246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3828 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3828  radical SAM family protein  100 
 
 		 395 aa  829    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1401  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1372  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.618298 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0266  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0030  Radical SAM domain protein  29.02 
 
 		 350 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0349  hypothetical protein  28.09 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.267481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0572  radical SAM domain-containing protein  29.04 
 
 		 353 aa  115  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0073  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0383  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 		 380 aa  113  5e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000167403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0093  radical SAM domain-containing protein  27.73 
 
 		 356 aa  109  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.488444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2880  radical SAM family protein  28.69 
 
 		 383 aa  107  4e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0233  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.576221 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1332  radical SAM domain-containing protein  35.63 
 
 		 270 aa  99.4  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.842138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1700  Radical SAM domain protein  25.47 
 
 		 372 aa  96.3  9e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.216048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0350  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.763056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 		 800 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  24.51 
 
 		 450 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  24.65 
 
 		 447 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  23.06 
 
 		 461 aa  72.4  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0109  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 465 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 		 452 aa  68.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 489 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  24.06 
 
 		 447 aa  66.6  0.0000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  24.35 
 
 		 450 aa  66.6  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0515  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 		 400 aa  66.2  0.0000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000107878  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  24.27 
 
 		 476 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 458 aa  63.9  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3029  radical SAM family protein  25.88 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0038885  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1786  radical SAM family protein  26.47 
 
 		 461 aa  63.2  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00175459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0970  Radical SAM domain protein  30.51 
 
 		 452 aa  62.8  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0606739  normal  0.0894682 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  23.8 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0870  arylsulfatase regulator (Fe-S oxidoreductase)  23.96 
 
 		 483 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 		 446 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  21.47 
 
 		 453 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  23.9 
 
 		 489 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0601  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 		 486 aa  62  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.772105 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1095  Radical SAM domain protein  31.06 
 
 		 446 aa  61.2  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1364  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 		 460 aa  61.6  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.458082  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 		 457 aa  60.8  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0103  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 		 482 aa  60.8  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  24.32 
 
 		 460 aa  60.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  22.75 
 
 		 450 aa  60.5  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1725  Radical SAM domain protein  30.51 
 
 		 462 aa  60.1  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000123553  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0102  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 		 482 aa  59.7  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1246  radical SAM family protein  22.67 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0936067  normal  0.0177716 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1163  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 		 482 aa  58.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00933286  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 		 347 aa  59.3  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2425  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 		 434 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.200383  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2090  Radical SAM domain protein  26.47 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  20.98 
 
 		 439 aa  58.2  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2359  radical SAM domain-containing protein  22.59 
 
 		 450 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.288415  hitchhiker  0.00183234 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1545  Radical SAM domain protein  26.9 
 
 		 466 aa  57.8  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00659199  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0467  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.103489  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2185  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 465 aa  57.8  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000136766  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4047  Radical SAM domain protein  23.17 
 
 		 403 aa  57  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2395  Radical SAM domain protein  23.44 
 
 		 394 aa  57  0.0000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0142  Radical SAM domain protein  22.49 
 
 		 477 aa  57  0.0000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0177  hypothetical protein  26.16 
 
 		 471 aa  57  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 365 aa  56.6  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2157  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0231  radical SAM family protein  29.55 
 
 		 479 aa  55.8  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.721774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  24.45 
 
 		 391 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2456  radical SAM domain-containing protein  22.29 
 
 		 470 aa  56.2  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  23.53 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0884  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 		 510 aa  55.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.699879  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  26.07 
 
 		 438 aa  55.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 		 422 aa  55.1  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  21.6 
 
 		 368 aa  55.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00580  predicted Fe-S oxidoreductase  29.07 
 
 		 477 aa  55.1  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1457  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1502  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0399675  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 		 565 aa  55.5  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0165  radical SAM domain-containing protein  28.47 
 
 		 482 aa  55.5  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  24.84 
 
 		 445 aa  55.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0893  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 		 385 aa  55.5  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.22841  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16100  Radical SAM domain protein  26.8 
 
 		 462 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1962  radical SAM domain-containing protein  22.38 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  21.99 
 
 		 468 aa  54.7  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4137  Radical SAM domain protein  21.65 
 
 		 430 aa  54.7  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  32.33 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0580  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 		 389 aa  54.3  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.185035  normal  0.0438607 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1446  radical SAM domain-containing protein  29.11 
 
 		 443 aa  53.9  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0575  Radical SAM domain protein  32.5 
 
 		 434 aa  54.3  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2700  arylsulfatase regulator  22.77 
 
 		 380 aa  53.9  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00619293  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0069  Radical SAM domain protein  23.71 
 
 		 452 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000122492  hitchhiker  0.00745391 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  21.69 
 
 		 453 aa  53.5  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  34.93 
 
 		 360 aa  53.5  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 476 aa  53.5  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 450 aa  53.5  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  31.69 
 
 		 399 aa  53.1  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  23.2 
 
 		 405 aa  53.1  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1441  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 		 474 aa  53.1  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0694  Radical SAM domain protein  22.58 
 
 		 371 aa  52.4  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1017  Radical SAM domain protein  23.43 
 
 		 345 aa  52.4  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  31.94 
 
 		 397 aa  52.4  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1293  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 		 446 aa  52.8  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000719157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>