More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1814 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 405 aa  830    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  93.83 
 
 		 405 aa  786    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  46.17 
 
 		 408 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  38.86 
 
 		 404 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  39.36 
 
 		 404 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  37.38 
 
 		 400 aa  296  4e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  37.75 
 
 		 406 aa  287  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  38.48 
 
 		 408 aa  288  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  37.75 
 
 		 407 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  37.28 
 
 		 407 aa  269  8e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  36.88 
 
 		 406 aa  268  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  37.19 
 
 		 406 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  37.33 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  33.42 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  37.62 
 
 		 402 aa  253  3e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  32.18 
 
 		 413 aa  247  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  33 
 
 		 415 aa  233  5e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  33.17 
 
 		 411 aa  224  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  33.17 
 
 		 413 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  33.91 
 
 		 423 aa  220  3e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  32.67 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  31.27 
 
 		 400 aa  209  9e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  30.3 
 
 		 397 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  30.42 
 
 		 403 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  30.05 
 
 		 411 aa  192  9e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  28.96 
 
 		 431 aa  184  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 		 408 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  31.2 
 
 		 412 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  29.9 
 
 		 411 aa  177  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  30.39 
 
 		 411 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  30.88 
 
 		 428 aa  176  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  29.43 
 
 		 405 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 487 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  29.05 
 
 		 403 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  28.19 
 
 		 429 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  29.72 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  29.76 
 
 		 419 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  28.43 
 
 		 464 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  29.3 
 
 		 423 aa  167  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  30.26 
 
 		 404 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 		 414 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  29.72 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  29.58 
 
 		 402 aa  163  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  27.11 
 
 		 400 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  28.96 
 
 		 411 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  27.78 
 
 		 423 aa  161  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  27.78 
 
 		 423 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  27.8 
 
 		 419 aa  160  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  29.76 
 
 		 424 aa  159  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 431 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  27.94 
 
 		 417 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 431 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  26.94 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  27.32 
 
 		 449 aa  157  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  28.04 
 
 		 406 aa  155  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  28.36 
 
 		 411 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  27.25 
 
 		 422 aa  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  25.81 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  27.68 
 
 		 410 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  26.29 
 
 		 413 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  28.5 
 
 		 411 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  26.91 
 
 		 411 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  30.62 
 
 		 410 aa  149  7e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  28.54 
 
 		 444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  28.21 
 
 		 447 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  27.07 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  28.72 
 
 		 445 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  28.73 
 
 		 448 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  25.42 
 
 		 450 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  26.23 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  25.07 
 
 		 428 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  26.23 
 
 		 379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  23.96 
 
 		 403 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  22.52 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  22.2 
 
 		 458 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  24.81 
 
 		 407 aa  106  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  29.81 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  24.19 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  21.86 
 
 		 460 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  22.54 
 
 		 480 aa  96.3  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  24.18 
 
 		 463 aa  86.7  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  27.57 
 
 		 394 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  25.38 
 
 		 378 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  23.93 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  24.39 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  21.01 
 
 		 438 aa  72.8  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  27.32 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  22.01 
 
 		 439 aa  72  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  29.38 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0208  EAL domain protein  37.07 
 
 		 762 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043954 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  26.09 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  21.36 
 
 		 418 aa  63.2  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0558  putative signal transduction protein  26.22 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.49 
 
 		 743 aa  60.8  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  33.07 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5381  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.88 
 
 		 604 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.788293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3992  PTS system, lactose/cellobiose family IIC subunit  33.6 
 
 		 723 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.197427  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>