More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1001 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1001  ABC transporter related  100 
 
 		 268 aa  540  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4818  ABC transporter related  71.03 
 
 		 274 aa  358  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3555  ABC transporter related  58.11 
 
 		 265 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.520716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1744  ABC transporter related  57.36 
 
 		 265 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0853683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7076  high-affinity branched-chain amino acid transport protein  58.11 
 
 		 265 aa  306  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4240  ABC transporter related  56.69 
 
 		 266 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0356  ABC transporter related  57.2 
 
 		 290 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0671  ABC transporter related  51.59 
 
 		 252 aa  261  1e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0759  ABC transporter related protein  52.57 
 
 		 268 aa  259  4e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3163  ABC transporter related protein  52.19 
 
 		 292 aa  256  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3435  ABC transporter-related protein  48.61 
 
 		 264 aa  255  5e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000808082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5536  ABC transporter related  48.05 
 
 		 258 aa  253  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  49.39 
 
 		 268 aa  253  3e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1158  ABC transporter related  49.4 
 
 		 261 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5007  ABC transporter related  48.59 
 
 		 261 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  47.69 
 
 		 271 aa  251  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0603  ABC transporter related  47.79 
 
 		 260 aa  251  6e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0469  ABC transporter related  48.61 
 
 		 261 aa  251  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.304191 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4938  ABC transporter related  47.62 
 
 		 275 aa  250  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.584937  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0460  ABC transporter related  48.61 
 
 		 261 aa  250  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2954  ABC transporter related  50 
 
 		 280 aa  249  4e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.824965  normal  0.161436 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4010  ABC transporter related  47.79 
 
 		 272 aa  247  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1472  ABC transporter-like protein  51.59 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.723691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4062  ABC transporter related  48.47 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0786  ABC transporter-related protein  48.59 
 
 		 263 aa  246  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.545872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3832  ABC transporter related protein  49.41 
 
 		 285 aa  246  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4072  ABC transporter related  52 
 
 		 261 aa  244  8e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3541  ABC transporter related  48.19 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0049  ABC transporter related  46.64 
 
 		 269 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643651 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2990  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.4 
 
 		 264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00578117  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1860  ABC transporter related  46.56 
 
 		 280 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.400828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2724  ABC transporter related  48.61 
 
 		 277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.407856 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3608  ABC transporter related  46.61 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0289  ABC transporter related  50.39 
 
 		 612 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92204  normal  0.8343 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4097  ABC transporter related  48.51 
 
 		 292 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1465  ABC transporter-like protein  51.2 
 
 		 291 aa  243  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43540  ABC transporter, ATP binding component  49.61 
 
 		 260 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0288454  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  46.03 
 
 		 270 aa  242  3.9999999999999997e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.64 
 
 		 255 aa  242  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  49 
 
 		 276 aa  241  6e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3032  ABC transporter related  49.02 
 
 		 275 aa  241  7.999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.178784  normal  0.334419 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3017  ABC transporter related  49.02 
 
 		 275 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.289222  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3063  ABC transporter related  49.02 
 
 		 275 aa  241  9e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  0.542546 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0549  ABC transporter related  48.47 
 
 		 265 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.505535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.06 
 
 		 255 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3571  ABC transporter related  48.03 
 
 		 283 aa  240  2e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0233348 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.06 
 
 		 255 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0114  ABC transporter related  47.41 
 
 		 272 aa  240  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.95101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  46.61 
 
 		 265 aa  240  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2844  ABC transporter-related protein  48.05 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2218  ABC transporter related  46.22 
 
 		 274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  47.62 
 
 		 259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3364  ABC transporter related  46.18 
 
 		 274 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0375  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livG  45.1 
 
 		 273 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.529081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0953  ABC transporter related  45.82 
 
 		 274 aa  238  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.513158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3501  ABC transporter related  46.92 
 
 		 282 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.111605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1864  ABC transporter related  47.22 
 
 		 251 aa  238  5.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2278  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  45.82 
 
 		 279 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3533  ABC transporter related  45.02 
 
 		 252 aa  238  6.999999999999999e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.594682  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3771  ABC transporter related protein  50.97 
 
 		 294 aa  238  6.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.417118  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.21 
 
 		 256 aa  238  8e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3842  ABC transporter related  49.42 
 
 		 289 aa  238  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000140209  normal  0.918006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0622  ABC transporter related  45.98 
 
 		 269 aa  238  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.105631  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.41 
 
 		 256 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1481  ABC transporter related  49.21 
 
 		 259 aa  236  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0032  ABC transporter related  49.41 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1674  ABC transporter related  48.4 
 
 		 251 aa  236  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3030  ABC transporter related protein  48.22 
 
 		 274 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.096709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4571  ABC transporter related  47.62 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3057  ABC transporter related  49.4 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0799758  hitchhiker  0.0000824418 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  45.63 
 
 		 264 aa  236  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  46.8 
 
 		 271 aa  236  4e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.01 
 
 		 256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3170  ABC transporter related  46.69 
 
 		 256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  44.31 
 
 		 262 aa  235  5.0000000000000005e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2495  ABC transporter related protein  49.6 
 
 		 271 aa  235  7e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.503368  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2423  ABC transporter related  47.58 
 
 		 269 aa  235  7e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  234  8e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2360  ABC transporter related  49.03 
 
 		 278 aa  234  8e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.547386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1561  ABC transporter related  47.22 
 
 		 282 aa  234  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2127  ABC transporter related  48.8 
 
 		 250 aa  234  8e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1570  ABC transporter related  47.22 
 
 		 275 aa  234  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.269529 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.22 
 
 		 256 aa  234  9e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0250  ABC transporter related  44.98 
 
 		 260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.830264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3374  ABC transporter related  45.02 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0215  ABC transporter-related protein  46.61 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.41 
 
 		 256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2251  ABC transporter related  48 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0261  ABC transporter related  45.49 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.67 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3008  ABC transporter-related protein  47.47 
 
 		 275 aa  232  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00336682  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.28 
 
 		 255 aa  233  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.199683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>