More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0931 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3041  EAL domain-containing protein  99.03 
 
 
518 aa  1062    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0931  EAL domain-containing protein  100 
 
 
518 aa  1072    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.363166  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0821  EAL domain-containing protein  48.79 
 
 
541 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003646  Rtn protein  36.36 
 
 
498 aa  268  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.191935  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0038  hypothetical protein  38.07 
 
 
518 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4145  hypothetical protein  43.6 
 
 
500 aa  236  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2398  periplasmic sensor diguanylate phophodiesterase  43.2 
 
 
506 aa  200  6e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.625554  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  33.55 
 
 
538 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  35.66 
 
 
538 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 
925 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  36.82 
 
 
523 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4985  sensory box protein  37.6 
 
 
1534 aa  156  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  28.57 
 
 
525 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  26.81 
 
 
516 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.46 
 
 
504 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  26.81 
 
 
516 aa  155  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  37.92 
 
 
374 aa  155  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.81 
 
 
518 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  34.01 
 
 
534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.62 
 
 
516 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.62 
 
 
516 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  34.88 
 
 
521 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.58 
 
 
516 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  33.33 
 
 
535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.93 
 
 
743 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.62 
 
 
516 aa  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  33.95 
 
 
532 aa  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.05 
 
 
518 aa  153  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  32.97 
 
 
532 aa  152  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  27.31 
 
 
506 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
516 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  25.86 
 
 
516 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  37.09 
 
 
530 aa  151  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  32.39 
 
 
501 aa  151  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  32.26 
 
 
516 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  31.66 
 
 
530 aa  150  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
1248 aa  150  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.97 
 
 
532 aa  150  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  37.09 
 
 
522 aa  150  8e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  32.6 
 
 
528 aa  150  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  33.97 
 
 
532 aa  149  9e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 
532 aa  149  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 
532 aa  149  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.97 
 
 
532 aa  149  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.97 
 
 
532 aa  149  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.69 
 
 
1094 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  25.67 
 
 
516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.35 
 
 
890 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  38.17 
 
 
537 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  35.22 
 
 
490 aa  148  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  32.8 
 
 
529 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  29.86 
 
 
528 aa  147  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  32.35 
 
 
489 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.75 
 
 
486 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.22 
 
 
533 aa  147  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  33.33 
 
 
532 aa  147  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.82 
 
 
862 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  38 
 
 
514 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.86 
 
 
533 aa  146  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  31.75 
 
 
507 aa  146  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.75 
 
 
521 aa  146  9e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  31.75 
 
 
507 aa  146  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  31.75 
 
 
521 aa  146  9e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.86 
 
 
533 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.86 
 
 
516 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  30.5 
 
 
500 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  34.56 
 
 
519 aa  146  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  31.75 
 
 
521 aa  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.94 
 
 
1074 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  25.58 
 
 
498 aa  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.94 
 
 
1074 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  36.1 
 
 
542 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.94 
 
 
1074 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.88 
 
 
1036 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.94 
 
 
733 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.35 
 
 
521 aa  144  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.86 
 
 
533 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.46 
 
 
744 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.34 
 
 
1499 aa  144  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  33.56 
 
 
506 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  33.56 
 
 
506 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 
512 aa  144  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.59 
 
 
989 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  36.1 
 
 
532 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34 
 
 
859 aa  144  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.2 
 
 
1002 aa  144  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 
715 aa  144  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  36.1 
 
 
535 aa  144  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  36.1 
 
 
535 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.82 
 
 
533 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.82 
 
 
533 aa  144  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  35.63 
 
 
1245 aa  144  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.82 
 
 
533 aa  144  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.24 
 
 
739 aa  143  9e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.34 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.82 
 
 
474 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.82 
 
 
460 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  33.9 
 
 
506 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.73 
 
 
851 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.2 
 
 
1301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>