More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4279 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  98.82 
 
 
255 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  99.22 
 
 
255 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  98.04 
 
 
255 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  88.63 
 
 
255 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  85.49 
 
 
255 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  85.1 
 
 
255 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  86.27 
 
 
255 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  86.27 
 
 
255 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  81.96 
 
 
255 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  75.69 
 
 
255 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  384  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  384  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  384  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  384  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.8 
 
 
255 aa  377  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  69.96 
 
 
256 aa  377  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  71.26 
 
 
256 aa  378  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  68.9 
 
 
256 aa  374  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  69.02 
 
 
255 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  68.5 
 
 
256 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  66.93 
 
 
251 aa  368  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0247  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70 
 
 
255 aa  356  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3971  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70 
 
 
255 aa  355  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.61537  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.95 
 
 
257 aa  345  5e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0775  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  61.75 
 
 
257 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2141  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  61.75 
 
 
257 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558111  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.55 
 
 
257 aa  342  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1836  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.96 
 
 
257 aa  342  4e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  61.75 
 
 
257 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.55 
 
 
257 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.55 
 
 
257 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.55 
 
 
257 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.15 
 
 
257 aa  340  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.15 
 
 
257 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  62.15 
 
 
261 aa  340  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  63.14 
 
 
255 aa  336  1.9999999999999998e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  63.14 
 
 
255 aa  336  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.63 
 
 
255 aa  335  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  61.18 
 
 
255 aa  335  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  59.68 
 
 
263 aa  329  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5635  ABC transporter ATP-binding protein  54.06 
 
 
290 aa  304  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64870  ABC transporter ATP-binding protein  53.71 
 
 
290 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00483294  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4656  ABC transporter related  54.23 
 
 
291 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000169542  decreased coverage  0.0012256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4742  ABC transporter related  54.12 
 
 
291 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113438  hitchhiker  0.000000142974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0555  ABC transporter-like  55.12 
 
 
290 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0226629  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4864  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  53.76 
 
 
291 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.038831  hitchhiker  0.00000571086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4920  ABC transporter related  53.76 
 
 
291 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000108293  decreased coverage  0.000000000000110275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2494  ABC transporter related  53 
 
 
291 aa  293  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.106819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0730  ABC transporter related  53.17 
 
 
293 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3200  ABC transporter-related protein  53.71 
 
 
291 aa  293  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26100  ABC-transporter ATP-binding protein  53.93 
 
 
291 aa  293  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559964  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0600  ABC transporter  51.76 
 
 
291 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.626687  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4916  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.41 
 
 
291 aa  288  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0489  ABC transporter related  50.71 
 
 
287 aa  282  3.0000000000000004e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0363461  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.33 
 
 
446 aa  278  7e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.33 
 
 
440 aa  278  9e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4332  ABC transporter related  54.02 
 
 
278 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.02881  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  51.94 
 
 
453 aa  275  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0566  ABC transporter related  52.69 
 
 
277 aa  275  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3683  ABC transporter related  53.1 
 
 
279 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0539124  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1620  ABC transporter related  52.71 
 
 
278 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105573  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1749  ABC transporter component  51.15 
 
 
314 aa  269  4e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.351148  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5325  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52.49 
 
 
277 aa  269  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  52.4 
 
 
264 aa  268  5e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  50.79 
 
 
270 aa  268  5.9999999999999995e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  51.6 
 
 
265 aa  266  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2211  ABC transporter, ATPase subunit  51.55 
 
 
278 aa  266  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1777  ABC transporter related  51.74 
 
 
279 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3902  ABC transporter related  48.93 
 
 
308 aa  265  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2251  ABC transporter related  51.16 
 
 
296 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.876454  normal  0.416828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1745  ABC transporter related  51.34 
 
 
285 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3325  ABC transporter related  49.29 
 
 
354 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.268059  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3206  ABC transporter related  50.2 
 
 
255 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204307  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  50.79 
 
 
268 aa  261  6.999999999999999e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  49.2 
 
 
259 aa  260  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2613  ABC transporter related  52.71 
 
 
278 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2932  ABC transporter related  48.59 
 
 
263 aa  259  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2103  ABC transporter related  49.8 
 
 
257 aa  258  9e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2395  ABC transporter related  50.39 
 
 
295 aa  258  9e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00705338 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2495  ABC transporter related protein  53.44 
 
 
271 aa  257  1e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.503368  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3533  ABC transporter related  49.6 
 
 
252 aa  257  1e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.594682  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3170  ABC transporter related  49.41 
 
 
256 aa  256  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0761  ABC transporter-related protein  48.22 
 
 
258 aa  256  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105936 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  50 
 
 
261 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2710  ABC transporter related  49 
 
 
260 aa  256  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.868345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3362  ABC transporter related  49 
 
 
260 aa  256  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.557965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1290  ABC transporter related  49.4 
 
 
257 aa  255  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  49.6 
 
 
276 aa  256  4e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3794  ABC transporter related  48.62 
 
 
255 aa  255  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>