.33 
 
 
542 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.96 
 
 
533 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.77 
 
 
533 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.96 
 
 
533 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.27 
 
 
528 aa  270  4e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.27 
 
 
528 aa  270  4e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.11 
 
 
516 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  33.27 
 
 
528 aa  270  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  33.27 
 
 
528 aa  270  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  33.27 
 
 
528 aa  270  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  33.27 
 
 
528 aa  270  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.77 
 
 
533 aa  270  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.07 
 
 
528 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  31.83 
 
 
525 aa  264  3e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  33.71 
 
 
522 aa  263  4.999999999999999e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.67 
 
 
528 aa  262  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  32.95 
 
 
530 aa  261  2e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  43.96 
 
 
374 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  33.89 
 
 
522 aa  242  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  32.93 
 
 
544 aa  229  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  34.41 
 
 
406 aa  229  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3335  EAL domain protein  30.42 
 
 
540 aa  220  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  32.01 
 
 
536 aa  219  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  29.29 
 
 
538 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  29.78 
 
 
516 aa  194  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  29.07 
 
 
535 aa  189  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
1094 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0818  EAL and GGDEF domain-containing protein  40.4 
 
 
976 aa  187  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  29.53 
 
 
534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.94 
 
 
593 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.94 
 
 
593 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.4 
 
 
818 aa  182  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.34 
 
 
1076 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4765  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.27 
 
 
1074 aa  182  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1789  EAL domain protein  28.29 
 
 
524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.302029  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.59 
 
 
689 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  30.52 
 
 
532 aa  180  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.84 
 
 
533 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.41 
 
 
469 aa  179  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2565  two component signal transduction response regulator  39.02 
 
 
703 aa  178  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0521  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.08 
 
 
685 aa  179  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.799608 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2200  EAL domain protein  26.09 
 
 
529 aa  178  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.26 
 
 
917 aa  177  5e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.61 
 
 
1301 aa  176  8e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  38.28 
 
 
1141 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  31.45 
 
 
521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
862 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
743 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  29.15 
 
 
523 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  41.63 
 
 
1415 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1475  hypothetical protein  37.9 
 
 
842 aa  174  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  27.03 
 
 
501 aa  174  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.74 
 
 
576 aa  174  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  41.63 
 
 
1410 aa  174  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  39.84 
 
 
687 aa  174  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.76 
 
 
704 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.31 
 
 
685 aa  173  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 
766 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.27 
 
 
761 aa  172  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1108  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.32 
 
 
596 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0147764  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  39.84 
 
 
686 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  29.6 
 
 
532 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.38 
 
 
758 aa  172  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.67 
 
 
877 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.9 
 
 
1514 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0142  sensory box protein  38.28 
 
 
1069 aa  172  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.9 
 
 
1514 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  39.78 
 
 
506 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.06 
 
 
1101 aa  172  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
549 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  40.08 
 
 
586 aa  171  2e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.04 
 
 
869 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.56 
 
 
1282 aa  171  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.4 
 
 
687 aa  171  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0630  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.77 
 
 
585 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0160579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>