255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03534 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 411 aa  846    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  54 
 
 		 413 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  42.18 
 
 		 408 aa  348  7e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  34.09 
 
 		 406 aa  261  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  33.84 
 
 		 406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  33.67 
 
 		 404 aa  242  7e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  33.83 
 
 		 400 aa  240  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  30.67 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  33.42 
 
 		 405 aa  234  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  31.85 
 
 		 406 aa  234  3e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  33.25 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  31.86 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  30.81 
 
 		 407 aa  226  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  33.17 
 
 		 405 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  30.2 
 
 		 408 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  30.47 
 
 		 409 aa  210  5e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  32.25 
 
 		 397 aa  209  8e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  32.06 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  30.46 
 
 		 402 aa  207  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  30.85 
 
 		 403 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  32.69 
 
 		 411 aa  202  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  29.21 
 
 		 413 aa  199  7e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 		 400 aa  194  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  28.29 
 
 		 416 aa  193  6e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  27.79 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  28.99 
 
 		 405 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  29.48 
 
 		 419 aa  186  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  29.88 
 
 		 411 aa  186  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.48 
 
 		 428 aa  186  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  31.71 
 
 		 411 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  27.89 
 
 		 423 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  28.5 
 
 		 410 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 411 aa  179  7e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 		 411 aa  179  8e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  25.74 
 
 		 411 aa  177  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 414 aa  176  5e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  27.86 
 
 		 411 aa  176  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  28.88 
 
 		 424 aa  171  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  28.99 
 
 		 429 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  28.36 
 
 		 402 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  28.85 
 
 		 400 aa  168  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  27.36 
 
 		 408 aa  168  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  27.44 
 
 		 487 aa  166  8e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  26.6 
 
 		 422 aa  166  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  28.23 
 
 		 412 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  28.04 
 
 		 403 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  26.57 
 
 		 413 aa  164  3e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 423 aa  163  6e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 431 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 431 aa  160  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 		 412 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  27.97 
 
 		 417 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  25.44 
 
 		 413 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  26.37 
 
 		 406 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  28.08 
 
 		 449 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  27.21 
 
 		 404 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  28.15 
 
 		 407 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  25 
 
 		 419 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  26.05 
 
 		 419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  25.67 
 
 		 448 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  25.62 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  26.27 
 
 		 412 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  27.45 
 
 		 410 aa  136  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  27.42 
 
 		 448 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  27.25 
 
 		 444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  22.28 
 
 		 397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  23.27 
 
 		 423 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  26.08 
 
 		 447 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  26.77 
 
 		 445 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  23.02 
 
 		 423 aa  130  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  26.72 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  26.46 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  24.32 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  23.95 
 
 		 414 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  25.26 
 
 		 450 aa  106  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  24.64 
 
 		 403 aa  103  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  23.66 
 
 		 480 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  23.5 
 
 		 460 aa  101  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  22.78 
 
 		 458 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  24.94 
 
 		 438 aa  98.2  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  22.16 
 
 		 463 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  22.17 
 
 		 444 aa  87.4  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  24.48 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  29.75 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  27.07 
 
 		 378 aa  79.3  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  22.83 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  21.88 
 
 		 439 aa  78.2  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  26.92 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  28.47 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  31.06 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  20.82 
 
 		 406 aa  62  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.69 
 
 		 611 aa  59.7  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  32.64 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2349  diguanylate phosphodiesterase  26.61 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  29.71 
 
 		 306 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  24.21 
 
 		 242 aa  55.8  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 		 632 aa  56.2  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  30.5 
 
 		 357 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>