More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0555 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0555  ABC transporter-like  100 
 
 
290 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0226629  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4916  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  87.89 
 
 
291 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0600  ABC transporter  87.2 
 
 
291 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.626687  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4656  ABC transporter related  88.54 
 
 
291 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000169542  decreased coverage  0.0012256 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4864  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  87.5 
 
 
291 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.038831  hitchhiker  0.00000571086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4920  ABC transporter related  87.5 
 
 
291 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000108293  decreased coverage  0.000000000000110275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4742  ABC transporter related  87.5 
 
 
291 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113438  hitchhiker  0.000000142974 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64870  ABC transporter ATP-binding protein  79.58 
 
 
290 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00483294  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5635  ABC transporter ATP-binding protein  79.58 
 
 
290 aa  481  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2494  ABC transporter related  76.12 
 
 
291 aa  467  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.106819  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26100  ABC-transporter ATP-binding protein  76.84 
 
 
291 aa  465  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559964  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0730  ABC transporter related  76.04 
 
 
293 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3200  ABC transporter-related protein  74.05 
 
 
291 aa  451  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0489  ABC transporter related  59.72 
 
 
287 aa  356  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0363461  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.77 
 
 
255 aa  309  4e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  55.12 
 
 
255 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.77 
 
 
255 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.77 
 
 
255 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  54.77 
 
 
255 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53.71 
 
 
255 aa  299  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  52.3 
 
 
255 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  52.3 
 
 
255 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3325  ABC transporter related  52.63 
 
 
354 aa  293  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.268059  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.3 
 
 
255 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  53 
 
 
255 aa  292  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  51.24 
 
 
255 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  47.44 
 
 
446 aa  284  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  47.44 
 
 
440 aa  283  2.0000000000000002e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  48.78 
 
 
453 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3513  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  48.8 
 
 
292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2251  ABC transporter related  52.3 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.876454  normal  0.416828 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  51.06 
 
 
256 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.71 
 
 
256 aa  279  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.13 
 
 
255 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.13 
 
 
255 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.13 
 
 
255 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.13 
 
 
255 aa  278  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.13 
 
 
255 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
255 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3070  ABC transporter related  49.12 
 
 
291 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.54 
 
 
255 aa  276  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
255 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3326  ABC transporter related  48.94 
 
 
291 aa  275  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.407703 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3902  ABC transporter related  50.17 
 
 
308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
255 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2395  ABC transporter related  48.96 
 
 
295 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00705338 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50.53 
 
 
255 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
261 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
257 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1836  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
257 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2141  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
257 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558111  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0775  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
257 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1749  ABC transporter component  50.53 
 
 
314 aa  271  9e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.351148  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.28 
 
 
255 aa  271  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.06 
 
 
255 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1745  ABC transporter related  51.23 
 
 
285 aa  270  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.96 
 
 
256 aa  268  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5325  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.69 
 
 
277 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.47 
 
 
257 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.12 
 
 
257 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3683  ABC transporter related  50 
 
 
279 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0539124  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.59 
 
 
263 aa  265  8e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2211  ABC transporter, ATPase subunit  48.25 
 
 
278 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.4 
 
 
257 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.75 
 
 
251 aa  264  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5394  ABC transporter related protein  49.83 
 
 
295 aa  263  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.102322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1620  ABC transporter related  47.57 
 
 
278 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105573  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0247  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
255 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3971  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  50 
 
 
255 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.61537  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.4 
 
 
257 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.4 
 
 
257 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.4 
 
 
257 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.69 
 
 
257 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2613  ABC transporter related  49.3 
 
 
278 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2083  ABC transporter related  47.14 
 
 
306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4332  ABC transporter related  48.94 
 
 
278 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.02881  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1777  ABC transporter related  48.42 
 
 
279 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5435  ABC transporter related  50.18 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0566  ABC transporter related  47.08 
 
 
277 aa  251  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  44.68 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2309  ABC transporter related protein  46.64 
 
 
271 aa  244  1.9999999999999999e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.937555  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  44.68 
 
 
262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  44.8 
 
 
270 aa  237  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  47.52 
 
 
268 aa  236  3e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  45.96 
 
 
271 aa  236  4e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  43.06 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4392  ABC transporter-related protein  45.36 
 
 
270 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4413  ABC transporter related  45.36 
 
 
270 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4258  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  45.36 
 
 
270 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.805071  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3206  ABC transporter related  43.31 
 
 
255 aa  230  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.204307  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3170  ABC transporter related  43.11 
 
 
256 aa  230  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>