More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0500 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  98.84 
 
 
516 aa  1051    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  98.64 
 
 
516 aa  1049    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  98.19 
 
 
498 aa  1014    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  100 
 
 
516 aa  1062    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  98.26 
 
 
518 aa  1045    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  98.84 
 
 
518 aa  1051    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  67.05 
 
 
516 aa  725    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  67.05 
 
 
516 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  98.77 
 
 
406 aa  830    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  98.64 
 
 
516 aa  1050    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  66.86 
 
 
516 aa  725    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  98.64 
 
 
516 aa  1049    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  67.05 
 
 
516 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  58.14 
 
 
520 aa  653    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  67.05 
 
 
516 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  33.4 
 
 
528 aa  309  8e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  33.47 
 
 
523 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.33 
 
 
533 aa  303  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.14 
 
 
533 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.14 
 
 
533 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.33 
 
 
516 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.14 
 
 
533 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  33.96 
 
 
538 aa  299  7e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  33.52 
 
 
528 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  33.52 
 
 
528 aa  298  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  33.52 
 
 
528 aa  298  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  33.52 
 
 
528 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.33 
 
 
528 aa  294  3e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.33 
 
 
528 aa  294  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33.14 
 
 
528 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  33.14 
 
 
528 aa  290  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  33.33 
 
 
529 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  33 
 
 
530 aa  269  8.999999999999999e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3335  EAL domain protein  34.02 
 
 
540 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  34.42 
 
 
537 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  32.3 
 
 
538 aa  259  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  31.79 
 
 
538 aa  253  9.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  31.93 
 
 
530 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  31.35 
 
 
535 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  31.15 
 
 
535 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  30.94 
 
 
532 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  43.75 
 
 
374 aa  234  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  31.12 
 
 
525 aa  233  7.000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  31.36 
 
 
542 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00413  hypothetical protein  98.17 
 
 
112 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  29.64 
 
 
536 aa  207  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  29.76 
 
 
522 aa  206  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  29.81 
 
 
522 aa  205  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  28.87 
 
 
530 aa  204  3e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  30.1 
 
 
516 aa  195  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2200  EAL domain protein  29.28 
 
 
529 aa  187  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.1 
 
 
1074 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  27.61 
 
 
544 aa  181  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.77 
 
 
1074 aa  180  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.77 
 
 
1074 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.12 
 
 
733 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.11 
 
 
1077 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0105152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0128  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.11 
 
 
1077 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.184244 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0141  sensory box protein  35.87 
 
 
1077 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.46 
 
 
1077 aa  173  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0355057 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.43 
 
 
533 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.17 
 
 
706 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.41 
 
 
1077 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4765  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.15 
 
 
1074 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2526  EAL domain protein  29.24 
 
 
526 aa  168  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  32.78 
 
 
501 aa  168  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.04 
 
 
516 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  34.28 
 
 
516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.28 
 
 
516 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.42 
 
 
593 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.28 
 
 
516 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.42 
 
 
593 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.36 
 
 
871 aa  167  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.829365  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.94 
 
 
1301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.97 
 
 
1076 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.63 
 
 
699 aa  166  8e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.92 
 
 
516 aa  166  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.47 
 
 
521 aa  164  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
500 aa  164  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  34.47 
 
 
507 aa  164  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  34.47 
 
 
507 aa  164  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  29.68 
 
 
526 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  34.47 
 
 
521 aa  163  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.82 
 
 
549 aa  163  6e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  34.47 
 
 
521 aa  163  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  36.71 
 
 
680 aa  162  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.13 
 
 
521 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.97 
 
 
679 aa  162  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5279  RNase II stability modulator  34.3 
 
 
666 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164085  normal  0.0978812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.25 
 
 
585 aa  162  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4552  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 
624 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.07 
 
 
818 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.72 
 
 
711 aa  161  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  34.94 
 
 
521 aa  161  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 
682 aa  161  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  27.57 
 
 
534 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.07 
 
 
971 aa  160  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  31.96 
 
 
532 aa  160  5e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.25 
 
 
754 aa  160  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2398  periplasmic sensor diguanylate phophodiesterase  35.04 
 
 
506 aa  160  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.625554  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>