More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0049 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0049  ABC transporter related  100 
 
 
269 aa  547  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.643651 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0953  ABC transporter related  85.06 
 
 
274 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.513158  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0375  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livG  85.17 
 
 
273 aa  462  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.529081  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2218  ABC transporter related  85.82 
 
 
274 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2278  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  85.06 
 
 
279 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4010  ABC transporter related  83.21 
 
 
272 aa  447  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0114  ABC transporter related  85.45 
 
 
272 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.95101  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3364  ABC transporter related  73.03 
 
 
274 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0250  ABC transporter related  74.03 
 
 
260 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.830264  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0215  ABC transporter-related protein  73.64 
 
 
313 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3435  ABC transporter-related protein  72.87 
 
 
264 aa  395  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000808082 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0261  ABC transporter related  72.09 
 
 
306 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0460  ABC transporter related  72.09 
 
 
261 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0603  ABC transporter related  71.32 
 
 
260 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15363  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2724  ABC transporter related  70.3 
 
 
277 aa  388  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.407856 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0469  ABC transporter related  72.09 
 
 
261 aa  390  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.304191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3541  ABC transporter related  71.32 
 
 
260 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5007  ABC transporter related  72.48 
 
 
261 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3608  ABC transporter related  70.93 
 
 
261 aa  385  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1158  ABC transporter related  70.54 
 
 
261 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0786  ABC transporter-related protein  68.82 
 
 
263 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.545872  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0569  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  73.8 
 
 
255 aa  341  9e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.383942  normal  0.0445823 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5038  ABC transporter related  65.86 
 
 
286 aa  338  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0622  ABC transporter related  63.35 
 
 
269 aa  330  2e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.105631  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0549  ABC transporter related  65.22 
 
 
265 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.505535  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2423  ABC transporter related  62.55 
 
 
269 aa  324  7e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0546  ABC transporter related  60.71 
 
 
270 aa  320  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1570  ABC transporter related  59.27 
 
 
275 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.269529 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1561  ABC transporter related  59.27 
 
 
282 aa  314  8e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43540  ABC transporter, ATP binding component  63.24 
 
 
260 aa  314  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0288454  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4571  ABC transporter related  57.98 
 
 
296 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2767  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  62.55 
 
 
277 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0300535  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2987  ABC transporter related  62.95 
 
 
277 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.657234  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2990  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  61.9 
 
 
264 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00578117  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1860  ABC transporter related  58.96 
 
 
280 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.400828  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5714  putative high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  57.14 
 
 
273 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  0.906173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4175  ABC transporter related  56.75 
 
 
276 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1598  ABC transporter related protein  62.25 
 
 
260 aa  298  5e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000404  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  57.6 
 
 
266 aa  298  6e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.428911  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3137  ABC transporter-related protein  56.92 
 
 
265 aa  296  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.489025 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0401  ABC transporter related  56.4 
 
 
277 aa  295  4e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1831  ABC transporter related  55.91 
 
 
269 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0296  ABC transporter related  56.22 
 
 
269 aa  292  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0141833  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0822  ABC transporter related  52.38 
 
 
276 aa  292  5e-78  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2611  ABC transporter-related protein  55.73 
 
 
265 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3417  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  54.98 
 
 
269 aa  289  4e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2309  ABC transporter related  56.63 
 
 
269 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0078002 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5146  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  55.56 
 
 
296 aa  288  8e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156661  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_809  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  52.65 
 
 
276 aa  286  2e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4062  ABC transporter related  54.26 
 
 
289 aa  285  7e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43780  ABC transporter, LivG family  57.25 
 
 
262 aa  282  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430374  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0938  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.89 
 
 
270 aa  281  7.000000000000001e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0956002  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0032  ABC transporter related  55.78 
 
 
294 aa  278  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2748  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  56.3 
 
 
266 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.916728  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3510  ABC transporter component  54.4 
 
 
274 aa  276  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.850532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3842  ABC transporter related  56.75 
 
 
289 aa  276  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000140209  normal  0.918006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3005  ABC transporter related  55.91 
 
 
256 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448839  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2360  ABC transporter related  54.51 
 
 
278 aa  274  9e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.547386 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0135  ABC transporter-like protein  55.38 
 
 
255 aa  274  1.0000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1542  ABC transporter related protein  53.78 
 
 
255 aa  272  4.0000000000000004e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000371483  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5286  ABC transporter related  50.94 
 
 
283 aa  271  7e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3491  ABC transporter related  51.56 
 
 
256 aa  271  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.411905  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3799  ABC transporter related  51.56 
 
 
256 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.718599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2544  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.19 
 
 
256 aa  269  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.234113 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6107  ABC transporter related  49.41 
 
 
261 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.319085  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4298  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.17 
 
 
305 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  hitchhiker  0.00350718 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7156  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (branched chain amino acid)  48.41 
 
 
264 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3832  ABC transporter related protein  50.4 
 
 
285 aa  260  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4097  ABC transporter related  48.25 
 
 
292 aa  257  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3008  ABC transporter-related protein  52.57 
 
 
275 aa  256  3e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00336682  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3873  ABC transporter related  51.95 
 
 
256 aa  256  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0725392 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2281  ABC transporter related  53.01 
 
 
264 aa  255  5e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4938  ABC transporter related  46.3 
 
 
275 aa  255  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.584937  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3030  ABC transporter related protein  47.55 
 
 
274 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.096709  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3163  ABC transporter related protein  49.6 
 
 
292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0375758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0759  ABC transporter related protein  49.2 
 
 
268 aa  253  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1425  ABC transporter related  47.33 
 
 
253 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.715565  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  49.01 
 
 
271 aa  248  7e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3501  ABC transporter related  47.43 
 
 
282 aa  248  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.111605  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0407  ABC transporter-like protein  48.8 
 
 
273 aa  243  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1465  ABC transporter-like protein  46.75 
 
 
291 aa  241  1e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1068  ABC transporter related  47.31 
 
 
273 aa  238  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.711539  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0935  ABC transporter related  44.18 
 
 
259 aa  237  1e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000526687  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1472  ABC transporter-like protein  49.6 
 
 
261 aa  236  3e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.723691  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4818  ABC transporter related  45.78 
 
 
274 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177699  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2376  ABC transporter-like protein  45.59 
 
 
251 aa  235  6e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5536  ABC transporter related  46.67 
 
 
258 aa  234  8e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1744  ABC transporter related  44.49 
 
 
265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0853683 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1001  ABC transporter related  46.64 
 
 
268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1114  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.6 
 
 
256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1723  ABC transporter related  45.45 
 
 
256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  44.18 
 
 
264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  44.58 
 
 
265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1607  ABC transporter related  43.28 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.714039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1438  ABC transporter related  47.66 
 
 
310 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.409389  hitchhiker  0.00000418659 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  45.38 
 
 
276 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.83 
 
 
255 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.83 
 
 
255 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  44.58 
 
 
270 aa  231  9e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1673  ABC transporter related  42.91 
 
 
284 aa  230  1e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>