More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003646 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003646  Rtn protein  100 
 
 
498 aa  1029    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.191935  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0038  hypothetical protein  42.65 
 
 
518 aa  428  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0821  EAL domain-containing protein  32.98 
 
 
541 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0931  EAL domain-containing protein  36.36 
 
 
518 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.363166  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3041  EAL domain-containing protein  36.14 
 
 
518 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4145  hypothetical protein  31.47 
 
 
500 aa  213  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2398  periplasmic sensor diguanylate phophodiesterase  30.26 
 
 
506 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.625554  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  28.03 
 
 
516 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  36.96 
 
 
528 aa  168  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  27.8 
 
 
516 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.81 
 
 
504 aa  164  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  35.71 
 
 
507 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  35.71 
 
 
507 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.71 
 
 
521 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
521 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.09 
 
 
516 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  32.59 
 
 
521 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.97 
 
 
516 aa  163  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 
521 aa  163  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.71 
 
 
521 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.46 
 
 
516 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.6 
 
 
486 aa  161  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  34.67 
 
 
512 aa  158  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.94 
 
 
516 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  38.02 
 
 
526 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  36.51 
 
 
523 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  38.02 
 
 
526 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  33.09 
 
 
501 aa  153  8e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  30.74 
 
 
534 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  35.64 
 
 
520 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  38.1 
 
 
522 aa  152  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  37.82 
 
 
530 aa  152  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  35.25 
 
 
538 aa  152  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  33.62 
 
 
535 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  36.1 
 
 
511 aa  150  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  35.78 
 
 
925 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.74 
 
 
532 aa  149  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  35.74 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  35.74 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  35.74 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.74 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.74 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.88 
 
 
516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.88 
 
 
516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  33.83 
 
 
374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.88 
 
 
516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.88 
 
 
516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
1094 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.81 
 
 
947 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  31.18 
 
 
500 aa  148  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  36.51 
 
 
520 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
541 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.08 
 
 
536 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  32.21 
 
 
538 aa  147  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.51 
 
 
518 aa  147  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.84 
 
 
516 aa  147  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  35.27 
 
 
519 aa  147  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.21 
 
 
533 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.21 
 
 
533 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.21 
 
 
533 aa  146  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.54 
 
 
518 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.41 
 
 
790 aa  146  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  28.51 
 
 
516 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.21 
 
 
460 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  28.51 
 
 
516 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.21 
 
 
474 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  35.74 
 
 
537 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 
684 aa  145  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  32.82 
 
 
532 aa  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.49 
 
 
516 aa  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.27 
 
 
834 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2742  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34 
 
 
894 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.08 
 
 
1075 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  33.09 
 
 
529 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  34.49 
 
 
516 aa  144  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  34.48 
 
 
406 aa  144  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  28.57 
 
 
498 aa  144  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.28 
 
 
700 aa  143  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133326  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  33.95 
 
 
532 aa  143  7e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 
515 aa  143  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  26.87 
 
 
523 aa  143  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  31.94 
 
 
518 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  34.55 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.74 
 
 
990 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  32.72 
 
 
506 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  32.72 
 
 
506 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  31.94 
 
 
518 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  31.94 
 
 
518 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01719  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
673 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.513867  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
593 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.42 
 
 
535 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
593 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  31.94 
 
 
518 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  33.09 
 
 
518 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  33.09 
 
 
518 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  33.85 
 
 
506 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  33.09 
 
 
518 aa  141  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
526 aa  141  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  33.09 
 
 
518 aa  141  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  33.09 
 
 
518 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>