More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0048 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  69.26 
 
 
535 aa  722    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  69.89 
 
 
542 aa  742    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  100 
 
 
538 aa  1100    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  69.45 
 
 
532 aa  720    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  69.07 
 
 
535 aa  719    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  37.57 
 
 
529 aa  309  6.999999999999999e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  34.96 
 
 
523 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  33.14 
 
 
520 aa  270  5e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  33.6 
 
 
530 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  32.95 
 
 
530 aa  264  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.3 
 
 
516 aa  259  7e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  35.76 
 
 
537 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  32.3 
 
 
516 aa  258  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.98 
 
 
518 aa  257  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  32.3 
 
 
516 aa  258  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.98 
 
 
516 aa  257  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.3 
 
 
518 aa  256  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  31.78 
 
 
516 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  46.08 
 
 
538 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.77 
 
 
516 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.59 
 
 
498 aa  249  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  45.68 
 
 
374 aa  246  9e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.58 
 
 
516 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.58 
 
 
516 aa  243  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.58 
 
 
516 aa  243  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.9 
 
 
516 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  32.02 
 
 
522 aa  241  4e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  31.41 
 
 
530 aa  236  6e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  30.36 
 
 
525 aa  236  9e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  40.26 
 
 
528 aa  228  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  44.88 
 
 
533 aa  225  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  46.07 
 
 
516 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  46.07 
 
 
533 aa  225  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  46.07 
 
 
533 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  44.88 
 
 
533 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  42.32 
 
 
406 aa  217  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  45.34 
 
 
522 aa  216  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  27.66 
 
 
538 aa  210  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  41.08 
 
 
528 aa  196  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  41.08 
 
 
528 aa  196  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  41.08 
 
 
528 aa  196  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  41.08 
 
 
528 aa  196  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  41.08 
 
 
528 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  41.08 
 
 
528 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  41.08 
 
 
528 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  41.08 
 
 
528 aa  194  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  29.79 
 
 
544 aa  189  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  38.98 
 
 
536 aa  189  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  38.7 
 
 
686 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  38.7 
 
 
687 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.27 
 
 
533 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  27.57 
 
 
516 aa  179  8e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 
796 aa  177  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.88 
 
 
711 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  37.96 
 
 
526 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.6 
 
 
646 aa  173  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.19 
 
 
1076 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.86 
 
 
731 aa  172  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
516 aa  171  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  36.68 
 
 
683 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  35.14 
 
 
516 aa  170  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.98 
 
 
758 aa  169  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37830  GGDEF domain-containing protein  38.37 
 
 
691 aa  169  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.42033  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  39.92 
 
 
1346 aa  169  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  36.29 
 
 
705 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.46 
 
 
516 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.46 
 
 
516 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  34.88 
 
 
921 aa  168  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  31.12 
 
 
532 aa  169  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  35.46 
 
 
516 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.58 
 
 
549 aa  169  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.59 
 
 
789 aa  169  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.57 
 
 
659 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36260  putative signal transduction protein  28.38 
 
 
531 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.104592  hitchhiker  0.00880546 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.25 
 
 
646 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  34.98 
 
 
689 aa  167  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.9 
 
 
644 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.9 
 
 
644 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  33.58 
 
 
532 aa  167  5e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.83 
 
 
730 aa  167  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0630  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.68 
 
 
585 aa  166  8e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0160579 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.95 
 
 
842 aa  166  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.29 
 
 
683 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  35.91 
 
 
693 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2447  signal transduction protein  40.23 
 
 
965 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.936876  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.33 
 
 
818 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0624  sensory box/GGDEF family protein  35.25 
 
 
689 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.91 
 
 
694 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1789  EAL domain protein  33.57 
 
 
524 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.302029  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4753  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
689 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.410613  hitchhiker  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0603  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
702 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0517  sensory box/GGDEF family protein  34.84 
 
 
689 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0460  sensory box/GGDEF family protein  34.84 
 
 
689 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.193635  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0456  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
689 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.91 
 
 
683 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0548  sensory box/GGDEF family protein  34.84 
 
 
689 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
892 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.84 
 
 
646 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0270  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 
713 aa  165  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.165733  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0549  sensory box/GGDEF family protein  34.84 
 
 
689 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.7749100000000004e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>