75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3166 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2966  OPT superfamily oligopeptide transporter  68.99 
 
 		 679 aa  832    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1173  OPT family oligopeptide transporter  64.14 
 
 		 678 aa  783    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.742111  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3114  oligopeptide transporter OPT  68.99 
 
 		 676 aa  863    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0311  integral membrane protein  54.15 
 
 		 668 aa  686    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.220187  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3491  oligopeptide transporter, OPT family  97.08 
 
 		 684 aa  1258    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.827717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12980  hypothetical protein  63.3 
 
 		 678 aa  777    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.28182 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3166  oligopeptide transporter, OPT family  100 
 
 		 684 aa  1321    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3297  hypothetical protein  86.07 
 
 		 683 aa  1133    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3263  oligopeptide transporter, OPT family  52.69 
 
 		 640 aa  610  1e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0197  OPT family oligopeptide transporter  50 
 
 		 664 aa  594  1e-168  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.31085  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0236  OPT family oligopeptide transporter  49.85 
 
 		 664 aa  593  1e-168  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0214  OPT family oligopeptide transporter  49.4 
 
 		 664 aa  589  1e-167  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0026  conserved hypothetical integral membrane protein, putative oligopeptide transporter, OPT family  50.22 
 
 		 661 aa  584  1.0000000000000001e-165  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4919  OPT family oligopeptide transporter  50.08 
 
 		 669 aa  532  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.816736  normal  0.0168225 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2979  OPT family oligopeptide transporter  49.61 
 
 		 658 aa  488  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.344801 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2381  oligopeptide transporter, OPT family  47.55 
 
 		 673 aa  475  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3738  OPT family oligopeptide transporter  46.45 
 
 		 662 aa  475  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1960  oligopeptide transporter OPT  46.7 
 
 		 650 aa  471  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4609  oligopeptide transporter, OPT family  44.67 
 
 		 667 aa  462  1e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.449466  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2466  OPT family oligopeptide transporter  48.07 
 
 		 688 aa  462  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.945797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2688  oligopeptide transporter, OPT family  47.62 
 
 		 673 aa  456  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.994806  normal  0.684458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3808  OPT family oligopeptide transporter  49.54 
 
 		 647 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.941399  normal  0.383075 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12423  integral membrane protein  45.65 
 
 		 667 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00332711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4197  oligopeptide transporter, OPT family  44.64 
 
 		 667 aa  447  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0294  oligopeptide transporter, OPT family  40.62 
 
 		 663 aa  425  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.581981  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1278  OPT family oligopeptide transporter  36.2 
 
 		 669 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1229  oligopeptide transporter  36.2 
 
 		 689 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02096  oligopeptide transporter, OPT family  37.93 
 
 		 656 aa  380  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.861869  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1456  oligopeptide transporter  38.56 
 
 		 653 aa  368  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1386  OPT family oligopeptide transporter  38.56 
 
 		 653 aa  368  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0768  hypothetical protein  34.81 
 
 		 666 aa  357  2.9999999999999997e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0750  hypothetical protein  34.96 
 
 		 664 aa  352  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1090  oligopeptide transporter, OPT family  36.42 
 
 		 654 aa  350  4e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0651  OPT family oligopeptide transporter  35.51 
 
 		 672 aa  321  3e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1681  oligopeptide transporter, OPT family  32.45 
 
 		 626 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0712144  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4203  oligopeptide transporter OPT  31.65 
 
 		 675 aa  238  4e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.846925  normal  0.0130006 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1697  oligopeptide transporter, OPT family  31.31 
 
 		 657 aa  231  3e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11130  oligopeptide transporter, OPT family  31.12 
 
 		 636 aa  229  1e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5704  oligopeptide transporter, OPT family  30.57 
 
 		 688 aa  226  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.525123 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2650  OPT family oligopeptide transporter  30.6 
 
 		 656 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0197  oligopeptide transporter, OPT family  28.32 
 
 		 683 aa  208  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6444  oligopeptide transporter, OPT family  33.38 
 
 		 647 aa  207  4e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2707  oligopeptide transporter, OPT family  28.94 
 
 		 644 aa  204  5e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0264  OPT family oligopeptide transporter  29 
 
 		 706 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7216  normal  0.191897 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0243  oligopeptide transporter OPT  29.51 
 
 		 690 aa  183  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0254  oligopeptide transporter, OPT family  30.25 
 
 		 690 aa  183  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.143489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0265  oligopeptide transporter, OPT family  29.66 
 
 		 690 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.475896  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4609  OPT family oligopeptide transporter  28.27 
 
 		 768 aa  181  4.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0444  OPT family oligopeptide transporter  27.32 
 
 		 659 aa  165  3e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.055874 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2435  oligopeptide transporter, OPT  26.19 
 
 		 664 aa  160  7e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.498464 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1485  OPT family oligopeptide transporter  26.81 
 
 		 638 aa  144  6e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1276  OPT family oligopeptide transporter  26.66 
 
 		 638 aa  144  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.557964  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0706  oligopeptide transporters, OPT superfamily  25.35 
 
 		 550 aa  114  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000176165  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1222  oligopeptide transporter, OPT superfamily  25.12 
 
 		 622 aa  104  6e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.107355 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2947  OPT family oligopeptide transporter  25.57 
 
 		 605 aa  86.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504276 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1725  oligopeptide transporter, OPT superfamily  34.04 
 
 		 575 aa  69.3  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.116386  normal  0.268809 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00700  oligopeptide transporter, OPT family, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G13620)  26.94 
 
 		 754 aa  69.7  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3390  OPT family oligopeptide transporter  31.65 
 
 		 585 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.261384  normal  0.385858 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3867  OPT family oligopeptide transporter  26.07 
 
 		 577 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1179  OPT superfamily oligopeptide transporter  28.09 
 
 		 581 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.164863 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2041  oligopeptide transporters, OPT superfamily  29.25 
 
 		 540 aa  64.7  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0374893  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0332  OPT family oligopeptide transporter  28.21 
 
 		 583 aa  63.9  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00861331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30676  predicted protein  28.33 
 
 		 722 aa  62.8  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.105769  normal  0.0372054 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2714  oligopeptide transporters, OPT superfamily  25.19 
 
 		 539 aa  62.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000966731  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1819  OPT superfamily oligopeptide transporter  27.1 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.838258  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2274  oligopeptide transporter, OPT family  26.47 
 
 		 596 aa  58.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.247185  normal  0.0874432 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0148  oligopeptide transporter, OPT family  30.34 
 
 		 578 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4241  oligopeptide transporter, OPT superfamily  27.76 
 
 		 583 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00336098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4216  oligopeptide transporters, OPT superfamily  27.76 
 
 		 583 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4611  OPT family oligopeptide transporter  28 
 
 		 612 aa  55.5  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4092  OPT family oligopeptide transporter  31.02 
 
 		 583 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.360567  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5004  oligopeptide transporter, OPT superfamily  32.19 
 
 		 611 aa  55.1  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.432343 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02390  conserved hypothetical protein  25.32 
 
 		 740 aa  54.3  0.000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0353  OPT family oligopeptide transporter  25.2 
 
 		 576 aa  53.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0737792 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5795  OPT superfamily oligopeptide transporter  24.95 
 
 		 634 aa  49.3  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.105717 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>