More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3372 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3372  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 618 aa  1248    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0940  putative signal transduction histidine kinase  49.57 
 
 		 614 aa  521  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4987  putative sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 		 661 aa  253  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1633  putative signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 		 636 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0985206 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3160  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.33 
 
 		 626 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0380  histidine kinase  38.37 
 
 		 657 aa  135  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.810149  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0378  putative signal transduction histidine kinase  28.55 
 
 		 652 aa  134  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4085  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 652 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6034  histidine kinase  35 
 
 		 659 aa  130  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0448  putative signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 		 615 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844769  normal  0.742785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3622  signal transduction histidine kinase-like protein  30.63 
 
 		 483 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0396591  normal  0.169833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0803  putative signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 624 aa  124  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0613  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.21 
 
 		 645 aa  123  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.066657 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5166  two-component sensor histidine kinase  23.83 
 
 		 640 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.312086  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3238  signal transduction histidine kinase-like protein  25.29 
 
 		 619 aa  109  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3594  histidine kinase  26.31 
 
 		 626 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2055  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3516  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.54 
 
 		 614 aa  102  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.510113  hitchhiker  0.00329665 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3951  histidine kinase  24.16 
 
 		 625 aa  99.8  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.283359 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0806  histidine kinase  23.88 
 
 		 921 aa  94  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2542  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 476 aa  92  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866412  normal  0.0241376 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  31.73 
 
 		 967 aa  91.7  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1773  putative signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 		 277 aa  90.5  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 456 aa  81.3  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06146  sensory box histidine kinase  32.74 
 
 		 710 aa  75.1  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0682167  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01020  sensory box histidine kinase  32.74 
 
 		 710 aa  75.1  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0755055  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2580  histidine kinase  31.1 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.880661  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  28.64 
 
 		 1037 aa  74.7  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5558  histidine kinase  29.77 
 
 		 620 aa  74.3  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.810149  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1239  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1400  histidine kinase  27.52 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.558809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6579  Histidine kinase  30.4 
 
 		 689 aa  73.9  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.218867  normal  0.148163 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3381  putative signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 		 556 aa  69.7  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  31.53 
 
 		 578 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6208  histidine kinase  25.5 
 
 		 657 aa  69.3  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3248  histidine kinase  28.57 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.298805  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2497  histidine kinase  26.21 
 
 		 1031 aa  68.6  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2703  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 552 aa  68.6  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.191431 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4605  histidine kinase  29.66 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.506334 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3669  histidine kinase  31.72 
 
 		 489 aa  68.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1133  putative signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1291  sensor histidine kinase  30.22 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000227861  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2882  Histidine kinase  30.43 
 
 		 413 aa  67  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00350907  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3614  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.753486  normal  0.27992 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0798  histidine kinase  29.29 
 
 		 347 aa  67  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0635  histidine kinase  29.17 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2714  putative signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 		 614 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2605  Histidine kinase  29.18 
 
 		 650 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209527  normal  0.327771 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1568  histidine kinase  32.34 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1543  putative signal transduction histidine kinase  23.25 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0725  histidine kinase  24.73 
 
 		 1036 aa  65.1  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 		 459 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.134921 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  30.95 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  30.19 
 
 		 644 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4063  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1992  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 574 aa  65.1  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0873865  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4945  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 		 459 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0549839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2036  histidine kinase  30.99 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.103366 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1321  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375238  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1320  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00123004  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.72 
 
 		 660 aa  64.7  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1530  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.90364e-25 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2127  sensor histidine kinase  30.85 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.289713  normal  0.113702 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1347  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.31288  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5497  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170786 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1456  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00592106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4276  histidine kinase  29.49 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574796  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0888  sensor histidine kinase, putative  22.63 
 
 		 364 aa  63.9  0.000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000307966  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1236  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 		 692 aa  63.9  0.000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2334  sensor histidine kinase  27.9 
 
 		 470 aa  63.9  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  25.56 
 
 		 1046 aa  63.9  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4564  histidine kinase  30.04 
 
 		 460 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.562879  normal  0.0736505 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3373  histidine kinase  25.3 
 
 		 1048 aa  63.5  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.228028  normal  0.520662 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00300  signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 		 414 aa  63.5  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0027  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755533 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1668  histidine kinase  29.21 
 
 		 298 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.891257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1356  histidine kinase  27.67 
 
 		 282 aa  63.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1362  histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  63.5  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0117705  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 		 402 aa  63.5  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1562  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000749794  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3064  putative signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 801 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.998121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5188  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 480 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 		 665 aa  62.4  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1983  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 		 469 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5671  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 480 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0241273 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1600  sensor histidine kinase  28.71 
 
 		 351 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000696667  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 		 550 aa  63.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3261  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 		 812 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3132  putative sensor histidine kinase  28.7 
 
 		 466 aa  62  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2027  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 		 401 aa  62.4  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.109719  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1462  sensor kinase protein  27.9 
 
 		 466 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0022  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 487 aa  62  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000238684 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3247  putative sensor histidine kinase  27.9 
 
 		 466 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2170  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 438 aa  62  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.289043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>