More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2083 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2083  ABC transporter related  100 
 
 
306 aa  610  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3325  ABC transporter related  59.53 
 
 
354 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.268059  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3513  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  57.29 
 
 
292 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3902  ABC transporter related  57.93 
 
 
308 aa  330  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  56.16 
 
 
440 aa  328  5.0000000000000004e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  56.16 
 
 
446 aa  328  5.0000000000000004e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3683  ABC transporter related  58.82 
 
 
279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0539124  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2395  ABC transporter related  57.19 
 
 
295 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00705338 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1777  ABC transporter related  58.22 
 
 
279 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1620  ABC transporter related  58.19 
 
 
278 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105573  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1749  ABC transporter component  57.19 
 
 
314 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.351148  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2251  ABC transporter related  58.13 
 
 
296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.876454  normal  0.416828 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  54.98 
 
 
453 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2211  ABC transporter, ATPase subunit  57.33 
 
 
278 aa  317  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3070  ABC transporter related  56.25 
 
 
291 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3326  ABC transporter related  56.6 
 
 
291 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.407703 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4332  ABC transporter related  59.38 
 
 
278 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.02881  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5325  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  56.51 
 
 
277 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1745  ABC transporter related  56.94 
 
 
285 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5435  ABC transporter related  57.29 
 
 
285 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2613  ABC transporter related  57.33 
 
 
278 aa  301  9e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5394  ABC transporter related protein  60.27 
 
 
295 aa  297  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.102322 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0566  ABC transporter related  52.53 
 
 
277 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0489  ABC transporter related  53.67 
 
 
287 aa  280  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0363461  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4742  ABC transporter related  48.82 
 
 
291 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113438  hitchhiker  0.000000142974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4864  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  48.48 
 
 
291 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.038831  hitchhiker  0.00000571086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4656  ABC transporter related  48.15 
 
 
291 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000169542  decreased coverage  0.0012256 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4920  ABC transporter related  48.48 
 
 
291 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000108293  decreased coverage  0.000000000000110275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2494  ABC transporter related  47.74 
 
 
291 aa  263  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.106819  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64870  ABC transporter ATP-binding protein  47.32 
 
 
290 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00483294  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0730  ABC transporter related  45.7 
 
 
293 aa  259  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26100  ABC-transporter ATP-binding protein  49.84 
 
 
291 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559964  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0555  ABC transporter-like  47.14 
 
 
290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0226629  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5635  ABC transporter ATP-binding protein  47.65 
 
 
290 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.46 
 
 
255 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3200  ABC transporter-related protein  46.78 
 
 
291 aa  255  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.61 
 
 
255 aa  255  8e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4916  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  47.84 
 
 
291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.71 
 
 
255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.71 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.79 
 
 
255 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.12 
 
 
255 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.24 
 
 
255 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.12 
 
 
255 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.6 
 
 
255 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.12 
 
 
255 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0600  ABC transporter  47.37 
 
 
291 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.626687  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  49.66 
 
 
257 aa  250  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.92 
 
 
256 aa  249  4e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.26 
 
 
256 aa  249  5e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0247  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.77 
 
 
255 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3971  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.77 
 
 
255 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.61537  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.22 
 
 
256 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  47.24 
 
 
255 aa  249  6e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.57 
 
 
256 aa  249  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.26 
 
 
255 aa  248  8e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.24 
 
 
255 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.26 
 
 
255 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.62 
 
 
257 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
255 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
255 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
255 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
255 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
255 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.24 
 
 
261 aa  246  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1836  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.74 
 
 
257 aa  245  6e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.97 
 
 
257 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.97 
 
 
257 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.97 
 
 
257 aa  245  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2141  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.74 
 
 
257 aa  245  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558111  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0775  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.74 
 
 
257 aa  245  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.28 
 
 
257 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.62 
 
 
257 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.05 
 
 
255 aa  244  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.199683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.59 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.17 
 
 
255 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.74 
 
 
257 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.97 
 
 
255 aa  242  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.58 
 
 
263 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.98 
 
 
255 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1607  ABC transporter related  41.69 
 
 
284 aa  231  8.000000000000001e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.714039  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1673  ABC transporter related  42.67 
 
 
284 aa  231  9e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  47.02 
 
 
276 aa  231  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0609  ATPase  43.1 
 
 
261 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  42.57 
 
 
270 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5536  ABC transporter related  44.63 
 
 
258 aa  225  6e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3571  ABC transporter related  46.26 
 
 
283 aa  224  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0233348 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0268  ABC transporter related  41.24 
 
 
265 aa  221  9.999999999999999e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00395976  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  44.41 
 
 
261 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2844  ABC transporter-related protein  44.52 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.191148  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2394  ABC transporter related  41.89 
 
 
262 aa  220  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  43.39 
 
 
271 aa  219  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>