More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3541 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3541  ABC transporter related  100 
 
 		 260 aa  533  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0460  ABC transporter related  89.58 
 
 		 261 aa  484  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1158  ABC transporter related  87.98 
 
 		 261 aa  481  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0469  ABC transporter related  89.58 
 
 		 261 aa  483  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.304191 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3608  ABC transporter related  87.98 
 
 		 261 aa  478  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0603  ABC transporter related  87.31 
 
 		 260 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3435  ABC transporter-related protein  86.82 
 
 		 264 aa  467  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000808082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5007  ABC transporter related  86.49 
 
 		 261 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0786  ABC transporter-related protein  84.94 
 
 		 263 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.545872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3364  ABC transporter related  79.07 
 
 		 274 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0215  ABC transporter-related protein  76.86 
 
 		 313 aa  408  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0569  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  85.96 
 
 		 255 aa  409  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.383942  normal  0.0445823 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0250  ABC transporter related  75.38 
 
 		 260 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.830264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0261  ABC transporter related  74.9 
 
 		 306 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2724  ABC transporter related  71.81 
 
 		 277 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.407856 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2278  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  70.66 
 
 		 279 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0953  ABC transporter related  70.93 
 
 		 274 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.513158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0049  ABC transporter related  71.32 
 
 		 269 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643651 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2218  ABC transporter related  70.27 
 
 		 274 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0375  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livG  69.77 
 
 		 273 aa  380  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.529081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4010  ABC transporter related  69.38 
 
 		 272 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0114  ABC transporter related  69.38 
 
 		 272 aa  355  2.9999999999999997e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.95101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5038  ABC transporter related  65.74 
 
 		 286 aa  351  8.999999999999999e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0549  ABC transporter related  67.46 
 
 		 265 aa  350  8.999999999999999e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.505535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0622  ABC transporter related  61.35 
 
 		 269 aa  329  3e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.105631  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2423  ABC transporter related  60.56 
 
 		 269 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2767  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  63.2 
 
 		 277 aa  325  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0300535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2987  ABC transporter related  63.6 
 
 		 277 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.657234  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43540  ABC transporter, ATP binding component  60.77 
 
 		 260 aa  324  7e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0288454  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2990  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  62.55 
 
 		 264 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00578117  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0546  ABC transporter related  59.13 
 
 		 270 aa  319  3e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_809  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  54.17 
 
 		 276 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4571  ABC transporter related  58.23 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1570  ABC transporter related  58.06 
 
 		 275 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.269529 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0822  ABC transporter related  54.02 
 
 		 276 aa  301  5.000000000000001e-81  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1561  ABC transporter related  58.06 
 
 		 282 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5714  putative high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  58.33 
 
 		 273 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  0.906173 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3137  ABC transporter-related protein  59.92 
 
 		 265 aa  300  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.489025 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1860  ABC transporter related  57.77 
 
 		 280 aa  300  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.400828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000404  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  58.4 
 
 		 266 aa  300  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.428911  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0938  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.65 
 
 		 270 aa  299  3e-80  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0956002  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2611  ABC transporter-related protein  59.13 
 
 		 265 aa  298  8e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1598  ABC transporter related protein  60.24 
 
 		 260 aa  297  1e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3417  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  58 
 
 		 269 aa  296  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0296  ABC transporter related  57.43 
 
 		 269 aa  296  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0141833  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1831  ABC transporter related  58.4 
 
 		 269 aa  291  6e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43780  ABC transporter, LivG family  59.22 
 
 		 262 aa  290  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430374  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4175  ABC transporter related  55.56 
 
 		 276 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2309  ABC transporter related  57.03 
 
 		 269 aa  290  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0078002 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0401  ABC transporter related  54.37 
 
 		 277 aa  284  8e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3842  ABC transporter related  55.12 
 
 		 289 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000140209  normal  0.918006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4062  ABC transporter related  51.98 
 
 		 289 aa  278  5e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5146  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  54.3 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156661  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0032  ABC transporter related  52.78 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2748  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  55.91 
 
 		 266 aa  275  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.916728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3510  ABC transporter component  54.4 
 
 		 274 aa  275  4e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.850532  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3005  ABC transporter related  56.52 
 
 		 256 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2281  ABC transporter related  53.41 
 
 		 264 aa  271  6e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2360  ABC transporter related  52.69 
 
 		 278 aa  270  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.547386 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3491  ABC transporter related  50.78 
 
 		 256 aa  270  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.411905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0135  ABC transporter-like protein  53.78 
 
 		 255 aa  268  5.9999999999999995e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3799  ABC transporter related  50.78 
 
 		 256 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.718599 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6107  ABC transporter related  47.64 
 
 		 261 aa  266  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.319085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1542  ABC transporter related protein  51.39 
 
 		 255 aa  264  8.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000371483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7156  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  48.46 
 
 		 264 aa  262  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2544  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50 
 
 		 256 aa  259  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.234113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4298  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.81 
 
 		 305 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  hitchhiker  0.00350718 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3008  ABC transporter-related protein  53.78 
 
 		 275 aa  256  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00336682  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5286  ABC transporter related  49.61 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3873  ABC transporter related  50.78 
 
 		 256 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0725392 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0407  ABC transporter-like protein  47.6 
 
 		 273 aa  248  9e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0759  ABC transporter related protein  46.99 
 
 		 268 aa  247  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3163  ABC transporter related protein  46.37 
 
 		 292 aa  246  2e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3030  ABC transporter related protein  46.59 
 
 		 274 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.096709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1425  ABC transporter related  44.31 
 
 		 253 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.715565  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1438  ABC transporter related  49.8 
 
 		 310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.409389  hitchhiker  0.00000418659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0289  ABC transporter related  44.79 
 
 		 612 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92204  normal  0.8343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3832  ABC transporter related protein  46.8 
 
 		 285 aa  243  3e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2376  ABC transporter-like protein  46.3 
 
 		 251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4938  ABC transporter related  43.35 
 
 		 275 aa  241  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.584937  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4818  ABC transporter related  45.6 
 
 		 274 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2442  ABC transporter related protein  44.58 
 
 		 250 aa  235  4e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4097  ABC transporter related  45.88 
 
 		 292 aa  235  6e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1001  ABC transporter related  48.19 
 
 		 268 aa  235  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5999  ABC transporter related protein  45.2 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.357239  normal  0.0205889 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1465  ABC transporter-like protein  45.16 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  42.91 
 
 		 270 aa  231  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.43 
 
 		 256 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.77 
 
 		 255 aa  230  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2103  ABC transporter related  44.66 
 
 		 257 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.77 
 
 		 255 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  43.03 
 
 		 270 aa  229  3e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.9 
 
 		 255 aa  228  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  43.6 
 
 		 271 aa  228  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1385  ABC transporter related  42.23 
 
 		 256 aa  228  9e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  40.16 
 
 		 254 aa  228  9e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  44.44 
 
 		 257 aa  226  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1290  ABC transporter related  43.87 
 
 		 257 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3501  ABC transporter related  43.31 
 
 		 282 aa  226  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.111605  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3555  ABC transporter related  42.8 
 
 		 265 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.520716  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>