More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4213 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4213  EAL  100 
 
 		 402 aa  794    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  44.07 
 
 		 447 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  44.41 
 
 		 448 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  44.65 
 
 		 445 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  38.07 
 
 		 417 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  33.87 
 
 		 411 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 		 411 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  30.43 
 
 		 424 aa  160  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 		 411 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  34.14 
 
 		 411 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  34.39 
 
 		 458 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  37.37 
 
 		 422 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  33.76 
 
 		 460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  30.42 
 
 		 410 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  32.72 
 
 		 411 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 		 450 aa  150  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.42 
 
 		 428 aa  150  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  32.11 
 
 		 412 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  33.42 
 
 		 411 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 		 419 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 416 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  28.3 
 
 		 406 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 		 413 aa  137  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  30.03 
 
 		 410 aa  136  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  26.49 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  28.84 
 
 		 402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 406 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  31.08 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  27.66 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  28.77 
 
 		 408 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  28.91 
 
 		 404 aa  123  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  29.63 
 
 		 409 aa  122  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  30.21 
 
 		 404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  26.95 
 
 		 405 aa  119  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  27.22 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  28.34 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  28.87 
 
 		 404 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  31.3 
 
 		 428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  28.88 
 
 		 407 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  25.98 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  33.16 
 
 		 423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  26.95 
 
 		 412 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  32.32 
 
 		 412 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  23.92 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  24.05 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  29.59 
 
 		 429 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  26.91 
 
 		 400 aa  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  29.63 
 
 		 400 aa  106  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  30.35 
 
 		 403 aa  106  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  26.79 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  24.93 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  27.59 
 
 		 408 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  27.85 
 
 		 419 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  29.48 
 
 		 414 aa  99  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  30.03 
 
 		 423 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  27.95 
 
 		 448 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  28.03 
 
 		 431 aa  97.1  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  27.34 
 
 		 415 aa  97.1  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  29.36 
 
 		 423 aa  96.7  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  29.36 
 
 		 423 aa  96.3  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  24.93 
 
 		 400 aa  96.3  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 464 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  28.45 
 
 		 413 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  26.63 
 
 		 431 aa  94  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  28.83 
 
 		 449 aa  93.6  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  24.4 
 
 		 406 aa  93.6  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  26.63 
 
 		 431 aa  93.2  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  23.96 
 
 		 411 aa  92  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  25.19 
 
 		 411 aa  90.9  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  27.99 
 
 		 487 aa  86.7  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  29.82 
 
 		 444 aa  82  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2227  diguanylate phosphodiesterase  37.91 
 
 		 207 aa  81.3  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.118815  hitchhiker  0.00585618 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  22.08 
 
 		 403 aa  77  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  26.02 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0236  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.57 
 
 		 580 aa  66.2  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  24.52 
 
 		 407 aa  60.8  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.94 
 
 		 592 aa  58.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.63 
 
 		 738 aa  58.9  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1083  EAL domain protein  28.7 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  36.29 
 
 		 710 aa  57  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  30.17 
 
 		 356 aa  57  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  35.94 
 
 		 416 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.58 
 
 		 780 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  21.33 
 
 		 406 aa  54.7  0.000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.08 
 
 		 409 aa  54.3  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 696 aa  54.3  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 		 833 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  21.3 
 
 		 394 aa  53.5  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32 
 
 		 743 aa  53.1  0.000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 		 1167 aa  53.1  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  33.58 
 
 		 1136 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0965  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.49 
 
 		 668 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.54558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.07 
 
 		 1092 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.66 
 
 		 693 aa  52.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2899  diguanylate phosphodiesterase  39.67 
 
 		 294 aa  52.8  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.515646  normal  0.355468 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2822  PAS/PAC sensor domain-containing diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.68 
 
 		 895 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>