More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1385 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  100 
 
 
522 aa  1056    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  33.6 
 
 
529 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  32.04 
 
 
530 aa  237  4e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  31.76 
 
 
538 aa  236  7e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.7 
 
 
516 aa  234  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  32.52 
 
 
535 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  32.72 
 
 
532 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  32.92 
 
 
535 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.7 
 
 
516 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.7 
 
 
516 aa  230  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.52 
 
 
518 aa  229  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.7 
 
 
516 aa  230  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.52 
 
 
518 aa  230  6e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  32.04 
 
 
542 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  30.51 
 
 
516 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  30.51 
 
 
516 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.51 
 
 
516 aa  228  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  33.33 
 
 
523 aa  227  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  30.32 
 
 
516 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.51 
 
 
516 aa  226  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.13 
 
 
516 aa  226  9e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  30.58 
 
 
520 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  40.97 
 
 
538 aa  221  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  33.21 
 
 
537 aa  219  7e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.16 
 
 
498 aa  219  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.12 
 
 
533 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.12 
 
 
533 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  42.65 
 
 
374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.12 
 
 
533 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.12 
 
 
533 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  28.77 
 
 
516 aa  211  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  29.28 
 
 
530 aa  210  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  40.74 
 
 
406 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.71 
 
 
528 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  38.77 
 
 
525 aa  199  1.0000000000000001e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.71 
 
 
528 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  28.71 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  28.71 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  28.71 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  28.63 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  28.71 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  27.82 
 
 
528 aa  196  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.33 
 
 
528 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  30.27 
 
 
544 aa  193  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  41 
 
 
522 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  40.17 
 
 
530 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  28.66 
 
 
534 aa  182  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  36.75 
 
 
526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.67 
 
 
1254 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
877 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  27.94 
 
 
535 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.81 
 
 
516 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.14 
 
 
758 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.44 
 
 
516 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.31 
 
 
762 aa  169  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.44 
 
 
516 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.44 
 
 
516 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  28.19 
 
 
516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.23 
 
 
533 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  34.44 
 
 
516 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.16 
 
 
758 aa  167  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.61 
 
 
1301 aa  167  5e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
718 aa  167  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1351  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 
904 aa  166  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0180215  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
506 aa  166  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0624  sensory box/GGDEF family protein  34.57 
 
 
689 aa  166  9e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  39.62 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0603  sensory box/GGDEF family protein  34.57 
 
 
702 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
506 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  39.62 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  39.62 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  39.62 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  38.58 
 
 
1346 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  39.62 
 
 
518 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4753  sensory box/GGDEF family protein  34.16 
 
 
689 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.410613  hitchhiker  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  35.18 
 
 
865 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0456  sensory box/GGDEF family protein  34.16 
 
 
689 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 
901 aa  164  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
506 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.36 
 
 
1021 aa  163  6e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4411  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  35.63 
 
 
831 aa  163  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.523822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4552  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 
624 aa  163  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  35.71 
 
 
538 aa  163  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
506 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  36.53 
 
 
536 aa  163  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.33 
 
 
730 aa  163  8.000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36260  putative signal transduction protein  36.95 
 
 
531 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.104592  hitchhiker  0.00880546 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.97 
 
 
929 aa  162  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2200  EAL domain protein  25.88 
 
 
529 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  34.16 
 
 
689 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0463  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
689 aa  162  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.73 
 
 
917 aa  161  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  37.2 
 
 
518 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0630  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.26 
 
 
585 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0160579 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.71 
 
 
504 aa  162  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  34.8 
 
 
518 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  37.25 
 
 
518 aa  161  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  34.8 
 
 
518 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  34.8 
 
 
497 aa  161  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  32.35 
 
 
528 aa  161  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>