More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1488 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 283 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.93 
 
 		 288 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.72 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1641  putative NAD(P)-dependent oxidoreductase  66.17 
 
 		 283 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.13 
 
 		 283 aa  361  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.49 
 
 		 283 aa  361  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4162  oxidoreductase  63.54 
 
 		 284 aa  357  1.9999999999999998e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.14 
 
 		 286 aa  352  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0128402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.42 
 
 		 281 aa  306  4.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.27 
 
 		 285 aa  275  5e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.94 
 
 		 280 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.206995  normal  0.495614 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.64 
 
 		 278 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.448141  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.76 
 
 		 279 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  hitchhiker  0.00732826 
 
 
-
 
NC_006686  CND02230  conserved hypothetical protein  46.29 
 
 		 331 aa  249  5e-65  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34853  predicted protein  42.86 
 
 		 326 aa  217  1e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.116602  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05557  short chain dehydrogenase/reductase (AFU_orthologue; AFUA_2G00830)  37.41 
 
 		 328 aa  182  4.0000000000000006e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  41.33 
 
 		 595 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  41.33 
 
 		 595 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 		 595 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 		 595 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 290 aa  115  7.999999999999999e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 		 595 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  37.07 
 
 		 618 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.5 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 		 595 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  38.65 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  37.02 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 		 596 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2287  hypothetical protein  38.39 
 
 		 298 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  39.13 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 		 602 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  32.55 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  37.81 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  39.23 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  34.43 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  37.37 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  36.02 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.41 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  38.39 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1359  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 		 602 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  39 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  37.63 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.91 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 		 281 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 274 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 267 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848764  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.18 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  37.44 
 
 		 304 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.91 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.91 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  34.77 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  35.87 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  34.77 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.78 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0974  acetoin reductase  37.44 
 
 		 253 aa  103  5e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 270 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  38.64 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  33.2 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4287  acetoacetyl-CoA reductase  36.68 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.250358  normal  0.289691 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.95 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3819  acetoacetyl-CoA reductase  36.68 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  normal  0.774133 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  35.53 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 		 602 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 		 590 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  37.56 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>