More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4609 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  64.77 
 
 
528 aa  708    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  64.77 
 
 
528 aa  708    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  98.87 
 
 
533 aa  1098    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  99.03 
 
 
516 aa  1066    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  64.77 
 
 
528 aa  708    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  64.39 
 
 
528 aa  703    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  100 
 
 
533 aa  1107    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  64.77 
 
 
528 aa  708    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  64.58 
 
 
528 aa  705    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  64.2 
 
 
528 aa  703    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  64.58 
 
 
528 aa  705    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  73.65 
 
 
528 aa  821    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  98.87 
 
 
533 aa  1098    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  98.69 
 
 
533 aa  1095    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4576  hypothetical protein  60.49 
 
 
246 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.53 
 
 
518 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.33 
 
 
516 aa  302  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  33.33 
 
 
516 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  33.33 
 
 
516 aa  301  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  33.33 
 
 
516 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.33 
 
 
518 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.14 
 
 
516 aa  301  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.8 
 
 
498 aa  296  7e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  33.58 
 
 
520 aa  290  5.0000000000000004e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.71 
 
 
516 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.9 
 
 
516 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.9 
 
 
516 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  32.82 
 
 
530 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.71 
 
 
516 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.71 
 
 
516 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  34.96 
 
 
529 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  33.21 
 
 
537 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  35.98 
 
 
406 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  33.86 
 
 
538 aa  257  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  30.21 
 
 
523 aa  256  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  32.68 
 
 
530 aa  249  7e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  30.02 
 
 
538 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  32.36 
 
 
525 aa  246  9.999999999999999e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  46.72 
 
 
374 aa  240  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3335  EAL domain protein  29.65 
 
 
540 aa  227  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  46.07 
 
 
538 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  46.9 
 
 
535 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  46.9 
 
 
535 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  46.51 
 
 
532 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  32.85 
 
 
542 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  30.1 
 
 
530 aa  216  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  29.12 
 
 
522 aa  213  5.999999999999999e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  29.06 
 
 
536 aa  208  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  28.07 
 
 
522 aa  193  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  39 
 
 
516 aa  180  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.48 
 
 
516 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  32.48 
 
 
516 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2857  sensory box/response regulator  39.6 
 
 
754 aa  178  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.917485  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.48 
 
 
516 aa  177  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  32.48 
 
 
516 aa  177  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  32.15 
 
 
516 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.69 
 
 
576 aa  174  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2398  periplasmic sensor diguanylate phophodiesterase  34.89 
 
 
506 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.625554  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2717  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.21 
 
 
720 aa  172  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00595541 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1934  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.82 
 
 
692 aa  171  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.86 
 
 
504 aa  171  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  35.86 
 
 
873 aa  170  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  39.38 
 
 
538 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.11 
 
 
925 aa  169  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.7 
 
 
1254 aa  169  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.52 
 
 
743 aa  169  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.4 
 
 
862 aa  167  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  32.09 
 
 
532 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.37 
 
 
1072 aa  167  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 
679 aa  167  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3384  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.4 
 
 
829 aa  167  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
705 aa  167  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  27.49 
 
 
544 aa  165  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0627  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
678 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001211  sensory box/GGDEF family protein ScrC (involved in swarmer cell regulation)  35.69 
 
 
776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.8 
 
 
1027 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001526  sensory box/GGDEF family protein  35.92 
 
 
477 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501758  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
782 aa  164  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.20667  normal  0.271629 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.1 
 
 
758 aa  164  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36260  putative signal transduction protein  36.25 
 
 
531 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.104592  hitchhiker  0.00880546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.02 
 
 
980 aa  164  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.579103  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  24.86 
 
 
533 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.3 
 
 
883 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.25 
 
 
744 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  36.72 
 
 
726 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  34.75 
 
 
865 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3340  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
500 aa  163  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.15 
 
 
756 aa  163  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.68 
 
 
734 aa  163  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.92876  hitchhiker  0.00384983 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  39.09 
 
 
1346 aa  162  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  36.93 
 
 
921 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3942  GGDEF  38.34 
 
 
784 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0583241  hitchhiker  0.00556538 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.48 
 
 
862 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.43 
 
 
724 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  34.58 
 
 
799 aa  162  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1996  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 
855 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.473093  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
743 aa  162  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  34.52 
 
 
512 aa  162  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 
726 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.36 
 
 
1094 aa  162  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>