More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4938 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4938  ABC transporter related  100 
 
 
275 aa  560  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.584937  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3501  ABC transporter related  80.3 
 
 
282 aa  437  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.111605  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4097  ABC transporter related  74.52 
 
 
292 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1425  ABC transporter related  60.48 
 
 
253 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.715565  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2218  ABC transporter related  47.1 
 
 
274 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0049  ABC transporter related  46.3 
 
 
269 aa  255  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.643651 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2278  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  46.72 
 
 
279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0953  ABC transporter related  46.72 
 
 
274 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.513158  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4571  ABC transporter related  48.45 
 
 
296 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0622  ABC transporter related  49.8 
 
 
269 aa  251  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.105631  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1561  ABC transporter related  48.06 
 
 
282 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1570  ABC transporter related  48.06 
 
 
275 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.269529 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0375  high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein livG  45.17 
 
 
273 aa  246  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.529081  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4010  ABC transporter related  46.33 
 
 
272 aa  246  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3008  ABC transporter-related protein  48.67 
 
 
275 aa  246  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00336682  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0546  ABC transporter related  49.21 
 
 
270 aa  244  8e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1744  ABC transporter related  45.08 
 
 
265 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0853683 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2423  ABC transporter related  48.39 
 
 
269 aa  244  9.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3842  ABC transporter related  48.53 
 
 
289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000140209  normal  0.918006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3555  ABC transporter related  46.3 
 
 
265 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.520716  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0469  ABC transporter related  43.94 
 
 
261 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.304191 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4175  ABC transporter related  47.15 
 
 
276 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2309  ABC transporter related  45.59 
 
 
269 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0078002 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3541  ABC transporter related  43.35 
 
 
260 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.88 
 
 
257 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0114  ABC transporter related  45.56 
 
 
272 aa  241  9e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.95101  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1860  ABC transporter related  46.9 
 
 
280 aa  241  9e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.400828  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0250  ABC transporter related  43.13 
 
 
260 aa  240  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.830264  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0296  ABC transporter related  46.12 
 
 
269 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0141833  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0460  ABC transporter related  43.56 
 
 
261 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5714  putative high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.95 
 
 
273 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  0.906173 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.88 
 
 
257 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0401  ABC transporter related  46.15 
 
 
277 aa  239  5e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000404  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  45.56 
 
 
266 aa  238  6.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.428911  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2360  ABC transporter related  48.16 
 
 
278 aa  238  8e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.547386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3364  ABC transporter related  42.86 
 
 
274 aa  238  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2737  ABC transporter related  44.83 
 
 
268 aa  236  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4818  ABC transporter related  48.28 
 
 
274 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.177699  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1001  ABC transporter related  47.76 
 
 
268 aa  236  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4240  ABC transporter related  44.57 
 
 
266 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  42.32 
 
 
264 aa  236  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0215  ABC transporter-related protein  44.62 
 
 
313 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7076  high-affinity branched-chain amino acid transport protein  45.25 
 
 
265 aa  235  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0759  ABC transporter related protein  46.13 
 
 
268 aa  235  6e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3435  ABC transporter-related protein  43.19 
 
 
264 aa  235  6e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000808082 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.1 
 
 
257 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2611  ABC transporter-related protein  45.76 
 
 
265 aa  234  8e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.46 
 
 
261 aa  234  8e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0261  ABC transporter related  43.85 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  43.19 
 
 
261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1158  ABC transporter related  42.41 
 
 
261 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.1 
 
 
257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1723  ABC transporter related  43.58 
 
 
256 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  43.7 
 
 
265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0775  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.33 
 
 
257 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2141  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.33 
 
 
257 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558111  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3137  ABC transporter-related protein  44.65 
 
 
265 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.489025 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.33 
 
 
257 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0356  ABC transporter related  45.91 
 
 
290 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1836  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.95 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5286  ABC transporter related  43.89 
 
 
283 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  45.31 
 
 
271 aa  233  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0483  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, ATPase component  41.63 
 
 
261 aa  232  5e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  42.13 
 
 
254 aa  232  5e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1598  ABC transporter related protein  48.43 
 
 
260 aa  231  7.000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2724  ABC transporter related  43.75 
 
 
277 aa  231  8.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.407856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0032  ABC transporter related  47.17 
 
 
294 aa  231  8.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  44.62 
 
 
276 aa  231  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.72 
 
 
257 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4062  ABC transporter related  45.35 
 
 
289 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.72 
 
 
257 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.72 
 
 
257 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3417  putative branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.73 
 
 
269 aa  230  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.56 
 
 
263 aa  230  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1831  ABC transporter related  44.92 
 
 
269 aa  229  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3608  ABC transporter related  40.61 
 
 
261 aa  229  5e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  44.57 
 
 
270 aa  229  5e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.36 
 
 
255 aa  228  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.36 
 
 
255 aa  228  7e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1579  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.13 
 
 
254 aa  227  1e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5007  ABC transporter related  42.19 
 
 
261 aa  227  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0588  ABC transporter related protein  43.36 
 
 
255 aa  226  2e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1472  ABC transporter-like protein  45.11 
 
 
261 aa  227  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.723691  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0344  ABC transporter related  45.17 
 
 
336 aa  226  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.952475  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  43.18 
 
 
271 aa  225  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1085  ABC transporter related  42.75 
 
 
277 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0894019  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2394  ABC transporter related  43.31 
 
 
262 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0603  ABC transporter related  40.3 
 
 
260 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15363  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2495  ABC transporter related protein  46.03 
 
 
271 aa  225  8e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.503368  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.58 
 
 
255 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1385  ABC transporter related  40.47 
 
 
256 aa  224  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  40.55 
 
 
262 aa  224  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5038  ABC transporter related  44.09 
 
 
286 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0609  ATPase  43.14 
 
 
261 aa  223  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.49 
 
 
255 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2237  ABC transporter related  42.52 
 
 
255 aa  223  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.945618  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0786  ABC transporter-related protein  40.61 
 
 
263 aa  222  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.545872  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  43.14 
 
 
257 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5536  ABC transporter related  42.21 
 
 
258 aa  222  4.9999999999999996e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2251  ABC transporter related  45.17 
 
 
255 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>