More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1372 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1372  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
356 aa  731    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.618298 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0383  radical SAM domain-containing protein  80.62 
 
 
380 aa  606  9.999999999999999e-173  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000167403  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0266  radical SAM domain-containing protein  79.27 
 
 
357 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1332  radical SAM domain-containing protein  77.37 
 
 
270 aa  418  1e-116  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.842138  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0093  radical SAM domain-containing protein  55.96 
 
 
356 aa  383  1e-105  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.488444  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0572  radical SAM domain-containing protein  48.19 
 
 
353 aa  347  1e-94  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0030  Radical SAM domain protein  48.19 
 
 
350 aa  346  3e-94  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0073  radical SAM domain-containing protein  49.17 
 
 
356 aa  335  5e-91  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1401  Radical SAM domain protein  41.67 
 
 
356 aa  300  2e-80  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0350  radical SAM domain-containing protein  32.53 
 
 
372 aa  199  9e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.763056  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0233  radical SAM domain-containing protein  33.51 
 
 
380 aa  196  7e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.576221 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1700  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 
372 aa  192  1e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.216048  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2880  radical SAM family protein  33.8 
 
 
383 aa  192  1e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0349  hypothetical protein  32.28 
 
 
367 aa  186  7e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.267481  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1334  hypothetical protein  78.02 
 
 
102 aa  149  8e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.419933  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3828  radical SAM family protein  27.09 
 
 
395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 
447 aa  90.9  3e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 
439 aa  84.3  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0417  radical SAM family protein  25.41 
 
 
457 aa  80.1  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 
461 aa  79.3  0.00000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 
453 aa  78.6  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  26.4 
 
 
476 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0479  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 
471 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  25.39 
 
 
491 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 
450 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 
447 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  23.51 
 
 
460 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  23.72 
 
 
450 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  25.86 
 
 
450 aa  72  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 
489 aa  72.4  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 
482 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  25.7 
 
 
457 aa  72  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0515  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
400 aa  71.2  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000107878  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
368 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1520  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 
351 aa  70.9  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2974  radical SAM family protein  27.98 
 
 
477 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
476 aa  68.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2370  Radical SAM domain protein  23.15 
 
 
462 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1704  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
485 aa  68.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.347799  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  34.62 
 
 
399 aa  68.6  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  24.28 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6677  radical SAM family protein  24.77 
 
 
470 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444981  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0679  Radical SAM domain protein  23.91 
 
 
462 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1267  radical SAM family protein  26.74 
 
 
473 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361932  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2423  radical SAM family protein  26.48 
 
 
473 aa  67.4  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000017109  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  25.9 
 
 
452 aa  66.2  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3461  radical SAM domain protein  25.6 
 
 
476 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.361209 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  24.55 
 
 
323 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  33.95 
 
 
382 aa  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 
453 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4137  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 
430 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2372  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 
463 aa  65.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.545422  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 
453 aa  64.3  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 
458 aa  64.3  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2677  radical SAM domain-containing protein  31.33 
 
 
464 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.773927  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2425  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 
434 aa  63.9  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.200383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2476  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 
476 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.187942  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  32.89 
 
 
397 aa  63.5  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2944  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 
476 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.388692  normal  0.122709 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1560  radical SAM family protein  24.86 
 
 
388 aa  63.2  0.000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101502  normal  0.842747 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2308  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 
476 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195773  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  30.68 
 
 
1005 aa  62.8  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  24.79 
 
 
368 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0694  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 
371 aa  62.4  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 
460 aa  62.8  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0069  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 
452 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000122492  hitchhiker  0.00745391 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0884  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 
510 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.699879  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  24.32 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  28.21 
 
 
422 aa  61.2  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 
468 aa  61.6  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  26.48 
 
 
347 aa  62  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2981  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 
477 aa  60.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0847138  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  26.19 
 
 
480 aa  60.5  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3029  radical SAM family protein  25 
 
 
484 aa  60.5  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0038885  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2198  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 
373 aa  60.5  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0314345  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0893  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 
385 aa  60.5  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.22841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  23.42 
 
 
487 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4047  Radical SAM domain protein  26.71 
 
 
403 aa  60.1  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 
393 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1837  Radical SAM domain protein  25.87 
 
 
518 aa  58.9  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.654863  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  24.14 
 
 
383 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.293501 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1786  radical SAM family protein  32.84 
 
 
461 aa  58.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00175459  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1441  Radical SAM domain protein  23.32 
 
 
474 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1017  Radical SAM domain protein  35.97 
 
 
345 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  31.37 
 
 
390 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  32 
 
 
390 aa  58.9  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  33.82 
 
 
325 aa  58.5  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 
396 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 
395 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0580  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 
389 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.185035  normal  0.0438607 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  28.57 
 
 
1000 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 
418 aa  58.5  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
393 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>